Locus 4743

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 12,324,162 – 12,324,282
Length 120
Max. P 0.900393
window7780

overview

Window 0

Location 12,324,162 – 12,324,282
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.67
Mean single sequence MFE -41.48
Consensus MFE -36.16
Energy contribution -36.60
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.51
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.900393
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12324162 120 + 22224390
AGAUAUGUUAUUUCCGAUUACCGCGGGAAUCUGUGGCUAUAUAAGCAGACCCGUGGGCGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCAUCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUA
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>DroSec_CAF1 2201 120 + 1
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((((.((((.(((((((((.(((((((..(((((..........)))))))))))).)))))).)))..))))))))...((.(((((((.(((...))).))))))))).......... ( -45.00)
>DroSim_CAF1 2287 120 + 1
AGAUAUGUUAGUUCCGAUUACCGCGGGAAUCUGCGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGCGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG
..........((((((....(((((((..(((((..........))))))))))))..(((...(((((....)))))..)))(((((((.(((...))).))))))).))))))..... ( -45.60)
>DroEre_CAF1 2360 120 + 1
AGAUAUGUUACUCCCGAUUACCGCGGGAAUCUGGGGCUAUAAAAGCGGAGCCGUGGGCAUCGUUCAGGCAACAGACUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG
.....((((..(((((.......))))).((((..(((.....((((..(((...)))..))))..)))..)))).....((.(((((((.(((...))).)))))))))..)))).... ( -36.40)
>DroYak_CAF1 3923 120 + 1
AGAUACGUUACUCCCGAUUACCGCGGGCAUCUGGGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGCGUCGUUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG
..........((((((((..(((((((..((((............)))))))))))..))))..(((((....)))))..((.(((((((.(((...))).)))))))))))))...... ( -39.60)
>consensus
AGAUAUGUUACUUCCGAUUACCGCGGGAAUCUGCGGCUAUAAAAGCAGACCCGUGGGCGUCGGUAAGGCAACAGUCUUUAGGCAUUGGAUCCACCAAGUGCAUCCGAUCCGGAGCAGUUG
......(((....(((((..(((((((..(((((..........))))))))))))..)))))...)))(((.(.((((.((.(((((((.(((...))).)))))))))))))).))). (-36.16 = -36.60 +   0.44)

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