Locus 4162

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 10,918,849 – 10,918,963
Length 114
Max. P 0.519226
window6834

overview

Window 4

Location 10,918,849 – 10,918,963
Length 114
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.89
Mean single sequence MFE -50.42
Consensus MFE -31.06
Energy contribution -32.28
Covariance contribution 1.23
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.62
SVM decision value -0.03
SVM RNA-class probability 0.519226
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10918849 114 + 22224390
GUGCUCCAAUUGUGGCUUGCCCGGCUGACUGGGCGCAUCUCCCAGAGUUUCGUACACCUCUGCAGUGCCAUGGUACAGUGGAGCUCCCGGCGUCGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG
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>DroVir_CAF1 3573 114 + 1
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>DroSec_CAF1 1895 114 + 1
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.((((((...((.(((((((.(((((..((((((((........((((.....)))).((..((((((....))))))..)))))))))))))))..))).)))))))))))). ( -54.30)
>DroEre_CAF1 1895 114 + 1
GUGCUCCAGCUGCGGCUUGCCCGGCUGACUGGGCGCAUCCCCCAGAGUCUCGUACACCUCUGCUGUUCCAUGGUACAGUGGAGCUCCUGGCGUGGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG
.((((((.(((((((((((((.((((..(((((.......)))))))))........(((..((((.(....).))))..))).....)))).))))))..)))...)))))). ( -51.00)
>DroYak_CAF1 1943 114 + 1
GUGCUCCAAUUGCGGUUUUCCCGGCUGACUGGGCGCAUCUCCCAGAGUCUCGUACACCUCGGCCGUUCCAUGGUACAGUGGAGCACCUGGCGUGGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG
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>DroAna_CAF1 1925 114 + 1
GUGCUCCAGCUGGGGCCGCCCGGGCUGACUAGGUGCAUCCCCCAGGGUCUCAUACUCCUCGAUCGGACCGUGGUACGGCGAUGAUCCGAGUGUGGUGGCAUAACCGAGCAGCAG
.(((((...((((((.((((..(.....)..))))....)))))).(((((((((((...(((((..(((.....)))...))))).)))))))).)))......))))).... ( -46.20)
>consensus
GUGCUCCAACUGCGGCUUGCCCGGCUGACUGGGCGCAUCUCCCAGAGUCUCGUACACCUCUGCCGUACCAUGGUACAGUGGAGCUCCCGGCGUGGCCGCAUAGCCCAGGAGCAG
.((((((...(((((((...((((....(((((.......)))))...................(((((((......)))))))..))))...))))))).......)))))). (-31.06 = -32.28 +   1.23)

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