Locus 4180

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,983,847 – 10,983,991
Length	144
Max. P	0.821585

overview

Window 5

Location	10,983,847 – 10,983,951
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.39
Mean single sequence MFE	-39.45
Consensus MFE	-17.61
Energy contribution	-18.94
Covariance contribution	1.34
Combinations/Pair	1.35
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.45
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.821585
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10983847 104 + 22224390
CCCUCCACCUCGCCCGUGGUGGUGACCACCCAAACUUCGGCCAAUAUCACCACGCCGCUGACCUCCACGGCCAGCCUGCCCUCAGUGGG---------CCCGGGCAAUGGGCU
...........(((((((((((((....((........))....)))))))))(((((((.((.....)).))))..((((.....)))---------)...)))...)))). ( -42.40)
>DroVir_CAF1 10514 113 + 1
CCAUCGACCUCGCCGGUGGUUGUUACCACACAGACAUCGGCGAAUAUAACAACGCCGCUGACCUCCACUGCCAAUCUGCCGACAGCGGGCAGCAUGGUCGGUGGCAAUGGGCU
((((.....(((((((((.((((......)))).)))))))))..........((((((((((....(((((...(((....)))..)))))...)))))))))).))))... ( -52.30)
>DroPse_CAF1 7076 113 + 1
CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACAUCAGCAAACAUAACCACACCCCUCACAUCCACAGCCAACCUGCCGACGGUGGGCAGCCUGAGCACCGGCAAUGGCCU
.......(((.((((((((((((.........................)))))..............(((.(..((..((...))..))..).)))..))))))).))).... ( -32.51)
>DroGri_CAF1 8874 113 + 1
CCAUCAACAUCGCCUGCGAUCGUCACCACACAGACAUCGGCGAAUAUAACAACGCCACUGACAUCCACUGCCAAUCUGCCGACAGUUGGCAGUCUGUCCGUUGGCAACGGUUU
((.......(((((...(((.(((........)))))))))))..........(((((.((((...((((((((.(((....))))))))))).)))).).))))...))... ( -38.10)
>DroAna_CAF1 11273 104 + 1
CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACGUCGGCCAACAUUACCACGCCGCUCACCUCCACGGCCAGCUUACCGGCUCUGGG---------GCCCGGCAACGGUCU
..((((.((..((((((((((((((....((.......))......)))))))((((..........)))).....)))))))..))))---------))(((....)))... ( -38.90)
>DroPer_CAF1 7054 113 + 1
CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACAUCAGCAAACAUAACCACACCCCUCACAUCCACAGCCAACCUGCCGACGGUGGGCAGCCUGAGCACCGGCAAUGGCCU
.......(((.((((((((((((.........................)))))..............(((.(..((..((...))..))..).)))..))))))).))).... ( -32.51)
>consensus
CCGUCCACAUCGCCGGUGGUGGUGACCACCCAGACAUCGGCAAACAUAACCACGCCGCUCACAUCCACAGCCAACCUGCCGACAGUGGGCAGCCUG__CACCGGCAAUGGCCU
...........((((((((((((.........................)))))......................(((((.......)))))......)))))))........ (-17.61 = -18.94 +   1.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	10,983,847 – 10,983,951
Length	104
Sequences	6
Columns	113
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.39
Mean single sequence MFE	-48.36
Consensus MFE	-27.38
Energy contribution	-27.72
Covariance contribution	0.34
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-1.59
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.621681
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10983847 104 - 22224390
AGCCCAUUGCCCGGG---------CCCACUGAGGGCAGGCUGGCCGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUGAUAUUGGCCGAAGUUUGGGUGGUCACCACCACGGGCGAGGUGGAGGG
...((((((((((.(---------(((.....))))..(((((((.....))))))).(.((((((((....(((........))).))))))))).))))))..)))).... ( -50.90)
>DroVir_CAF1 10514 113 - 1
AGCCCAUUGCCACCGACCAUGCUGCCCGCUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUUGUUAUAUUCGCCGAUGUCUGUGUGGUAACAACCACCGGCGAGGUCGAUGG
...((((((((...(((.(((((((((((((((((....))))))))))......))))))).)))....((((((.((..(((......)))..)).)))))))).)))))) ( -48.10)
>DroPse_CAF1 7076 113 - 1
AGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUGAUGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG
...((((((((((((....(((..((((.((((((((..(((((..(.............)..)))).)..))))))))..))))..))).....))))))))))).)..... ( -48.22)
