Locus 4255

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 11,177,592 – 11,177,707
Length 115
Max. P 0.566016
window6992

overview

Window 2

Location 11,177,592 – 11,177,707
Length 115
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.30
Mean single sequence MFE -49.72
Consensus MFE -27.84
Energy contribution -28.15
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.67
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.566016
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 11177592 115 - 22224390
UGCGAGAUCUGUGGUAAUCGCUGCAGGCUGAUGCACUGCGCCAACUGAAUCUGCAGGUAGAUCUGUAGCGGU---GUGGCCAUCGUUGUCGA--UGUGGUCGAGGUUUGGCGGAAAUCGC
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>DroVir_CAF1 5260 112 - 1
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>DroPse_CAF1 7197 118 - 1
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>DroGri_CAF1 5296 112 - 1
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>DroAna_CAF1 4372 115 - 1
UGCGAGAUCUGGGGCAGGCGCUGCAGGCUGAUGCACUGCGCCAGCUGGAUCUGCAGGUAGAUCUGCAGCGGU---GUGGCCAUCGUGGAGGU--GGUGCUCGUCGUCUGUCGGAAGUCGC
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>DroPer_CAF1 7088 118 - 1
UGCGAGAUCUGCGGCAACCGCUGCAGGCUAAUGCAUUGCGCCAGCUGGAUCUGCAAGUAGAUCUGCAGUGGCGUUGUGGCAUCCA--GCGGACGCAUGGGCGUCGUCUGCCGAAAGUCCC
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>consensus
UGCGAGAUCUGCGGCAAUCGCUGCAGGCUGAUGCACUGCGCCAGCUGGAUCUGCAGGUAGAUCUGCAGCGGC___GUGGCAUCCA__GCGGACGCAUGGGCGUCGUCUGCCGAAAGUCGC
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alignment

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Postscript

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