| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,756,702 – 10,756,794 |
| Length | 92 |
| Max. P | 0.604891 |
| Location | 10,756,702 – 10,756,794 |
|---|---|
| Length | 92 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 94 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.74 |
| Mean single sequence MFE | -24.42 |
| Consensus MFE | -15.87 |
| Energy contribution | -16.65 |
| Covariance contribution | 0.78 |
| Combinations/Pair | 1.27 |
| Mean z-score | -1.42 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| SVM decision value | 0.14 |
| SVM RNA-class probability | 0.604891 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 10756702 92 + 22224390 UGUGAGUGUGUGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUGCCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC-- (((..(((((((((((((....)))))))..((((((....((((..((((.....))))...))))..))))))))))))..)))......-- ( -27.60) >DroPse_CAF1 14095 84 + 1 UCUCGGGGUUUGUCCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGGAUGUAACAAGUUUACUGAAGGCGUUGCAUGGUCCACAG--------C-- ....((((.....)))).(((..((.(.....((((.((((((((((.......)))))))))).)))).....).))..)))--------.-- ( -19.70) >DroSim_CAF1 3788 92 + 1 UGUGAGUGUGUGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUGCCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC-- (((..(((((((((((((....)))))))..((((((....((((..((((.....))))...))))..))))))))))))..)))......-- ( -27.60) >DroEre_CAF1 5354 92 + 1 UGUGUGUGUGCGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUGCCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC-- (((.((((((.(((((((....)))))))..((((((....((((..((((.....))))...))))..)))))).)))))).)))......-- ( -29.80) >DroMoj_CAF1 2831 78 + 1 UGUAGGUGUGUUGGC--UCUCAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUAUGUAACAAGUUUACCAAACGCGUUGCAUAACCCA-------------- ..(((((((((.(((--((....)))))....)))))))))...((((((((..(((.....)))..)))))))).....-------------- ( -19.10) >DroAna_CAF1 4191 92 + 1 CGCGAGUGUGUGUGCCCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUACCGAGCA--UUGCAUAACACACGGCCAGCUAUCCU .((((((((((((...(((....)))....)))))))))).((((((....(((((((...)))).--)))....)))))).....))...... ( -22.70) >consensus UGUGAGUGUGUGGGCUCUCUGAAGAGUUUAAUAUGCAUUUAGUGUGUGUAACAAGUUUACCGAGCACGUUGCAUAACACACAGACAGUUAGC__ .....((((.((((((((....)))))))).((((((....((((..((((.....))))...))))..))))))))))............... (-15.87 = -16.65 + 0.78)
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