>DroGri_CAF1 8874 113 - 1
AAACCGUUGCCAACGGACAGACUGCCAACUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAUGUCAGUGGCGUUGUUAUAUUCGCCGAUGUCUGUGUGGUGACGAUCGCAGGCGAUGUUGAUGG
....(((..((((((((((.(((((((((((....))).)))))))).........(((((..........))))).))))))).)))..)))((((....))))........ ( -46.00)
>DroAna_CAF1 11273 104 - 1
AGACCGUUGCCGGGC---------CCCAGAGCCGGUAAGCUGGCCGUGGAGGUGAGCGGCGUGGUAAUGUUGGCCGACGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG
...((((((((((((---------((((..(((((....)))))..))).)))....((((((((.......))).)))))..(((((...))))).))))))))).)..... ( -48.70)
>DroPer_CAF1 7054 113 - 1
AGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUGAUGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG
...((((((((((((....(((..((((.((((((((..(((((..(.............)..)))).)..))))))))..))))..))).....))))))))))).)..... ( -48.22)
>consensus
AGACCAUUGCCGGCG__CAGGCUGCCCACUGUCGGCAGGUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUUAUAUUCGCCGAUGUCUGGGUGGUCACCACCACCGGCGAUGUGGACGG
....(((((((..............((((.(((((....))))).)))).......(((((..........))))).......((((((....)))))))))))))....... (-27.38 = -27.72 +   0.34)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	10,983,884 – 10,983,991
Length	107
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.59
Mean single sequence MFE	-46.27
Consensus MFE	-28.47
Energy contribution	-27.81
Covariance contribution	-0.66
Combinations/Pair	1.55
Mean z-score	-1.43
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.15
SVM RNA-class probability	0.608857
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10983884 107 - 22224390
CAUCUCCUCAAUGACGGCCAGCAGCUGGGCGUACUUGGUCAGCCCAUUGCCCGGG---------CCCACUGAGGGCAGGCUGGCCGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUGAUAUUGGCCG
.((((((......(((((((((..(((((((....(((.....))).)))))))(---------(((.....))))..)))))))))))))))...((((............)))) ( -50.70)
>DroVir_CAF1 10551 116 - 1
CAUUUCCUCAAUAACCGCCAGCAGCUGGGCAUAUUUGCUCAGCCCAUUGCCACCGACCAUGCUGCCCGCUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUUGUUAUAUUCGCCG
..........(((((((((.((.((((((((....))))))))((((((((((((((...((.....)).))))).....)))))))))......))))))..)))))........ ( -47.50)
>DroPse_CAF1 7113 116 - 1
CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAUAGCUGGGCGUAUUUGGUCAGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUG
((((((((((.(.(((((((((..(((((((...((((.(((....)))))))))))))).(((((.......)))))))))))))).)...))))))).)))............. ( -45.60)
>DroGri_CAF1 8911 116 - 1
CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAGAGUUGAGCAUAUUUGGUCAAACCGUUGCCAACGGACAGACUGCCAACUGUCGGCAGAUUGGCAGUGGAUGUCAGUGGCGUUGUUAUAUUCGCCG
((((.....)))).((((...(..((((.((....)).))))..)...((((...((((.(((((((((((....))).))))))))...))))..))))............)))) ( -42.60)
>DroAna_CAF1 11310 107 - 1
CAUCUCCUCGAUAACGGCCAGUAGCUGAGCGUAUUUGGUCAGACCGUUGCCGGGC---------CCCAGAGCCGGUAAGCUGGCCGUGGAGGUGAGCGGCGUGGUAAUGUUGGCCG
(((((((......(((((((((..((((.((....)).))))....(((((((.(---------......))))))))))))))))))))))))..((((((....)))))).... ( -45.60)
>DroPer_CAF1 7091 116 - 1
CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAUAGCUGGGCGUAUUUGGUCAGGCCAUUGCCGGUGCUCAGGCUGCCCACCGUCGGCAGGUUGGCUGUGGAUGUGAGGGGUGUGGUUAUGUUUGCUG
((((((((((.(.(((((((((..(((((((...((((.(((....)))))))))))))).(((((.......)))))))))))))).)...))))))).)))............. ( -45.60)
>consensus
CAUCUCCUCGAUGACGGCCAAUAGCUGGGCGUAUUUGGUCAGACCAUUGCCGGCG__CAGGCUGCCCACUGUCGGCAGGUUGGCAGUGGAGGUCAGCGGCGUGGUUAUAUUCGCCG
....(((......(((((((((..((((.((....)).))))....(((((((((..............))))))))))))))))))))).......((((..........)))). (-28.47 = -27.81 +  -0.66)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:18:25 2006