Locus 4662

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 12,182,026 – 12,182,141
Length 115
Max. P 0.999971
window7649

overview

Window 9

Location 12,182,026 – 12,182,141
Length 115
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.26
Mean single sequence MFE -35.64
Consensus MFE -35.20
Energy contribution -35.20
Covariance contribution -0.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -3.76
Structure conservation index 0.99
SVM decision value 5.06
SVM RNA-class probability 0.999971
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 12182026 115 - 22224390
UCAUUUCGCUUCAUUUCUUGCUUUCUUGCAGGAAAUUACAGCAUGUAAUUUGCAUUCAGUUGUAAAGUGAAAUGGAAUAAUUUCACGAAGCUGCCGCCGU---UGAUGGUUUCUUCUG--
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>DroSec_CAF1 8455 115 - 1
UCAUUUCGCUUCAUUUCUUGCUUUCUUGCAGGAAAUUACAGCAUGUAAUUUGCAUUCAGUUGUAAAGUGAAAUGGAAUAAUUUCACGAAGCUGCCGCCGU---UGAUGGUUUCUUCUG--
.((((((((((.(((((((((......)))))))))((((((((((.....))))...))))))))))))))))(((....)))..((((..((((....---...))))..))))..-- ( -34.80)
>DroSim_CAF1 11396 115 - 1
UCAUUUCGCUUCAUUUCUUGCUUUCUUGCAGGAAAUUACAGCAUGUAAUUUGCAUUCAGUUGUAAAGUGAAAUGGAAUAAUUUCACGAAGCUGCCGCCGU---UGAUGGUUUCUUCUG--
.((((((((((.(((((((((......)))))))))((((((((((.....))))...))))))))))))))))(((....)))..((((..((((....---...))))..))))..-- ( -34.80)
>DroEre_CAF1 8852 115 - 1
UCAUUUCGCUUCAUUUCUUGCUUUCUUGCAGGAAAUUACAGCAUGUAAUUUGCAUUCAGUUGUAAAGUGAAAUGGAAUAAUUUCACGAAGCUGCCGCCGU---UGAUGGUUCCUUCUG--
.((((((((((.(((((((((......)))))))))((((((((((.....))))...))))))))))))))))(((....)))..((((..((((....---...))))..))))..-- ( -34.90)
>DroAna_CAF1 18252 120 - 1
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>consensus
UCAUUUCGCUUCAUUUCUUGCUUUCUUGCAGGAAAUUACAGCAUGUAAUUUGCAUUCAGUUGUAAAGUGAAAUGGAAUAAUUUCACGAAGCUGCCGCCGU___UGAUGGUUUCUUCUG__
.((((((((((.(((((((((......)))))))))((((((((((.....))))...))))))))))))))))(((....)))..((((..((((.((....)).))))..)))).... (-35.20 = -35.20 +  -0.00)

alignment

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