Locus 2266

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,142,858 – 6,142,978
Length 120
Max. P 0.515250
window3667

overview

Window 7

Location 6,142,858 – 6,142,978
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.33
Mean single sequence MFE -52.93
Consensus MFE -35.23
Energy contribution -35.23
Covariance contribution 0.01
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -1.20
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.515250
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6142858 120 - 22224390
UCGUAUGCCUUCUCCGUGUCGCUACGGGCACGCGGCGCAUAGCUUUCGGCAGCGGCAUCUGCUGCUGCAAUGGCCGCCGCUGUGGCCAGUGCCGGAUGCAGGGCCGUUGCGGGAUCUUCG
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>DroVir_CAF1 1695 120 - 1
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>DroGri_CAF1 1693 120 - 1
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>DroWil_CAF1 1744 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 1699 120 - 1
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>DroAna_CAF1 1764 120 - 1
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>consensus
UCGUAGGCCUUCUCCGUGUCGCUGCGGGCGCGCGGCACAUAGCUUUCGGCGGCAGCAUCUGCUGCAGCAAUGGCAGCGGCUGUGGCCAGCGCCGGAUGCAGAGCCAUCAUCGGAUCCUCG
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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