Locus 3343

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	8,936,446 – 8,936,550
Length	104
Max. P	0.996378

overview

Window 4

Location	8,936,446 – 8,936,550
Length	104
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	85.30
Mean single sequence MFE	-35.73
Consensus MFE	-32.49
Energy contribution	-31.97
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-3.98
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.996378
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8936446 104 + 22224390
UGUCUAUUAACGCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUGUGGAUUUGACUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGUUGGACAGCCA-GCCUCAUCAACGUGGAAAU
((((((..(((.((((((((((.((((((....((((((......)))))))))))).)))))))))).)))...))))))....-.((.(......).)).... ( -35.10)
>DroPse_CAF1 32058 103 + 1
UGCACAUUUACGCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUGUGUUUUUGAUCUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGAUGUGCAGUCCCACUCCAUCAAUG-GCA-GA
((((((((.((.((((((((((.((((((..((((.(........).)))))))))).)))))))))).))..))))))))......(((((....))-).)-). ( -39.00)
>DroSec_CAF1 994 103 + 1
UGUCUAUCAACGCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUGUGGAUUUGACUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGUUGGGCAGCCA-GCCUCAUCAACGUGAA-AA
((((((.((((.((((((((((.((((((....((((((......)))))))))))).)))))))))).).))).))))))....-...((((....)))).-.. ( -33.90)
>DroSim_CAF1 485 103 + 1
UGUCUAUCAACGCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUGUGGAUUUGACUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGUUGGGCAGCCA-GCCUCAUCAACGUGAA-AA
((((((.((((.((((((((((.((((((....((((((......)))))))))))).)))))))))).).))).))))))....-...((((....)))).-.. ( -33.90)
>DroEre_CAF1 775 99 + 1
UGUCUAUUAGCGCGUCAAAGUGACUGUGAACUAUGUGGAUUUGACUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGUUGGG----CA-GCCCCAUCAUCGUGAA-GU
((((((..(((.((((((((((.((((((....((((((......)))))))))))).)))))))))).)))...))))----))-................-.. ( -33.50)
>DroPer_CAF1 39923 103 + 1
UGCACAUUUACGCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUGUGUUUUUGAUCUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGAUGUGCAGUCCCACUCCAUCAAUG-GCA-GA
((((((((.((.((((((((((.((((((..((((.(........).)))))))))).)))))))))).))..))))))))......(((((....))-).)-). ( -39.00)
>consensus
UGUCUAUUAACGCGUCAAAAUGACUGUGAGCUAUGUGGAUUUGACUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGUUGGGCAGCCA_GCCCCAUCAACGUGAA_AA
((((((..(((.((((((((((.((((((..((((.((......)).)))))))))).)))))))))).)))...))))))........................ (-32.49 = -31.97 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	8,936,446 – 8,936,550
Length	104
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.30
Mean single sequence MFE	-35.88
Consensus MFE	-27.57
Energy contribution	-28.27
Covariance contribution	0.69
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-4.39
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.66
SVM RNA-class probability	0.970454
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 8936446 104 - 22224390
AUUUCCACGUUGAUGAGGC-UGGCUGUCCAACAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAAGUCAAAUCCACAUAGCUCACAGUCAUUUUGACGCGUUAAUAGACA
....(((.(((.....)))-)))..(((.....(((.(((((((((((((((((((((..(......)..))))..))))))))))))))))).)))....))). ( -33.60)
>DroPse_CAF1 32058 103 - 1
UC-UGC-CAUUGAUGGAGUGGGACUGCACAUCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAGAUCAAAAACACAUAGCUCACAGUCAUUUUGACGCGUAAAUGUGCA
..-..(-((((.....)))))....((((((...((.(((((((((((((((((((((.(........).))))..))))))))))))))))).))..)))))). ( -40.80)
>DroSec_CAF1 994 103 - 1
UU-UUCACGUUGAUGAGGC-UGGCUGCCCAACAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAAGUCAAAUCCACAUAGCUCACAGUCAUUUUGACGCGUUGAUAGACA
..-.....((((....(((-.....))))))).(((.(((((((((((((((((((((..(......)..))))..))))))))))))))))).)))........ ( -35.70)
>DroSim_CAF1 485 103 - 1
UU-UUCACGUUGAUGAGGC-UGGCUGCCCAACAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAAGUCAAAUCCACAUAGCUCACAGUCAUUUUGACGCGUUGAUAGACA
..-.....((((....(((-.....))))))).(((.(((((((((((((((((((((..(......)..))))..))))))))))))))))).)))........ ( -35.70)
>DroEre_CAF1 775 99 - 1
AC-UUCACGAUGAUGGGGC-UG----CCCAACAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAAGUCAAAUCCACAUAGUUCACAGUCACUUUGACGCGCUAAUAGACA
..-.......((.((((..-..----)))).))..(.(((((((.(((((((((((((..(......)..))))..))))))))).))))))).).......... ( -28.70)
>DroPer_CAF1 39923 103 - 1
UC-UGC-CAUUGAUGGAGUGGGACUGCACAUCAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAGAUCAAAAACACAUAGCUCACAGUCAUUUUGACGCGUAAAUGUGCA
..-..(-((((.....)))))....((((((...((.(((((((((((((((((((((.(........).))))..))))))))))))))))).))..)))))). ( -40.80)
>consensus
UC_UUCACGUUGAUGAGGC_UGGCUGCCCAACAAACUCGUCAAAAUGGCUGUGAUAUGAAGUCAAAUCCACAUAGCUCACAGUCAUUUUGACGCGUUAAUAGACA
.........(((.((.(((......))))).)))((.(((((((((((((((((((((............))))..))))))))))))))))).))......... (-27.57 = -28.27 +   0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

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