Locus 2743

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	7,373,635 – 7,373,742
Length	107
Max. P	0.743373

overview

Window 3

Location	7,373,635 – 7,373,742
Length	107
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.43
Mean single sequence MFE	-37.32
Consensus MFE	-30.02
Energy contribution	-31.58
Covariance contribution	1.56
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.00
SVM RNA-class probability	0.533582
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7373635 107 + 22224390
ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGUUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUAAAGAUUUUCUGGCGAGCCUC
.((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))......((((((((((...)))))))))).........))))..)))))...)))) ( -37.10)
>DroSec_CAF1 122557 107 + 1
ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUACAGAUUUUCUGGCCAGCCUC
.((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))((((..((((((((((...))))))))))..))))...))))..)))))...)))) ( -38.50)
>DroSim_CAF1 122148 107 + 1
ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUACAGAUUUUCUGGCCAGCCUC
.((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))((((..((((((((((...))))))))))..))))...))))..)))))...)))) ( -38.50)
>DroEre_CAF1 133582 107 + 1
ACGGAGACCAGAUCCGCAGAAGCAGCAGUGAUCGCGACUUGGAAUACAAUCGCUGUCGGCGUAAUGGGGUCCACUAUGCCACCAUUGCAGAGUUUCUGGCGAGCCUC
..((.(.(((((..(((....)).((((((...((((.(((.....)))))))....((((((.(((...))).))))))..))))))...)..))))))...)).. ( -38.50)
>DroYak_CAF1 157206 107 + 1
ACGGAGAUCAGAUCCGGAAGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGCAAUGGUGUUCACUACGCCACCAUUGCCGAUUUUCUGGCGAGUCUC
.((((.......)))).................((((((((.....(((.....(((((((...((((((.....))))))....)))))))...))).)))))))) ( -34.00)
>consensus
ACGGAGAUCAGAUCCGGAGGAGCAGCAGUGAUCGGGACUUGGAAUACAGUCGAUGUCGGCGUAAUGGUGUCCAUUACGCCACCAUUACAGAUUUUCUGGCGAGCCUC
.((((.......))))((((.((..(((.((((..((((.(.....)))))((((..((((((((((...))))))))))..))))...))))..)))))...)))) (-30.02 = -31.58 +   1.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	7,373,635 – 7,373,742
Length	107
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.43
Mean single sequence MFE	-35.54
Consensus MFE	-28.10
Energy contribution	-27.58
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.46
SVM RNA-class probability	0.743373
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 7373635 107 - 22224390
GAGGCUCGCCAGAAAAUCUUUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAACGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU
((((..((.(((...(((.....((.(((((((((((...))))))))))).))..((((........))))..)))..))).))..))))((((.......)))). ( -33.70)
>DroSec_CAF1 122557 107 - 1
GAGGCUGGCCAGAAAAUCUGUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU
((((..((((((...(((....(((.(((((((((((...))))))))))).))).((((........))))..)))..)))..)))))))((((.......)))). ( -34.30)
>DroSim_CAF1 122148 107 - 1
GAGGCUGGCCAGAAAAUCUGUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU
((((..((((((...(((....(((.(((((((((((...))))))))))).))).((((........))))..)))..)))..)))))))((((.......)))). ( -34.30)
>DroEre_CAF1 133582 107 - 1
GAGGCUCGCCAGAAACUCUGCAAUGGUGGCAUAGUGGACCCCAUUACGCCGACAGCGAUUGUAUUCCAAGUCGCGAUCACUGCUGCUUCUGCGGAUCUGGUCUCCGU
..((...((((((...((((((..((..(((((((((...))))))....((..((((((........))))))..))..)))..))..))))))))))))..)).. ( -40.50)
>DroYak_CAF1 157206 107 - 1
GAGACUCGCCAGAAAAUCGGCAAUGGUGGCGUAGUGAACACCAUUGCGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCUUCCGGAUCUGAUCUCCGU
(((((...((.(((...(((((.(((((((((((((.....)))))))))......((((........))))...)))).)))))...))).))....).))))... ( -34.90)
>consensus
GAGGCUCGCCAGAAAAUCUGUAAUGGUGGCGUAAUGGACACCAUUACGCCGACAUCGACUGUAUUCCAAGUCCCGAUCACUGCUGCUCCUCCGGAUCUGAUCUCCGU
.......((((............))))(((((((((.....)))))))))......((((........))))..(((((...(((......)))...)))))..... (-28.10 = -27.58 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

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