Locus 2341

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	6,268,863 – 6,269,155
Length	292
Max. P	0.996938

overview

Window 4

Location	6,268,863 – 6,268,981
Length	118
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.71
Mean single sequence MFE	-41.16
Consensus MFE	-37.36
Energy contribution	-38.08
Covariance contribution	0.72
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.27
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.750585
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6268863 118 + 22224390
--GCCACACAAAGCCCGAGCCCAGGAAACCCCCCAGGUGGCAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGC
--(((((((...(((((.((...(....)(((((.....(((((((((.....)).))))))).)))))...........(((((((....)))))))..)).)))))....))).)))) ( -42.00)
>DroSec_CAF1 11035 118 + 1
--GCCACACAAAGCCCGAGCCCGGGAAACCCCCCAGGUGGCAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGC
--(((((((...(((((.((..((....))((((.....(((((((((.....)).)))))))..))))...........(((((((....)))))))..)).)))))....))).)))) ( -43.50)
>DroSim_CAF1 12381 118 + 1
--GCCACACAAAGCCCGAGCCCGGGAAACCCCCCAGGUGGCAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGC
--(((((((...(((((.((..((....))((((.....(((((((((.....)).)))))))..))))...........(((((((....)))))))..)).)))))....))).)))) ( -43.50)
>DroEre_CAF1 128 115 + 1
-----AUCCCAAGCCCAAGCCCGGGAAACCCCCCAGGUGGCAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGC
-----.((((..((....))..))))...(((((.....(((((((((.....)).))))))).)))))....................((((..(((((((....)))))))..).))) ( -37.30)
>DroYak_CAF1 8162 120 + 1
CGGCCACACAAAGCCCCAGCCCGGAAAACCCCCAAGGUGGCAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGC
..(((((((...((((..((........(((((......(((((((((.....)).))))))).)))))...........(((((((....)))))))..))..))))....))).)))) ( -39.50)
>consensus
__GCCACACAAAGCCCGAGCCCGGGAAACCCCCCAGGUGGCAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGC
..(((((((...(((((.((........(((((......(((((((((.....)).))))))).)))))...........(((((((....)))))))..)).)))))....))).)))) (-37.36 = -38.08 +   0.72)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	6,268,901 – 6,269,021
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.25
Mean single sequence MFE	-34.68
Consensus MFE	-30.50
Energy contribution	-30.50
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.30
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.544764
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6268901 120 + 22224390
CAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUUUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAU
...........((((((..(((((((....)))...(((((((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))(((...))))))))))))))))))....))))))..... ( -36.90)
>DroSec_CAF1 11073 120 + 1
CAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGCAUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAU
((..(((((....(((....)))(((....))).......(((((((((((((..(((((((....)))))))..).))).(((...)))....))))))))))))))..))........ ( -33.50)
>DroSim_CAF1 12419 120 + 1
CAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUAUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAU
...........((((((..(((((((....)))...(((.(((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))(((...)))))))))).)))))))....))))))..... ( -33.40)
>DroEre_CAF1 163 120 + 1
CAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUGUGGGUAGCUGGGCGAGGAAUAU
......((((.((((.((((..((((....))).......(((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))(((...)))))))))))..)))).....)))).)))).. ( -35.40)
>DroYak_CAF1 8202 120 + 1
CAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUAUGGGUAACUGGGUGUGCAAUAU
...((((...((((((((((((.(((....)))....)))..))))))(((((..(((((((....)))))))..).))))..))).)))).((..(((((....))..)))..)).... ( -34.20)
>consensus
CAAGUAGUUUAUCGCAUAUUUGCAGGGGGACUUAUAACAAACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUAUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAU
...((((...((((((((((((.(((....)))....)))..))))))(((((..(((((((....)))))))..).))))..))).))))............................. (-30.50 = -30.50 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	6,268,941 – 6,269,052
Length	111
Sequences	3
Columns	115
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.62
Mean single sequence MFE	-35.33
Consensus MFE	-31.40
Energy contribution	-31.40
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.75
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.44
SVM RNA-class probability	0.953888
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6268941 111 + 22224390
ACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUUUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAUGUGGGAUAUGUG----GAACAUGUGUAGGUAACGG
(((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))....((((((((((.((..((((.((......))..))))..)))))))))----))))))))))......... ( -33.50)
>DroSec_CAF1 11113 111 + 1
ACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGCAUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAUGUGGGAUAUGUG----GAACAUGUGUAGGCGAAGG
(((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))....((((((((((((((((...((.....))...))))))...)))))))----))))))))))......... ( -37.70)
>DroYak_CAF1 8242 109 + 1
ACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUAUGGGUAACUGGGUGUGCAAUAUGUGGGAUAUGUGUGGU-AACAUGUGUAGGU-----
(((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))...(((((((((((((((((....))....)))).))))))))))).........-..)))))))....----- ( -34.80)
>consensus
ACAUAUGCAGCCGUGUGUAUGCGUGGGCGUACGUGUUGGCUUAGAUUCUACAUGUGUAUGUGUAACUGGGUGUGGAAUAUGUGGGAUAUGUG____GAACAUGUGUAGGU_A_GG
(((((((.(((((..(((((((....)))))))..).))))...(((((((((((.....................)))))))))))............)))))))......... (-31.40 = -31.40 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	6,269,021 – 6,269,116
Length	95
Sequences	3
Columns	95
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.99
Mean single sequence MFE	-38.17
Consensus MFE	-30.81
Energy contribution	-30.60
Covariance contribution	-0.21
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-4.58
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.38
SVM RNA-class probability	0.948768
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6269021 95 + 22224390
GUGGGAUAUGUGGAACAUGUGUAGGUAACGGUGUGUGUGUGCGUGAGUGUGUGUCUGAGAAUGGGUACACAUGUACACAUGUACCGCAGCCAUCU
...(.(((((.....))))).).(((..(((((..(((((((....((((((..((......))..)))))))))))))..)))))..))).... ( -37.30)
>DroSec_CAF1 11193 93 + 1
GUGGGAUAUGUGGAACAUGUGUAGGCGAAGGUGUGUGUGCGAGUGUGGGUGUGGAU--ACACAGAUACACAUGUACACAUGUACCGCAGCCAUCU
...((...(((((.((((((.((.((....)).)).(((((.(((((..((((...--.))))..))))).))))))))))).))))).)).... ( -37.90)
>DroSim_CAF1 12539 93 + 1
GUGGGAUAUGUGGAACAUGUGUAGGCGAAGGUGUGUGUGCGAGUGUGGGUGUGGAC--ACACAGAUACACAUGUACACAUGUACCGCAGCCAUCU
...((...(((((.(((((((((.((....))((((((((..(((((........)--)))).).))))))).))))))))).))))).)).... ( -39.30)
>consensus
GUGGGAUAUGUGGAACAUGUGUAGGCGAAGGUGUGUGUGCGAGUGUGGGUGUGGAU__ACACAGAUACACAUGUACACAUGUACCGCAGCCAUCU
...(.(((((.....))))).).(((...((((((((((((.(((((..((((......))))..))))).)))))))))..)))...))).... (-30.81 = -30.60 +  -0.21)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	6,269,021 – 6,269,116
Length	95
Sequences	3
Columns	95
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.99
Mean single sequence MFE	-22.57
Consensus MFE	-17.00
Energy contribution	-18.00
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.09
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.02
SVM RNA-class probability	0.900973
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6269021 95 - 22224390
AGAUGGCUGCGGUACAUGUGUACAUGUGUACCCAUUCUCAGACACACACUCACGCACACACACACCGUUACCUACACAUGUUCCACAUAUCCCAC
.((((..((.((.(((((((((..(((((............))))).....(((...........)))....))))))))).)).)))))).... ( -18.60)
>DroSec_CAF1 11193 93 - 1
AGAUGGCUGCGGUACAUGUGUACAUGUGUAUCUGUGU--AUCCACACCCACACUCGCACACACACCUUCGCCUACACAUGUUCCACAUAUCCCAC
.((((..((.((.(((((((((...((((...((((.--...))))...))))..((............)).))))))))).)).)))))).... ( -22.60)
>DroSim_CAF1 12539 93 - 1
AGAUGGCUGCGGUACAUGUGUACAUGUGUAUCUGUGU--GUCCACACCCACACUCGCACACACACCUUCGCCUACACAUGUUCCACAUAUCCCAC
.((((..((.((.(((((((((...(((....(((((--((.(............).)))))))....))).))))))))).)).)))))).... ( -26.50)
>consensus
AGAUGGCUGCGGUACAUGUGUACAUGUGUAUCUGUGU__AUCCACACCCACACUCGCACACACACCUUCGCCUACACAUGUUCCACAUAUCCCAC
.((((..((.((.(((((((((..(((((....((((............))))....)))))..........))))))))).)).)))))).... (-17.00 = -18.00 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,269,052 – 6,269,155
Length	103
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.54
Mean single sequence MFE	-42.25
Consensus MFE	-29.81
Energy contribution	-31.25
Covariance contribution	1.44
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.89
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	2.77
SVM RNA-class probability	0.996938
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6269052 103 - 22224390
-ACGAUGGGCAUAACCCGUCGUGGGGCUGCGGACACGGUCAGAUGGCUGCGGUACAUGU----------------GUACAUGUGUACCCAUUCUCAGACACACACUCACGCACACACACA
-..((((((.....))))))(((.(..((((((....(((.((.(..((.(((((((((----------------....)))))))))))..))).)))......)).))))..).))). ( -36.00)
>DroSec_CAF1 11224 101 - 1
-ACGAUGGGCAUAACCCGUCGUGGGGCUGCGGACACGGUCAGAUGGCUGCGGUACAUGU----------------GUACAUGUGUAUCUGUGU--AUCCACACCCACACUCGCACACACA
-..((((((.....))))))((((((.((.((((((((((....))))..(((((((((----------------....))))))))).))).--.))).))))).)))........... ( -36.80)
>DroSim_CAF1 12570 101 - 1
-ACGAUGGGCAUAACCCGUCGUGGGGCUGCGGACACGGUCAGAUGGCUGCGGUACAUGU----------------GUACAUGUGUAUCUGUGU--GUCCACACCCACACUCGCACACACA
-..((((((.....))))))((((((.((.((((((((((....))))(((((((((((----------------....))))))).))))))--)))).))))).)))........... ( -42.70)
>DroYak_CAF1 8351 107 - 1
GGCGAUGGGCAUAACCCGUCGUGGGGCUGCGGACACGGUCAGAUGGCUGCGGUACAUGUGUACAUGUGUACAUGUGUACAUGUGUAUCUGUGU--AUGCACACCCACAC-----------
...((((((.....))))))(((((..((((.((((((((....))))..(((((((((((((((((....))))))))))))))))).))))--.))))..)))))..----------- ( -53.50)
>consensus
_ACGAUGGGCAUAACCCGUCGUGGGGCUGCGGACACGGUCAGAUGGCUGCGGUACAUGU________________GUACAUGUGUAUCUGUGU__AUCCACACCCACACUCGCACACACA
...((((((.....))))))((((((((((((.(((.....).)).)))))))((((((..(((((....)))))..))))))...................)))))............. (-29.81 = -31.25 +   1.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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