Locus 263

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	884,750 – 884,961
Length	211
Max. P	0.969786

overview

Window 2

Location	884,750 – 884,866
Length	116
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	69.57
Mean single sequence MFE	-40.62
Consensus MFE	-15.68
Energy contribution	-15.32
Covariance contribution	-0.36
Combinations/Pair	1.37
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.39
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.645831
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 884750 116 - 22224390
AUAGAAUACGGCAUAUUGUCCUGGUGUAAUAGCUCUUAAAGGAGCGUCCAACUCGACAAGAAAAGUGUUACUGGGAGAGAUGCUCAGCUGACAGUCCACCAAUGGUUUGGUGUGCU
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>DroVir_CAF1 1018 101 - 1
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.........(((((((..(((((((.(((..((((((....))))...(((((((..(((...-------------.))--).)))))))))..)))))))))).....))))))) ( -41.40)
>DroEre_CAF1 1021 116 - 1
AUAAAAUACAGCAUAUUGUCCUGGGGUAAUAGCUCUUAAAGGAGCGUCCAACUCGACAUGGAAGCUGUUACUUGGCGAGAUCUUCAGGUGGCAGACCACUAGGGGCUUGGUGUGCU
.........((((((((((((((((((....(((((....))))).((((........))))..(((((((((((.(....).)))))))))))))).))))))...))))))))) ( -41.10)
>DroYak_CAF1 1024 116 - 1
GUAAAACACAGCAUACUGUCCUGGGGUUAUAGCUCUUAGGGGAGCCUCCAACUCGACAUGGAAGCUGUUUUCUGGAGAGAGCCGCAGGUGGCAGCCCACCAAGGGUUUGGUGUGCU
.........((((((((((((((.((((....((((.((((.(((.((((........)))).))).))))..))))..)))).))))..))(((((.....))))).)))))))) ( -43.10)
>DroMoj_CAF1 1017 101 - 1
AUAGAAGACAGCGUAUUGACCUGGUGUGAUGGCGCGAAGUGGUGCAUCCAGCUGCACCUCGAA-------------UGG--CCGCAGCUGGCAGUCGACGAGAGGCUUGGUGUGCU
.........(((((((..((((..((((((.((((......))))..((((((((.((.....-------------.))--..))))))))..))).)))..))).)..))))))) ( -37.60)
>DroAna_CAF1 1012 116 - 1
GUAGAAGACAGCGUACUGGCCCGGCGUGAUGGCUCUCAGGGGAGCAUCUAGCUCCACCUGGAACUGAUUGGCGGGCGACAGCCUCACACAACAGUCCACCAAGGGUUUGGUGUGCU
.........(((((((..((((....((.(((.((.(((((((((.....))))).))))))((((.(((..((((....))))....)))))))))).)).))).)..))))))) ( -44.80)
>consensus
AUAGAAGACAGCAUACUGUCCUGGUGUGAUAGCUCUUAGAGGAGCAUCCAACUCGACAUGGAA__UGUU____GG_GAGA_CCGCAGCUGGCAGUCCACCAAGGGUUUGGUGUGCU
.........((((((((..(((.........((((......)))).((((........))))........................................)))...)))))))) (-15.68 = -15.32 +  -0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	884,866 – 884,961
Length	95
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.86
Mean single sequence MFE	-34.92
Consensus MFE	-21.27
Energy contribution	-22.97
Covariance contribution	1.70
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.27
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	1.65
SVM RNA-class probability	0.969786
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 884866 95 - 22224390
AGAUUUGCGGCUUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUUUUUUUCUUUAGGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCCGAACCCAAACAAGCUGUGUCGUC
.(((..((((((((--........((((((..(((((..((..(....)..))..)))))...))))))(((.....)))...)))))))))))... ( -37.70)
>DroSec_CAF1 6920 95 - 1
AGAUUUGCGGCUUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUUUUUUUCUUUAUGGGAUUAGCGCUGAGUAUGCGGGCCGAACCCAAGCAAGCUGUGUCGUC
......(((((...--((((((((((((((..(((((...(..(.....)..)..)))))..)).))))(((.....))).))))))))..))))). ( -36.10)
>DroSim_CAF1 7078 95 - 1
AGAUUUGCGGCUUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUUUUUUUCUUUAUGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCCGAACCCAAGCAAGCUGUGUCGUC
......(((((...--((((((((((((((..(((((...(..(.....)..)..)))))...))))))(((.....))).))))))))..))))). ( -40.20)
>DroEre_CAF1 1137 92 - 1
AGAUUUGCAGCGUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUCU---UUCUUUAGGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCUGAGCCUAAACAAGCAGUGUCGUU
.(((..(((((...--.)))((((((((((..((((..---((((....))))...))))...))))))((((...)))).....)))))))))... ( -30.70)
>DroYak_CAF1 1140 92 - 1
AGAUUUGCAGCCUG--AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUGU---UUCUUUAGUGGAUUGGCGCUGAGGAUGCGGGCUGAACCCAAACAGGCUGUGUCGCU
.(((..((((((((--........((((((..((((..---.(((.....)))...))))...))))))(((.....)))...)))))))))))... ( -37.10)
>DroMoj_CAF1 1118 88 - 1
ACUAUCGCUCCAUGGCCACUUGCUGCUCCAGG---------CACUGCAACGGUUCGCCAUGCAGAAUGCGGGCAGCUCCCAGGCAAGCCACAUCGUC
......(((.....(((....(((((((((..---------..(((((..((....)).)))))..)).))))))).....))).)))......... ( -27.70)
>consensus
AGAUUUGCGGCUUG__AGCUUGCUGCGUCUGUGCGUUU___UUCUUUAGGGGAUUAGCGCUGAGGAUGCGGGCCGAACCCAAACAAGCUGUGUCGUC
......((((((((..........((((((..((((......(((.....)))...))))...))))))(((.....)))...))))))))...... (-21.27 = -22.97 +   1.70)

alignment

secondary structure

dotplot

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