Locus 4944

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 12,914,101 – 12,914,205
Length 104
Max. P 0.826109
window8062

overview

Window 2

Location 12,914,101 – 12,914,205
Length 104
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.36
Mean single sequence MFE -45.06
Consensus MFE -33.31
Energy contribution -34.40
Covariance contribution 1.09
Combinations/Pair 1.30
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.826109
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12914101 104 - 22224390
CGUAUGCAGGUGGCC---UGGGCACCAGGUUGUCCGGAGCCGAACGGCGAAUCGGCGAUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUUCCAGCUUGUAUACGGAU-------------
(((((((((((((((---(((...)))))))(((((..((((((((.((..(((((....))))).))))))))))...))))).........)))))))))))...------------- ( -48.70)
>DroSec_CAF1 114473 104 - 1
CGUAUGCAGGUGGCC---UCGGCACCAGGUUGUCCGAAACCGAUCGGCGAAUCGGCGGUCGUCGGUCGUGUUCGGCCAGCGGAUCAUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU-------------
((((((((((((((.---......((..((((.(((((..((((((((((........))))))))))..))))).)))))).......)))).))))))))))...------------- ( -48.14)
>DroSim_CAF1 98509 104 - 1
CGUAUGCAGGUGGCC---UCGGCACCAGGUUGUCCGGAACCGAUCGGCGAAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU-------------
((((((((((((((.---.(((..((..((((.(((((..((.(((((((........))))))).))..))))).)))))).)))...)))).))))))))))...------------- ( -45.00)
>DroEre_CAF1 111483 107 - 1
CGUAUGCAGGUGGCCGUCUGGGCACCAGGUCGUCCGGAACUGACCGGCGGAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAC-------------
(((((((((((((((((((((...))))).(((((((...((((((.((...)).)))))))))))))....)))))...((........)).)))))))))))...------------- ( -51.00)
>DroYak_CAF1 124832 107 - 1
CGUAUACAGGUGGCCACCAGGGCACUAGGUCGUUCGGUGCUGACCGGCGGAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU-------------
(((((((((((.(((.....)))....((.(((.((((((((((((.((...)).)))))((((((....)))))).)))..)))).))))).)))))))))))...------------- ( -46.10)
>DroAna_CAF1 131774 102 - 1
CGAAUAC-GGUGGCU---------GGAAGUCUUCC--------ACGGCGGAUGGCUGGACGUCGGGCGUGUUCGGCGAAUGGAUCCUUCACCAGCUUAUACUCGGAGGCAGAGGCAGAGG
.......-...((((---------((..(((...(--------(((.(.((((......)))).).))))...)))(((.(....)))).))))))....(((....((....)).))). ( -31.40)
>consensus
CGUAUGCAGGUGGCC___UGGGCACCAGGUCGUCCGGAACCGAACGGCGAAUCGGCGGUCGUCGGACGUGUUCGGCCAGCGGAUCGUAUGCCAGCUUGUAUACGGAU_____________
(((((((((((((((.....(((.....)))((((((...((((((.(.....).))))))))))))......))))...((........)).)))))))))))................ (-33.31 = -34.40 +   1.09)

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