Locus 3409

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 9,124,249 – 9,124,408
Length 159
Max. P 0.618295
window5575 window5576

overview

Window 5

Location 9,124,249 – 9,124,368
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.61
Mean single sequence MFE -42.83
Consensus MFE -25.67
Energy contribution -26.65
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.544282
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9124249 119 + 22224390
G-GGGAUGUUGAAGACCGUCUCCAUGAUCUGCUUGCGAUGACGCAGAGGAGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCUAUCAACUGGUUGCAGAUGCUGAGCAGCGUCUGCAGGAUCGCCGACA
(-(.((((((((.(.(((.((((....(((((..........))))))))).))))(((..((....))..))).)))))...(((((((((((....))))))))))).))).)).... ( -50.40)
>DroVir_CAF1 73 119 + 1
G-GGUAUACUGAAGACAGUUUCCAUGAUUUGCUUGCGAUGCUUGAGCGGAGCUGGCAGUUGUUCUUUGGUGACAAUUAGCUGAUUACAAAUACUAAGCAGCGUUUGUAGUAUGGCCGACA
(-(.(((((((.((((.(((.(((.((.(((((.((..(((....)))..)).)))))....))..))).))).....((((.(((.......))).)))))))).))))))).)).... ( -37.80)
>DroGri_CAF1 73 119 + 1
G-GGUAUGCUAAAUACGGUUUCCAUGAUCUGUUUGCGAAGCUUGAGCGGCGUUGGCAGUUGCUCUUUGGUAACAAUAAGCUGAUUACAAAUGCUGAGCAGCGUUUGUAGUAUGGCCGACA
(-(.(((((......((((((........(((..(((..((....))..)))..)))((((((....))))))...))))))..((((((((((....))))))))))))))).)).... ( -38.50)
>DroMoj_CAF1 73 119 + 1
G-GGUAUGUUAAACACCGUUUCCAUGAUUUGUUUGCGAUGCUUUAGCGAUGCUGGCAGCUGCUCUUUGGUGACAAUAAGCUGGUUGCAAAUGCUGAGCAGUGUCUGGAGUAUGGCGGACA
(-((.(((........))).)))......(((((((.(((((((((((.((((.(((((((((..(((....)))..))).))))))........)))).)).))))))))).))))))) ( -43.50)
>DroAna_CAF1 73 119 + 1
G-GGUAUACUGAAGACAGUCUCCAUGAUCUGCUUGCGGUGGCGCAGCGGCGACGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCGAUCAACUGGUUGCAGAUGCUCAGCAACGUCUGCAGGAUGGCCGACA
(-(.(((.(((.((((........(((((.(((.((.(.((.(((((.((....)).))))).)).).))))))))))....(((((.(.....).))))))))).))).))).)).... ( -44.20)
>DroPer_CAF1 75 120 + 1
GGGGUAUGCUGAAGACCGUCUCCAUGAUCUGCUUACGAUACUUGAGUGGUGCCGGUAGCUGCUCCUUGGUCACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGAAUGGCCGACA
((((((.((((..(((((.(((....(((.......)))....)))))))..)..))))))))))((((((((((((....)))))((((((((....)))))))).....))))))).. ( -42.60)
>consensus
G_GGUAUGCUGAAGACCGUCUCCAUGAUCUGCUUGCGAUGCUUGAGCGGAGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGACAAUCAGCUGAUUGCAAAUGCUGAGCAGCGUCUGCAGUAUGGCCGACA
..(((..(((((.....(((.(((.((.(((((.(((.(((....))).))).)))))....))..))).)))..)))))...(((((((((((....)))))))))))....))).... (-25.67 = -26.65 +   0.98)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 9,124,288 – 9,124,408
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.56
Mean single sequence MFE -46.82
Consensus MFE -29.90
Energy contribution -29.35
Covariance contribution -0.55
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.618295
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 9124288 120 + 22224390
ACGCAGAGGAGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCUAUCAACUGGUUGCAGAUGCUGAGCAGCGUCUGCAGGAUCGCCGACAUAAUUGUUUGGUCCUUGUGCACGGCCAGCUGUUGGAUGAG
.(((.(((((((.(....).))))))).))).(((.((.(((((((((((((((....)))))))))(((((((..((((....))))))))))).......)))))).)).)))..... ( -50.30)
>DroVir_CAF1 112 120 + 1
CUUGAGCGGAGCUGGCAGUUGUUCUUUGGUGACAAUUAGCUGAUUACAAAUACUAAGCAGCGUUUGUAGUAUGGCCGACAUAAUGGUCUGAUCCUUGUGACCGGCCAGUUGUAUCAUUAA
..(((..(.(((((((.((((....(((....)))...((((((((((((..((....))..)))))))).))))))))....(((((..........)))))))))))).).))).... ( -36.20)
>DroPse_CAF1 112 120 + 1
CUUGAGUGGUGCCGGUAGCUGCUCCUUGGUCACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGGAUGGCCGACAUGAUGGUCUGGUCCUUGUGACCGGCCAGCUGCUGCAUGAG
......(.((((.((((((((..((..((((((((((....)))).((((((((....))))))))(((((((((((......)))))..)))))))))))))).)))))))))))).). ( -50.80)
>DroMoj_CAF1 112 120 + 1
CUUUAGCGAUGCUGGCAGCUGCUCUUUGGUGACAAUAAGCUGGUUGCAAAUGCUGAGCAGUGUCUGGAGUAUGGCGGACAUAAUGGUUUGGUCCUUGUGGCCGGCCAGCUGUAUCAUUAG
.......((((...(((((((....(((....)))...((((((..(((..((..(((.(((((((........)))))))....)))..))..)))..)))))))))))))..)))).. ( -48.50)
>DroAna_CAF1 112 120 + 1
GCGCAGCGGCGACGGCAGCUGCUCCUUGGUGGCGAUCAACUGGUUGCAGAUGCUCAGCAACGUCUGCAGGAUGGCCGACAUGAUGGUCUGGUCCUUGUGCAUGGCCAGCUGCUGCAUGAG
..((((((((((((...((((..(.((....((((((....)))))).)).)..))))..))))((((.((.(((((((......))).)))).)).))))......))))))))..... ( -49.50)
>DroPer_CAF1 115 120 + 1
CUUGAGUGGUGCCGGUAGCUGCUCCUUGGUCACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGAAUGGCCGACAUGAUGGUCUGGUCCUUGUGCCCGGCCAGCUGCUGCAUGAG
......(.((((.(((((((.....((((((((((((....)))))((((((((....)))))))).....)))))))......((((.(((......))).))))))))))))))).). ( -45.60)
>consensus
CUUGAGCGGUGCCGGCAGCUGCUCCUUGGUGACGAUCAGCUGAUUGCAGAUGCUAAGCAGCGUCUGAAGGAUGGCCGACAUAAUGGUCUGGUCCUUGUGCCCGGCCAGCUGCUGCAUGAG
............((((((((((...(..((........))..)..))(((((((....))))))).......(((((.(((((.((......)))))))..)))))))))))))...... (-29.90 = -29.35 +  -0.55)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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