Locus 2261

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,123,341 – 6,123,461
Length 120
Max. P 0.579947
window3657

overview

Window 7

Location 6,123,341 – 6,123,461
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.17
Mean single sequence MFE -41.82
Consensus MFE -37.58
Energy contribution -37.13
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.14
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.579947
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6123341 120 + 22224390
UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGAGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAAAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUUCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUAACGUUCUCAA
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>DroVir_CAF1 25145 120 + 1
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>DroSec_CAF1 24842 120 + 1
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>DroEre_CAF1 21712 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 21774 120 + 1
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>DroAna_CAF1 26677 120 + 1
UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGGGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAGAUCAGACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUGCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUCACAUUCUCAA
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>consensus
UCUGGAUGUUGUAGUCGGACAGAGUGCGUCCGUCCUCCAGCUGCUUUCCGGCGAAGAUCAAACGCUGCUGAUCUGGGGGGAUUCCCUCCUUGUCCUGGAUCUUGGCCUUAACAUUCUCAA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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