Locus 5009

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	13,101,315 – 13,101,430
Length	115
Max. P	0.710033

overview

Window 7

Location	13,101,315 – 13,101,430
Length	115
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.94
Mean single sequence MFE	-57.47
Consensus MFE	-37.83
Energy contribution	-38.33
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.29
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	0.14
SVM RNA-class probability	0.600602
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13101315 115 + 22224390
CGGAUGUCCAAGGGGCAGUGGUGCCGACUGCGUUCGUCCCAGCGGCCGAUGGCCCUGUUUGUGCAGAUGCACCUGCGCCACCUGGGCGUCCGUUAUGGGCACAUUGUGCUGGUGG
((((((((((.(((((.(((((((...(((((..((...(((.((((...)))))))..)))))))..))))).))))).)))))))))))).(((.(((((...))))).))). ( -56.30)
>DroVir_CAF1 7880 112 + 1
CGGAUGACCCAGGGGCAGCGGCGCCGACUGGGUGCGUCCGAGUGGCCGGUGGCCCUGCUUGUGCAGAUGCACCUGGGCCACCUGGGCGUCUGUGAUGGGCACAU---GCCCGGCG
((((((((((((.(((......)))..)))))).))))))....(((((((((((.....((((....))))..)))))))).((((((.(((.....))).))---))))))). ( -66.80)
>DroPse_CAF1 3002 115 + 1
CGGAUGUCCCAGGGGCAGCGGGGCCGACUGAGUCCUGCCCAAGGGUCGGUGGCCCUGCUUGUGCAGAUGCACCUGAGCCACCUGUGCAUCCGUGAUUGGUGUGUUGUGCGGGUGU
(((((((..((((((((((((((((.(((((.((((.....)))))))))))))))))).((((....))))....))).)))).)))))))..(((.((.......)).))).. ( -56.80)
>DroMoj_CAF1 4377 112 + 1
GGGAUGGCCUAGGGGUAGGGGCGCCGAUUGGGUGCGCCCCAGUGGACGGUGGCCCUGCUUAUGCAGAUGCACCUGCGCCACCUGGGCGUCCGUGAUGGGCGCGU---GCGCGUGG
.(((((.(((((((((((((.(((((((((((.....))))))...))))).)))))))...((((......))))....))))))))))).......((((..---..)))).. ( -57.90)
>DroAna_CAF1 4794 115 + 1
CGGAUGUCCCAGGGGCAGUGGCGCCGACUGUGUCCUGCCCAGCGGCCGGUGGCCCUGCUUGUGAAGAUGCACCUGCGCCACCUGGGCAUCGGUGAUGGGAACAUUGUGCUGCUGC
..((((.((((.((((((.(((((.....))))))))))).......((((((...((..(((......)))..)))))))))))))))).(..(((....)))..)........ ( -50.20)
>DroPer_CAF1 2993 115 + 1
CGGAUGUCCCAGGGGCAGCGGGGCCGACUGAGUCCUGCCCAAGGGUCGGUGGCCCUGCUUGUGCAGAUGCACCUGAGCCACCUGUGCAUCCGUGAUUGGUGUGUUGUGCGGGUGU
(((((((..((((((((((((((((.(((((.((((.....)))))))))))))))))).((((....))))....))).)))).)))))))..(((.((.......)).))).. ( -56.80)
>consensus
CGGAUGUCCCAGGGGCAGCGGCGCCGACUGAGUCCGGCCCAGCGGCCGGUGGCCCUGCUUGUGCAGAUGCACCUGCGCCACCUGGGCAUCCGUGAUGGGCACAUUGUGCGGGUGG
((((((.((((((((((((((.(((.((((...(((......))).))))))).))))).((((....))))....))).))))))))))))....................... (-37.83 = -38.33 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	13,101,315 – 13,101,430
Length	115
Sequences	6
Columns	115
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.94
Mean single sequence MFE	-49.21
Consensus MFE	-30.89
Energy contribution	-33.37
Covariance contribution	2.47
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.15
Structure conservation index	0.63
SVM decision value	0.37
SVM RNA-class probability	0.710033
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 13101315 115 - 22224390
CCACCAGCACAAUGUGCCCAUAACGGACGCCCAGGUGGCGCAGGUGCAUCUGCACAAACAGGGCCAUCGGCCGCUGGGACGAACGCAGUCGGCACCACUGCCCCUUGGACAUCCG
......((((...))))......((((.(.(((((.((((..(((((..((((.....(((((((...)))).)))(......)))))...)))))..)))).))))).).)))) ( -47.50)
>DroVir_CAF1 7880 112 - 1
CGCCGGGC---AUGUGCCCAUCACAGACGCCCAGGUGGCCCAGGUGCAUCUGCACAAGCAGGGCCACCGGCCACUCGGACGCACCCAGUCGGCGCCGCUGCCCCUGGGUCAUCCG
.(((((((---.((((.....))))...)))).((((((((..((((....)))).....)))))))))))....((((.(.((((((..((((....)))).))))))).)))) ( -59.80)
>DroPse_CAF1 3002 115 - 1
ACACCCGCACAACACACCAAUCACGGAUGCACAGGUGGCUCAGGUGCAUCUGCACAAGCAGGGCCACCGACCCUUGGGCAGGACUCAGUCGGCCCCGCUGCCCCUGGGACAUCCG
.......................((((((....((((((((..((((....)))).....))))))))..(((..(((((((((...)))(....).))))))..))).)))))) ( -47.90)
>DroMoj_CAF1 4377 112 - 1
CCACGCGC---ACGCGCCCAUCACGGACGCCCAGGUGGCGCAGGUGCAUCUGCAUAAGCAGGGCCACCGUCCACUGGGGCGCACCCAAUCGGCGCCCCUACCCCUAGGCCAUCCC
....((((---..(((((.(((..((....)).))))))))..))))..((((....))))((((..........(((((((.........)))))))........))))..... ( -46.67)
>DroAna_CAF1 4794 115 - 1
GCAGCAGCACAAUGUUCCCAUCACCGAUGCCCAGGUGGCGCAGGUGCAUCUUCACAAGCAGGGCCACCGGCCGCUGGGCAGGACACAGUCGGCGCCACUGCCCCUGGGACAUCCG
((....)).................((((((((((.((((..(((((...........(((((((...)))).)))(((........))).)))))..)))))))))).)))).. ( -45.50)
>DroPer_CAF1 2993 115 - 1
ACACCCGCACAACACACCAAUCACGGAUGCACAGGUGGCUCAGGUGCAUCUGCACAAGCAGGGCCACCGACCCUUGGGCAGGACUCAGUCGGCCCCGCUGCCCCUGGGACAUCCG
.......................((((((....((((((((..((((....)))).....))))))))..(((..(((((((((...)))(....).))))))..))).)))))) ( -47.90)
>consensus
CCACCCGCACAACGCGCCCAUCACGGACGCCCAGGUGGCGCAGGUGCAUCUGCACAAGCAGGGCCACCGGCCACUGGGCAGGACCCAGUCGGCGCCGCUGCCCCUGGGACAUCCG
.......................((((.(((((((.(((...(((((.(((((....))))).....((((...((((.....)))))))))))))...))))))))).).)))) (-30.89 = -33.37 +   2.47)

alignment

secondary structure

dotplot

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