Locus 2923

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	7,830,066 – 7,830,226
Length	160
Max. P	0.842929

overview

Window 6

Location	7,830,066 – 7,830,186
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.33
Mean single sequence MFE	-52.97
Consensus MFE	-37.71
Energy contribution	-36.93
Covariance contribution	-0.77
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.22
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.598050
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7830066 120 + 22224390
UGGUGUCUGUCGGCGGGCGGUGGCAUCCAGGCCACCGGCAAUCGUCGCUGUGCCGACGCUCUCUUCGAGCUGAUCUGGCACGGCGAUGGCUCGCUCUCGUUCCGGGCUAACAACGGCAAG
.......(((((((((((((((((......))))))......(((((((((((((((((((.....)))).).)).)))))))))))))))))).((((...)))).......))))).. ( -58.90)
>DroVir_CAF1 3698 120 + 1
UGGUGCCUAUCUGCCGGCGGCGGCAUUCAGGCCACCGGCAAUCGUCGCUGUGCCGAUGCACUCUUCGAACUGAUCUGGCAUGGUGAUGGUUCGCUCUCGUUUCGCGCCAAUAAUGGCAAA
.(((((((...(((((....)))))...))).))))(((((((((((((((((((((.((..........))))).))))))))))))))).)))..........((((....))))... ( -48.50)
>DroGri_CAF1 3643 120 + 1
UGGUGCCUGUCAGCGGGCGGCGGCAUUCAGGCCACCGGCAAUCGUCGCUGUGCCGAUGCUUUAUUCGAGCUAAUCUGGCAUGGCGACGGCUCCUUGUCGUUCCGGGCCAACAAUGGCAAA
.(.((((((....)))))).)(((......))).((((.(((.((((((((((((((((((.....))))..))).)))))))))))(((.....))))))))))((((....))))... ( -54.70)
>DroWil_CAF1 19046 120 + 1
UGGUGUCUAUCGUCCGGCGGUGGCAUUCAGGCCACUGGCAAUAGACGCUGUGCCGAUGCUCUAUUCGAAUUAAUCUGGCACGGUGAUGGUUCCCUCUCAUUCCGUGCCAAUAAUGGUAAA
.(((((((((.(((....((((((......))))))))).))))))))).((((((........)).........((((((((.(((((.......))))))))))))).....)))).. ( -45.00)
>DroMoj_CAF1 3903 120 + 1
UGGUGCCUGUCGGCUGGCGGCGGCAUCCAGGCCACUGGCAAUCGUCGCUGUGCCGAUGCCCUCUUCGAGCUCAUCUGGCAUGGCGAUGGCUCGCUUUCUUUCCGCGCCAACAAUGGCAAG
(((((((.((((.....)))))))).))).((((.((((..(((((((((((((((((..(((...)))..)))).)))))))))))))...((.........))))))....))))... ( -52.90)
>DroAna_CAF1 2929 120 + 1
UGGUGCCUGUCGGCCGGCGGCGGUAUCCAGGCCACUGGGAAUCGGCGUUGUGCCGAUGCCCUUUUCGAGCUUAUCUGGCACGGGGACGGGUCCCUAUCCUUCCGUGCCAACAACGGCAAA
.((.((..(((((((((((.((((.(((((....))))).)))).))))).)))))))))).......(((....(((((((((((..(....)..)))..)))))))).....)))... ( -57.80)
>consensus
UGGUGCCUGUCGGCCGGCGGCGGCAUCCAGGCCACCGGCAAUCGUCGCUGUGCCGAUGCUCUCUUCGAGCUAAUCUGGCACGGCGAUGGCUCCCUCUCGUUCCGCGCCAACAAUGGCAAA
...(((((((.(((((((((.(((......))).)))....(((((((((((((((........))((.....)).)))))))))))))............))).))).)))..)))).. (-37.71 = -36.93 +  -0.77)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	7,830,106 – 7,830,226
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.39
Mean single sequence MFE	-44.20
Consensus MFE	-34.67
Energy contribution	-34.20
Covariance contribution	-0.47
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.842929
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7830106 120 + 22224390
AUCGUCGCUGUGCCGACGCUCUCUUCGAGCUGAUCUGGCACGGCGAUGGCUCGCUCUCGUUCCGGGCUAACAACGGCAAGUUCUUGGCCACCAAGCGCUCUGGUCAUCUGUUUGCCACCU
..(((((((((((((((((((.....)))).).)).))))))))))))(((((.........))))).......((((((....((((((..........))))))....)))))).... ( -48.00)
>DroVir_CAF1 3738 120 + 1
AUCGUCGCUGUGCCGAUGCACUCUUCGAACUGAUCUGGCAUGGUGAUGGUUCGCUCUCGUUUCGCGCCAAUAAUGGCAAAUUUUUGGCCACCAAGCGUUCCGGUCAUUUGUUUGCCACCU
(((((((((((((((((.((..........))))).)))))))))))))).(((.........))).......((((((((...(((((............)))))...))))))))... ( -38.00)
>DroGri_CAF1 3683 120 + 1
AUCGUCGCUGUGCCGAUGCUUUAUUCGAGCUAAUCUGGCAUGGCGACGGCUCCUUGUCGUUCCGGGCCAACAAUGGCAAAUUCUUGGCCACCAAGCGUUCGGGCCAUUUGUUUGCCACCU
...((((((((((((((((((.....))))..))).)))))))))))(((((...........))))).....((((((((...(((((............)))))...))))))))... ( -50.30)
>DroWil_CAF1 19086 120 + 1
AUAGACGCUGUGCCGAUGCUCUAUUCGAAUUAAUCUGGCACGGUGAUGGUUCCCUCUCAUUCCGUGCCAAUAAUGGUAAAUUUUUGGCCACCAAAAGAUCCGGCCAUCUGUUUGCCACCU
(((((.((.........)))))))...........((((((((.(((((.......)))))))))))))....((((((((...(((((............)))))...))))))))... ( -38.40)
>DroMoj_CAF1 3943 120 + 1
AUCGUCGCUGUGCCGAUGCCCUCUUCGAGCUCAUCUGGCAUGGCGAUGGCUCGCUUUCUUUCCGCGCCAACAAUGGCAAGUUCCUGGCCACCAAGCGAUCGGGCCACUUGUUUGCCACUU
...(((((((((((((((..(((...)))..)))).)))))))))))(((.((.........)).))).....(((((((....(((((............)))))....)))))))... ( -45.00)
>DroAna_CAF1 2969 120 + 1
AUCGGCGUUGUGCCGAUGCCCUUUUCGAGCUUAUCUGGCACGGGGACGGGUCCCUAUCCUUCCGUGCCAACAACGGCAAAUUCUUGGCCACCAAGCGCUCGGGACAUCUGUUUGCCACCU
...((((....((.(((((((.....((((.....(((((((((((..(....)..)))..)))))))).....(((.........))).......))))))).)))).)).)))).... ( -45.50)
>consensus
AUCGUCGCUGUGCCGAUGCUCUCUUCGAGCUAAUCUGGCACGGCGAUGGCUCCCUCUCGUUCCGCGCCAACAAUGGCAAAUUCUUGGCCACCAAGCGAUCGGGCCAUCUGUUUGCCACCU
.(((((((((((((((........))((.....)).))))))))))))).........................(((((((...(((((............)))))...))))))).... (-34.67 = -34.20 +  -0.47)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:43 2006