Locus 4418

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	11,653,469 – 11,653,615
Length	146
Max. P	0.999932

overview

Window 0

Location	11,653,469 – 11,653,589
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.50
Mean single sequence MFE	-42.94
Consensus MFE	-41.08
Energy contribution	-40.60
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.54
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	1.22
SVM RNA-class probability	0.932888
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11653469 120 + 22224390
UAUCUGCUCUAGACCAAGGGGUUCCUUUGUUCGCAUCCAAGGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGA
(((.((((((.......(((.((((...((((((.(((...((((......))))...))).)))))))))).)))(((..(((((((....)))))))..)))...)))))).)))... ( -46.00)
>DroSec_CAF1 26776 120 + 1
UAUCUGCUCUAGACCAAGAGGUUCCUUUGUUCGCAUCCAAGGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGA
(((.((((...((((....))))..(((((((((.(((...((((......))))...))).)))))))))..(((((((((((((((....))))))))..))))))))))).)))... ( -41.00)
>DroSim_CAF1 22857 120 + 1
UAUCUGCUCUAGACCAAGAGGUUCCUUUGUUCGCAUCCAAGGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGA
(((.((((...((((....))))..(((((((((.(((...((((......))))...))).)))))))))..(((((((((((((((....))))))))..))))))))))).)))... ( -41.00)
>DroEre_CAF1 28986 120 + 1
UAUCUGCUCUAGACCAAGGGGUUCCUUUGUUCACAUCCAAGGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGUCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGA
(((.((((((.((.((((((...)))))).))(((((((.(((((.....))(.(((((.((((((((....)))))))).))))).).)))..)).))))).....)))))).)))... ( -45.10)
>DroYak_CAF1 26251 120 + 1
UAUCUGCUCUAGACCAAGAGGUUCCUUUGUUCGCAUCCAAGGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGAUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGA
(((.((((...((((....))))..(((((((((.(((...((((......))))...))).)))))))))..(((((((((((((((....))))))))..))))))))))).)))... ( -41.60)
>consensus
UAUCUGCUCUAGACCAAGAGGUUCCUUUGUUCGCAUCCAAGGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGA
(((.((((...((((....))))..(((((((((.(((...((((......))))...))).)))))))))..(((((((((((((((....))))))))..))))))))))).)))... (-41.08 = -40.60 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	11,653,509 – 11,653,615
Length	106
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.86
Mean single sequence MFE	-41.22
Consensus MFE	-36.54
Energy contribution	-36.06
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-4.08
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	4.64
SVM RNA-class probability	0.999932
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11653509 106 + 22224390
GGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGACUGAUAUACGUAUGCAUAUGUA-CAUA----
...((((((...(.(((((.((((((.(....).)))))).))))).)...)))).))(((((((((...((((((((.....)))))))).....))))))-))).---- ( -41.30)
>DroSec_CAF1 26816 110 + 1
GGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGACUGAUAUACGUAUGCAUAUGUA-CAUAUGUA
...((((((...(.(((((.((((((.(....).)))))).))))).)...)))).))(((((((((...((((((((.....)))))))).....))))))-)))..... ( -41.30)
>DroSim_CAF1 22897 110 + 1
GGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGACUGAUAUACGUAUGCAUAUGUA-CAUAUGUA
...((((((...(.(((((.((((((.(....).)))))).))))).)...)))).))(((((((((...((((((((.....)))))))).....))))))-)))..... ( -41.30)
>DroEre_CAF1 29026 111 + 1
GGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGUCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGACUGAUACACGUAUGUACAUAUAGUAUAUGUA
...((((((...(.(((((.((((((((....)))))))).))))).)...)))).))((((((((....((((((((.....))))))))))))))))............ ( -45.10)
>DroYak_CAF1 26291 106 + 1
GGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGAUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGAAUGAUAUACGU----ACAUAU-GUAUAUGUA
((....))..(((((((((.((((((.(....).)))))).)))))..))))....(.(((((((((...((((((((.....))))))))----...)))-)))))).). ( -37.10)
>consensus
GGACUGCCAAAGGUUGAGGGACGUGGACGGAAGCCCAUGUGCCUUAUCAUCUGGUGAGGUGUAUAUGGGGGCGUGUGUGACUGAUAUACGUAUGCAUAUGUA_CAUAUGUA
...((((((...(.(((((.((((((.(....).)))))).))))).)...)))).))(((((((((...((((((((.....)))))))).....)))))).)))..... (-36.54 = -36.06 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,653,509 – 11,653,615
Length	106
Sequences	5
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.86
Mean single sequence MFE	-20.03
Consensus MFE	-17.15
Energy contribution	-16.67
Covariance contribution	-0.48
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.50
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.82
SVM RNA-class probability	0.857991
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11653509 106 - 22224390
----UAUG-UACAUAUGCAUACGUAUAUCAGUCACACACGCCCCCAUAUACACCUCACCAGAUGAUAAGGCACAUGGGCUUCCGUCCACGUCCCUCAACCUUUGGCAGUCC
----((((-((....)))))).((((((.................))))))......(((((.(...(((.((.(((((....))))).)).)))...).)))))...... ( -19.53)
>DroSec_CAF1 26816 110 - 1
UACAUAUG-UACAUAUGCAUACGUAUAUCAGUCACACACGCCCCCAUAUACACCUCACCAGAUGAUAAGGCACAUGGGCUUCCGUCCACGUCCCUCAACCUUUGGCAGUCC
(((.((((-((....)))))).)))................................(((((.(...(((.((.(((((....))))).)).)))...).)))))...... ( -20.00)
>DroSim_CAF1 22897 110 - 1
UACAUAUG-UACAUAUGCAUACGUAUAUCAGUCACACACGCCCCCAUAUACACCUCACCAGAUGAUAAGGCACAUGGGCUUCCGUCCACGUCCCUCAACCUUUGGCAGUCC
(((.((((-((....)))))).)))................................(((((.(...(((.((.(((((....))))).)).)))...).)))))...... ( -20.00)
>DroEre_CAF1 29026 111 - 1
UACAUAUACUAUAUGUACAUACGUGUAUCAGUCACACACGCCCCCAUAUACACCUCACCAGAUGAUAAGGCACAUGGACUUCCGUCCACGUCCCUCAACCUUUGGCAGUCC
(((((((...)))))))....(((((.........))))).................(((((.(...(((.((.(((((....))))).)).)))...).)))))...... ( -22.20)
>DroYak_CAF1 26291 106 - 1
UACAUAUAC-AUAUGU----ACGUAUAUCAUUCACACACGCCCCCAUAUACACCUCAUCAGAUGAUAAGGCACAUGGGCUUCCGUCCACGUCCCUCAACCUUUGGCAGUCC
...((((((-......----..))))))...........(((..............(((....))).(((.((.(((((....))))).)).)))........)))..... ( -18.40)
>consensus
UACAUAUG_UACAUAUGCAUACGUAUAUCAGUCACACACGCCCCCAUAUACACCUCACCAGAUGAUAAGGCACAUGGGCUUCCGUCCACGUCCCUCAACCUUUGGCAGUCC
......................((((((.................))))))......(((((.(...(((.((.(((((....))))).)).)))...).)))))...... (-17.15 = -16.67 +  -0.48)

alignment

secondary structure

dotplot

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