| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,445,053 – 12,445,172 |
| Length | 119 |
| Max. P | 0.630524 |
| Location | 12,445,053 – 12,445,172 |
|---|---|
| Length | 119 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 71.90 |
| Mean single sequence MFE | -49.58 |
| Consensus MFE | -21.12 |
| Energy contribution | -19.85 |
| Covariance contribution | -1.27 |
| Combinations/Pair | 1.65 |
| Mean z-score | -1.80 |
| Structure conservation index | 0.43 |
| SVM decision value | 0.20 |
| SVM RNA-class probability | 0.630524 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 12445053 119 + 22224390 AAAUUCUCCAGUUGCAAGCGCAGAUUAAUGU-UACGCUUCUUGGCUGCCAUCCGCAUGCGAUGUUGAGUCACUGGGAGAUUCCUUUGGUCGUGGGUAAAUCGCUUGCACGGAUCGGAUUU (((((((((.((.((((((((((.((((.(.-.......))))))))).((((((....(((.....)))((((((.....)))..))).)))))).....)))))))))))..)))))) ( -31.30) >DroVir_CAF1 11546 119 + 1 AAGUUGGGCAGCAGCAGCUGCAGGCGUGUGC-CUCGCUCCUGGGCCGCCUUGCGCAGCCGAUGCUGCGGCAGCGGCAGCUGUCGCUGCUGUUGCGUAUAGCGCUUGAUCUGAUCCUGUUU ..((..((((((((((((.(((((.(((.((-((.......))))))))))))(((((....)))))((((((....)))))))))))))))((.....)))))..))............ ( -58.20) >DroPse_CAF1 14906 119 + 1 AAGAGCGGCAGCAGCAGGGAAAGCUUAAUGU-UCCGCUUUUGGGCUGCCGCGCGCAUGCGAUGCUGCGGCCCUGGCAGGUAUCGCUGCUGCUGGGUAUAGCGCUUGGCGUGGUCGCCCUU ((((((((.((((..(((.....)))..)))-)))))))))((((.((((((((((.((((((((...((....)).))))))))))).((((....)))).....))))))).)))).. ( -60.90) >DroEre_CAF1 8030 119 + 1 AAAUUGGCCAGUUGCAAGCGCAGAUUGAUGU-UGCGCUUCUUGGCUGCCAUACGCAUGCGAUGCUGGGCCACCGGAAGAUUCCUUUGGUCGUGGGUAAAUCGCUUGCACGGAUCGGUUUU ....((((.((((..((((((((.......)-)))))))...))))))))........((((.((((((((..(((....)))..)))))(..(((.....)))..).)))))))..... ( -39.70) >DroYak_CAF1 11198 119 + 1 AAAUUUGCCAGCUGCAGGCGCAGGUUAAUGU-UGCGCCUCUUGGCCGCCGUCCGCAUGCGAUGCUGUGUGACCGGAAGAUUCCUUUGGUCGUGGGUAAAUCGCUUGCUCGGAUCGGUUUU ......(((((..(.((((((((.......)-))))))))))))).((((((((((.((((((((...((((((((.......))))))))..)))..))))).)))..))).))))... ( -44.50) >DroPer_CAF1 14733 119 + 1 AAGAGCGGCAGCAGCAGGGAAAGCUUAAUGUUUCCGCUUUUGGGCUGCCGCGCGCAUGCGAUGCUGCGGCCCUGGCA-GUAUCGCUGCUGCUGGGUAUAGCGCUUGGCGUGGUCGCCCUU ((((((((.((((..(((.....)))..)))).))))))))((((.((((((((((.((((((((((.......)))-)))))))))).((((....)))).....))))))).)))).. ( -62.90) >consensus AAAUUCGCCAGCAGCAGGCGCAGAUUAAUGU_UCCGCUUCUGGGCUGCCGUGCGCAUGCGAUGCUGCGGCACCGGCAGAUUCCGCUGCUCGUGGGUAAAGCGCUUGCACGGAUCGGCUUU ......(((..(((((((((...............(((....))).(((....(((.....)))..((((((((((.......)))))))))))))....))))))..)))...)))... (-21.12 = -19.85 + -1.27)
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