Locus 276

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 936,988 – 937,098
Length 110
Max. P 0.784441
window421

overview

Window 1

Location 936,988 – 937,098
Length 110
Sequences 5
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.07
Mean single sequence MFE -30.14
Consensus MFE -22.42
Energy contribution -23.22
Covariance contribution 0.80
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.57
SVM RNA-class probability 0.784441
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 936988 110 + 22224390
AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAAUUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU
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>DroSec_CAF1 20095 110 + 1
AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAACUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU
.......(((.(((((((((..((.((.(((((------....))))).))))))))))))))))(((((((((((((((((.....))))...)))))))....))))))..... ( -33.30)
>DroSim_CAF1 16142 110 + 1
AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAACUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU
.......(((.(((((((((..((.((.(((((------....))))).))))))))))))))))(((((((((((((((((.....))))...)))))))....))))))..... ( -33.30)
>DroEre_CAF1 28299 106 + 1
AUUCCAGGUGCGAUCGAUCAUAACUCGUUUGGA------UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGUG----AGGAAGACAAACUUAAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU
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>DroYak_CAF1 21586 112 + 1
AUUCCAGGUGCGAUCGAUCAUAACUCGUUUGGAGCCUCGUUUUUCCAGCCACCUGAUUGAUUUAUGCAUGUG----UUGAAGACAAACUCAAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU
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>consensus
AUUCCAGGUACGAUCGAUCAUAGCUCGUUUGGA______UUUUUCCAGCCGGCUGAUUGAUUUAUGUAUGCGAGCGAUGAAGACAAACUUUAAAGUUGCUCAUUAGCAUGCUAUUU
.......(((.(((((((((..((.((.(((((..........))))).))))))))))))))))((((((....(((((.(...((((....)))).)))))).))))))..... (-22.42 = -23.22 +   0.80)

alignment

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secondary structure

Postscript

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