Locus 221

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 777,130 – 777,237
Length 107
Max. P 0.892748
window334

overview

Window 4

Location 777,130 – 777,237
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.12
Mean single sequence MFE -29.30
Consensus MFE -23.79
Energy contribution -23.93
Covariance contribution 0.14
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.80
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.97
SVM RNA-class probability 0.892748
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 777130 107 + 22224390
---------GGACACACAUAUAUCAG---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGUC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG
---------.................---(((((((((.....)))))))))((..((((........)))).........(((((((((..-...))))))))))).(((....))).. ( -25.90)
>DroVir_CAF1 142986 105 + 1
---------G--CAUUCAUAUAUCAC---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG
---------(--(.....((((((.(---(((((((((.....)))))))))).))((((........))))...))))..((((((((((.-..)))))))))))).(((....))).. ( -31.90)
>DroGri_CAF1 164418 105 + 1
---------G--CAUUCAUAUAUCAU---AAAUAUGCUAAAUCAGUAUAUUUGUGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC-CUGCCGUAAAUUUCCGCCGCCGGGCAG
---------.--..........((((---(((((((((.....)))))))))))))............(((..........((((((((((.-..)))))))))))))(((....))).. ( -30.20)
>DroEre_CAF1 105689 104 + 1
------------CACUCGUAUAUCAG---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGGC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG
------------.(((((((......---.((((((((.....))))))))))))))).......................(((((((((..-...)))))))))...(((....))).. ( -27.51)
>DroWil_CAF1 134049 120 + 1
UUACUCCCCGUAUUCGUAUAUAGAAGAGAAAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGUGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGACCCAGGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG
...((.((((.....(((.(((((.....(((((((((.....))))))))).....))))).)))..((...........((((((((.(....).))))))))....))..)))).)) ( -28.36)
>DroMoj_CAF1 168277 105 + 1
---------G--CAUUCAUAUAUCAC---AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC-GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG
---------(--(.....((((((.(---(((((((((.....)))))))))).))((((........))))...))))..((((((((((.-..)))))))))))).(((....))).. ( -31.90)
>consensus
_________G__CACUCAUAUAUCAG___AAAUAUGCUAAAUCAGCAUAUUUGCGAGUUUAUUUACAAGGACAUUUAUAAAAAUUUACGGCC_GUGCCGUAAAUUGCAGCCGCCGGGCAG
.............................(((((((((.....)))))))))((..((((........)))).........((((((((((....)))))))))))).(((....))).. (-23.79 = -23.93 +   0.14)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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