Locus 2461

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,575,590 – 6,575,814
Length 224
Max. P 0.966590
window4020 window4021

overview

Window 0

Location 6,575,590 – 6,575,694
Length 104
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.96
Mean single sequence MFE -36.16
Consensus MFE -22.62
Energy contribution -22.30
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.25
SVM RNA-class probability 0.651442
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6575590 104 + 22224390
CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAAU------UGCUGUGUGU-----G-----UGUGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUUAGUAGACGAAUUGAAGA
.......((((((.((..((((((...))))))....------.(((((((((-----.-----....((.((((((.....))))))))))))))))))).))))))............ ( -32.70)
>DroSec_CAF1 20352 97 + 1
CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAGU------UGCUAUGUG--------------UGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGCU---AGACGAGUUGAAGA
....((.(.((((((...((((((...))))))((((------(((..((((--------------(.((.((((((.....)))))))))))))..))))))---)))).))).).)). ( -32.90)
>DroSim_CAF1 32152 105 + 1
CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAAU------UGCUGUGUGU-----G-UGCGUGUGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUU---AGACGAGUUGAAGA
....((.(.((((((...((((((...))))))((((------((((((((((-----(-..(....)..)((((((.....))))))..)))))))))))))---)))).))).).)). ( -33.20)
>DroEre_CAF1 20035 105 + 1
CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACGAUU-----------UCAAACGGGUGUUUGCUGUGUGUUGUUUC-AGAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUU---GGACGAGUAGAAGA
....((.(((((((((((((((((...))))))))..-----------............(((((((((((((..((-......))..)))))))))))))..---)))).))))).)). ( -40.30)
>DroYak_CAF1 30217 116 + 1
CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACGAGUGUUGUUUGCUGUGUGUUGGGUGUUGCGUGUGUGUUGUUUC-AAUAGGGAUGCGAUGCACGGCGGUU---AGGCGAGUAGAUGA
....((((((((..((((((((((...)))))))).........(((((((.......(((((((.(.(((((...)-)))).).))))))))))))))))..---.))).))))).... ( -41.71)
>consensus
CCUACUACUGCUGUCCUUGUCGACGAUGUCGACUAAU______UGCUGUGUGU_____G_U___UGUGUGUGGUUUCGAAAAGAGAUCCGAUGCACGGCGGUU___AGACGAGUUGAAGA
....((...((((((...((((((...))))))................................((((((((((((.....))))))..))))))))))))....))............ (-22.62 = -22.30 +  -0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 6,575,694 – 6,575,814
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.39
Mean single sequence MFE -41.24
Consensus MFE -37.42
Energy contribution -37.22
Covariance contribution -0.20
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.60
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966590
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6575694 120 - 22224390
CACUCUGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUACUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCCGGAU
.....((((((((((.((....)).))))))))))(((((..((((.((((....(((((......)))))...))))((((...))))..))))..))))).................. ( -39.00)
>DroSec_CAF1 20449 119 - 1
CACUCCGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUGCUUGGAACGCAUUUUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU
.....((((((((.((((......((((.(((((((.((.((((((((......))))))..)))))))).))))))).)))).))..........(((....))).....)))))-).. ( -39.60)
>DroSim_CAF1 32257 119 - 1
CACUCCGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUGCUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU
(((...(((((((((.((....)).))))))))).(((((((.......)))))))...((((((.((((((..((.....))..))))))..)))))).))).............-... ( -40.60)
>DroEre_CAF1 20140 119 - 1
GGCUGUGGUUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUACUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU
((((((((((.((.((((......((((.(((((((((((...((((........))))))))...)))).))))))).)))).))...))))...(((....)))...)))))).-... ( -39.30)
>DroYak_CAF1 30333 119 - 1
GGCUAUGGGUUGGCGGUUAUAAAAACGCCGACCCAACGAUGCUUGGAACGCACUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC-GAU
(((((((((((((((..........))))))))).(((((..((((.((((....(((((......)))))...))))((((...))))..))))..))))).......)))))).-... ( -47.70)
>consensus
CACUCUGGGUUGGCGCUUAUAAAAACGCCGGCCCAACGAUGCUUGGAACGCAUUGUCCAAUCGCUCUUGGAGCCGCGUGGAGCUCCUCCAACCAGUGAUCGUGAUCUAUAUAGCCC_GAU
......(((((((((..........))))))))).((((((((.((.((((....(((((......)))))...))))((((...))))..))))).))))).................. (-37.42 = -37.22 +  -0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:35:19 2006