Locus 2257

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 6,106,816 – 6,106,934
Length 118
Max. P 0.556966
window3652

overview

Window 2

Location 6,106,816 – 6,106,934
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.81
Mean single sequence MFE -45.12
Consensus MFE -39.61
Energy contribution -39.70
Covariance contribution 0.09
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.05
SVM RNA-class probability 0.556966
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 6106816 118 + 22224390
CAGCGGAAUUGCGAGGCGGUGUGGUUUGAUCGACGGCGGGAUCCACACUGUCUCAAUCUGAGCGUCAUUUUCGGCUUCAUUCUCAAUGUACCGGCUCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA
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>DroSec_CAF1 3297 118 + 1
CAGCGGAAUUGCGAGGCGAUGUGGUUCGACCGCCGGCGGGAUCCACGCUGUCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA
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>DroSim_CAF1 2876 118 + 1
CAGCGGAAUUGCGAGGCGAUGUGGUUCGAUCGCCGGCGGGAUCCACACUGUCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA
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>DroEre_CAF1 4258 118 + 1
CAGCGGAAAUGUGAGGCGGUAUGGUUCGACCGCCGCCGGGAUCCACACUGCCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA
....((((...(((((((((.(((.((..(((....))))).))).)))))))))...((((.(((......)))))))))))...((((..(((((((......)))))))..)))) ( -45.30)
>DroYak_CAF1 3354 118 + 1
CAGCGGAACUGCGAGGCGGUGUGGUUCGACCGCCGGCGGGAUCCACACUGCCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUCCUCAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA
..(.(((.....((((((((((((.((..(((....))))).))))))))))))....((((.(((......)))))))))).)..((((..(((((((......)))))))..)))) ( -54.70)
>DroAna_CAF1 5176 118 + 1
CAGCGCCGCUGCGAGGCUGUGUGGUUCGAUCGCCGUCGCGAUCCCCACUGCCUCGAUCUGGACAACAUAUUCGGCUUCAUCCUGAAUGUUCCGGCCCAGAUGUCCCUCGGGUACUAUG
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>consensus
CAGCGGAAUUGCGAGGCGGUGUGGUUCGACCGCCGGCGGGAUCCACACUGCCUCAAUCUGAGCGCCAUUUUCGGCUUCAUUCUUAAUGUGCCGGCCCAGAUGAGCCUGGGCUACUACA
..(((....)))((((((((((((.((..(((....))))).))))))))))))....((((.(((......))))))).......((((..(((((((......)))))))..)))) (-39.61 = -39.70 +   0.09)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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