Locus 3997

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	10,590,263 – 10,590,375
Length	112
Max. P	0.973469

overview

Window 2

Location	10,590,263 – 10,590,375
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.17
Mean single sequence MFE	-33.20
Consensus MFE	-22.00
Energy contribution	-24.28
Covariance contribution	2.28
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	1.71
SVM RNA-class probability	0.973469
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10590263 112 + 22224390
GAUAUUUAUCGAUAGUCUCGGUGAGCUGUGCACGAAGCCAGCCAUGAAACAGUUAACUGUGACAC--UACUAUCGUUACUAUCGAUAGCUGGCAUUGUAAGCAAUAG------UAUCGCA
((((((((((((((((..(((((.((((.((.....))))))..((..((((....))))..)).--...)))))..))))))))))(((.((...)).)))...))------))))... ( -35.70)
>DroSec_CAF1 29934 112 + 1
GAUAUUUAUCGAUAGUUUUGAUGAGCUGUGCACGAAGCCAGCCAUGAAACAGUUAACUGUGACAC--UACUAUCGUUACUAUCGAUAGCUAGAGUAGUAAGCGAUAG------UAUCGCA
.....(((((((((((..(((((.((((.((.....))))))..((..((((....))))..)).--...)))))..)))))))))))............(((((..------.))))). ( -34.40)
>DroSim_CAF1 31805 112 + 1
GAUAUUUAUCGAUAGUUUUGAUUAGCUGUGCACGAAGCCAGCCAUGAAACAGUUAACUGUGACAC--UACUAUCGUUACUAUCGAUAGCUUGAAUAGUAAGCGAUAG------UAUCGCA
((((((((((((((((..((((..((((.((.....))))))..((..((((....))))..)).--....))))..))))))))))(((((.....)))))...))------))))... ( -35.20)
>DroEre_CAF1 29885 103 + 1
CAUAUUUAUCGAACAUUUUGGUGAGCGGUGCACGAAGCCUGCUAUGAAACAGCUACCAGUCACGCGUUACUAU---------CGAUAGCUGACAUUGUAAGCGAUGG------UAUCG--
((((.(((((((.....)))))))((((.((.....)))))))))).....(.((((.((((.((........---------.....))))))((((....))))))------)).).-- ( -22.72)
>DroYak_CAF1 32207 120 + 1
GAUAUUUAUCGAUACUUUUGGUAUGCGGUGCACGAAGCCAGCUAUGAAACAGUUAACACUGACGCGGUACUAUCGUAACAAUCGAUAGCUGACAUUGUAAGCGAUAGUAGAAGUAUCGAU
.......(((((((((((((.(((.((.(..((((.(.(((((((((..((((....))))..(((((...))))).....)).))))))).).)))).).))))).))))))))))))) ( -38.00)
>consensus
GAUAUUUAUCGAUAGUUUUGGUGAGCUGUGCACGAAGCCAGCCAUGAAACAGUUAACUGUGACAC__UACUAUCGUUACUAUCGAUAGCUGGCAUUGUAAGCGAUAG______UAUCGCA
.....(((((((((((..(((((.((((.((.....))))))..((..((((....))))..))......)))))..)))))))))))............((((((.......)))))). (-22.00 = -24.28 +   2.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,590,263 – 10,590,375
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.17
Mean single sequence MFE	-29.89
Consensus MFE	-18.16
Energy contribution	-20.52
Covariance contribution	2.36
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.34
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.11
SVM RNA-class probability	0.916863
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 10590263 112 - 22224390
UGCGAUA------CUAUUGCUUACAAUGCCAGCUAUCGAUAGUAACGAUAGUA--GUGUCACAGUUAACUGUUUCAUGGCUGGCUUCGUGCACAGCUCACCGAGACUAUCGAUAAAUAUC
.((....------.(((((....)))))...))((((((((((..((......--(((..((((....))))..)))(((((((.....)).)))))...))..))))))))))...... ( -31.50)
>DroSec_CAF1 29934 112 - 1
UGCGAUA------CUAUCGCUUACUACUCUAGCUAUCGAUAGUAACGAUAGUA--GUGUCACAGUUAACUGUUUCAUGGCUGGCUUCGUGCACAGCUCAUCAAAACUAUCGAUAAAUAUC
.(((((.------..))))).............((((((((((...(((....--(((..((((....))))..)))(((((((.....)).))))).)))...))))))))))...... ( -32.10)
>DroSim_CAF1 31805 112 - 1
UGCGAUA------CUAUCGCUUACUAUUCAAGCUAUCGAUAGUAACGAUAGUA--GUGUCACAGUUAACUGUUUCAUGGCUGGCUUCGUGCACAGCUAAUCAAAACUAUCGAUAAAUAUC
.(((((.------..))))).............((((((((((...(((....--(((..((((....))))..)))(((((((.....)).))))).)))...))))))))))...... ( -32.70)
>DroEre_CAF1 29885 103 - 1
--CGAUA------CCAUCGCUUACAAUGUCAGCUAUCG---------AUAGUAACGCGUGACUGGUAGCUGUUUCAUAGCAGGCUUCGUGCACCGCUCACCAAAAUGUUCGAUAAAUAUG
--.....------.....(((.((...)).)))(((((---------(.......(.((((.((((..(((((....)))))((.....)))))).))))).......))))))...... ( -21.74)
>DroYak_CAF1 32207 120 - 1
AUCGAUACUUCUACUAUCGCUUACAAUGUCAGCUAUCGAUUGUUACGAUAGUACCGCGUCAGUGUUAACUGUUUCAUAGCUGGCUUCGUGCACCGCAUACCAAAAGUAUCGAUAAAUAUC
((((((((((....(((((..(((...(((((((((.((.......((((((..(((....)))...)))))))))))))))))...)))...)).)))....))))))))))....... ( -31.41)
>consensus
UGCGAUA______CUAUCGCUUACAAUGCCAGCUAUCGAUAGUAACGAUAGUA__GUGUCACAGUUAACUGUUUCAUGGCUGGCUUCGUGCACAGCUCACCAAAACUAUCGAUAAAUAUC
.((((((.......)))))).............((((((((((...((((((...............))))))....(((((((.....)).))))).......))))))))))...... (-18.16 = -20.52 +   2.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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