| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,124,890 – 13,125,007 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.520173 |
| Location | 13,124,890 – 13,125,007 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.01 |
| Mean single sequence MFE | -44.59 |
| Consensus MFE | -20.21 |
| Energy contribution | -19.85 |
| Covariance contribution | -0.36 |
| Combinations/Pair | 1.50 |
| Mean z-score | -2.05 |
| Structure conservation index | 0.45 |
| SVM decision value | -0.03 |
| SVM RNA-class probability | 0.520173 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 13124890 117 + 22224390 GCCAGUCAGCCGCAGUGCCGUCUAUUGGGAUUGCUGAUGCACUAUCUCGGACUGUGCGUACUACUGUGGGUUUGUGUCAGCCUGAGUAGCAUGUACAAGCGAUUGACCAAGACGACA ....((((..(((......((((...((((((((....)))..)))))))))(((((((.(((((.((((((......))))))))))).))))))).)))..)))).......... ( -38.10) >DroVir_CAF1 3029 117 + 1 ACAAAUUUGCUGCACUGCCGCCUCAUUGGACUGCUGUUGCACUAUCUCAGCCUCUGUGUGCUGCUCUGGCUGUGCGUUAGCCUGAGCAGCAUGUACAAGCGUCUCAGCAAAUCGACA ....(((((((((((.((.(((.....)).).)).).))).........((...((..((((((((.(((((.....))))).))))))))..))...)).....)))))))..... ( -42.00) >DroGri_CAF1 2766 117 + 1 UCAAAUUUGCUGCACUGCCGUCUAUUUGGCCUCCUGCUGCACUAUCUCAGCUUGUGUGUGCUGCUCUGGCUGUGCGUCAGCUUGAGCAGCAUGUAUAAACGCUUGACGAAAUCGACA .......(((.(((..((((......))))....))).)))...((((((((((((..((((((((.(((((.....))))).))))))))..)))))..)).))).))........ ( -43.60) >DroYak_CAF1 2768 117 + 1 GCCAGUCAGCCGCAGUGCCGUCUGCUGGGCUUGCUGAUGCACUACCUCGGCCUGUGCGUACUGCUGUGGGUGUGCGUGAGCCUGAGUAGCAUGUACAAGCGACUGACCAAGACGACA ....(((((.(((.((((...((((((((((..(....((((.((((((((..((....)).)))).)))))))))..))))).)))))...))))..))).))))).......... ( -46.30) >DroMoj_CAF1 2606 117 + 1 ACGAAUUUGCUGCACUGCCGCCUGUUUGGUCUGCUGCUGCACUACCUCAGCCUCUGUGUGCUGCUCUGGCUGUGCGUCAGCCUGAGCAGCAUGUACAAGCGGCUGAGCAAAUCAACG ..((.((((((((((.((.(((.....)))..)).).)))).....((((((.(((((((((((((.(((((.....))))).)))))))))..)).)).))))))))))))).... ( -52.00) >DroAna_CAF1 2889 117 + 1 GCCAGCCAACCGCACUGCCGGAUCAUGGGCCUAAUGAUGCACUACCUCGGCCUGUGCGUCCUGCUGUGGGUGUGCGUGAGUCUUAGUAGCAUGUACAAGCGACUCACCAAGGGCACC (((.((..(((.(((.((.((((((((((((.................)))))))).)))).)).))))))..))(((((((((.(((.....))).)).)))))))....)))... ( -45.53) >consensus GCCAAUCAGCCGCACUGCCGUCUAUUGGGCCUGCUGAUGCACUACCUCAGCCUGUGCGUGCUGCUCUGGCUGUGCGUCAGCCUGAGCAGCAUGUACAAGCGACUGACCAAAUCGACA .(((((..((.((...)).))..))))).....................((.(((((((.((((((.((...........)).)))))).))))))).))................. (-20.21 = -19.85 + -0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:38:12 2006