Locus 409

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	1,187,653 – 1,187,813
Length	160
Max. P	0.810062

overview

Window 0

Location	1,187,653 – 1,187,773
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.14
Mean single sequence MFE	-51.30
Consensus MFE	-42.79
Energy contribution	-43.10
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.810062
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1187653 120 + 22224390
UGCAGCUGGCUUUCGAGCUGUUGCGACAGCUCGUGGGGCAGAGCGACGCCUAGCUUCUGCAACUGUUGGGUAUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCCCCUUUCGGGGCCCA
((((((((.((..((((((((....))))))))..)).)))(((........))).))))).(((..(((..((((((((....))))))))..))).)))...((((....)))).... ( -48.80)
>DroSec_CAF1 23530 120 + 1
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>DroEre_CAF1 22880 120 + 1
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>DroAna_CAF1 8135 120 + 1
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>consensus
UGCAGCUGGCUUUCGAGCUGCUGCGACAGCUCGUGGGGCAGAGCGACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGCCCA
((((((.((((....))))))))))....((((..((((.((((((((((((((..........)))))))))))).((((.((....)).)))).......)).))))..))))..... (-42.79 = -43.10 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	1,187,653 – 1,187,773
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.14
Mean single sequence MFE	-49.10
Consensus MFE	-34.25
Energy contribution	-34.88
Covariance contribution	0.62
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.21
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.27
SVM RNA-class probability	0.660738
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1187653 120 - 22224390
UGGGCCCCGAAAGGGGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAAUACCCAACAGUUGCAGAAGCUAGGCGUCGCUCUGCCCCACGAGCUGUCGCAACAGCUCGAAAGCCAGCUGCA
((((((((....))))....((..(((((..........))))).))...)))).....(((((..(((.((((......))))...((((((((....))))))))..)))...))))) ( -49.00)
>DroSec_CAF1 23530 120 - 1
GGGACCCCGAAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAACACCCAACAGCUGCAGAAGUUAGGCGUCGCUCUGCCCCACGAGCUGUCGCAGCAGCUCGAAAGCCAGCUGCA
(((.((((....)).))...((..(((((..........))))).))...)))..(((((((........((((......))))...((((((((....))))))))...).)))))).. ( -45.60)
>DroEre_CAF1 22880 120 - 1
UGGGCCCAGAAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAACACCCAACAGCUGCAGAAGCUAGGCGUUGCUCUGCCCCACGAGUUGUCGCAGCAGCUCGAAAGCCAGCUGCA
((((.(((((........))))).(((((..........)))))......)))).((((((((((.((........)))))))....((((((((....))))))))......))))).. ( -43.50)
>DroAna_CAF1 8135 120 - 1
GGGUCCCCGGAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUUCAGAAGCUGCUCUACAACACCCAGCAGCUGCAGAAGCUGGGCGUGGCCCUGCCCCACGAGCUCUCCCAGCAAUUGGAGAGCCAGCUGCA
((((((((....)).)))..(((((.((((.....)))).))))).....))).(((((((.....((.((((...)))).)).......(((((((.(....).)))))))))))))). ( -58.30)
>consensus
GGGGCCCCGAAAGGCGGAUCUGGAGGAGCUGCAGAAACUGCUCUACAACACCCAACAGCUGCAGAAGCUAGGCGUCGCUCUGCCCCACGAGCUGUCGCAGCAGCUCGAAAGCCAGCUGCA
(((.((((....)).))...((..(((((..........))))).))...)))..((((((.....(((.((((......))))...((((((((....))))))))..))))))))).. (-34.25 = -34.88 +   0.62)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	1,187,693 – 1,187,813
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.56
Mean single sequence MFE	-51.78
Consensus MFE	-35.79
Energy contribution	-37.73
Covariance contribution	1.94
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.07
SVM RNA-class probability	0.570348
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 1187693 120 + 22224390
GAGCGACGCCUAGCUUCUGCAACUGUUGGGUAUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCCCCUUUCGGGGCCCAGAGCUGGGCGUAGUGGGAGCCCUCCUUGCGGGCACGAAAC
..((.((((((((((.(((...(((..(((..((((((((....))))))))..))).)))...((((....))))..))))))))))))).))....((((.......))))....... ( -49.80)
>DroSec_CAF1 23570 120 + 1
GAGCGACGCCUAACUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGUCCCGAGCUGGGCGUGGUGGGAGCCCUCCUUGCGGGCACGAAAC
((((((((((((((..(....)..))))))))))((((((....)))))).)))).(((..(((((((((((((....)))))..))))).))).)))((((.......))))....... ( -51.80)
>DroEre_CAF1 22920 120 + 1
GAGCAACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCUGGGCCCAGAGCUGGGCGUAGUGGGUGCCCUCCGCGCGGGCACGAAAC
..((.((((((((((.(((..((....(((.(((((((((....))))))))).)))(((((........))))))).))))))))))))).))..((((((.......))))))..... ( -56.70)
>DroAna_CAF1 8175 117 + 1
GGGCCACGCCCAGCUUCUGCAGCUGCUGGGUGUUGUAGAGCAGCUUCUGAAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUCCGGGGACCCGAGCUCAGAGGCGU---CACCUUCUUGGAGGGCACAAAGC
..((.(((((((((..(....)..))))))))).))...((.((((((((.((((((((.((.......)).))))....))))))))))))..---..((((....))))))....... ( -48.80)
>consensus
GAGCGACGCCUAGCUUCUGCAGCUGUUGGGUGUUGUAGAGCAGUUUCUGCAGCUCCUCCAGAUCCGCCUUUCGGGGCCCAGAGCUGGGCGUAGUGGGAGCCCUCCUUGCGGGCACGAAAC
..((.(((((((((((..((..(((..(((.(((((((((....))))))))))))..))).....((.....))))...))))))))))).))....((((.......))))....... (-35.79 = -37.73 +   1.94)

alignment

secondary structure

dotplot

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