| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,852,333 – 5,852,427 |
| Length | 94 |
| Max. P | 0.986366 |
| Location | 5,852,333 – 5,852,427 |
|---|---|
| Length | 94 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 106 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 71.86 |
| Mean single sequence MFE | -29.01 |
| Consensus MFE | -9.09 |
| Energy contribution | -12.53 |
| Covariance contribution | 3.45 |
| Combinations/Pair | 1.20 |
| Mean z-score | -2.81 |
| Structure conservation index | 0.31 |
| SVM decision value | 2.04 |
| SVM RNA-class probability | 0.986366 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 5852333 94 - 22224390 --GAAUGGAUCGAAUUUAUUCAGGUGGGCGAUUUGG-----UUAUGGCCAUUUAUGACGGCGAUGAUUUUGGAUCAACUCGAUUGGG-CUA--AAUUCGAUUCA-- --...((((((((((((((((((.((((.((((..(-----((((.(((.........))).))))..)..))))..)))).)))))-.))--)))))))))))-- ( -31.50) >DroGri_CAF1 77234 88 - 1 --A-----AAAGUCCUCAUUUCUGUGGGCGUUCGACUUUUUUUCUAGCCGGUUUUU-AUUAA--------GUUUUGGCUAU--UAGCUGUUGAUUGUUGGUCCACA --.-----...............((((((..(((((........(((((((..((.-....)--------)..))))))).--.....)))))......)))))). ( -19.14) >DroSec_CAF1 57655 94 - 1 --GAAUGGAUCGAAUUUAUUCAGGUGGGCGAUUUGG-----UUAUGGCCAUUUAUAACGGCGGUGAUUUUGGAUCAAGUCGAUUGGG-CUA--AAUUCGAUUCA-- --...(((((((((((((..(..((.(((((((..(-----((((.(((.........))).))))..)..))))..))).))..).-.))--)))))))))))-- ( -32.00) >DroSim_CAF1 60017 94 - 1 --GAAUGGAUCGAAUUUAUUCAGGUGGGCGAUUUGG-----UUAUGGCCAUUUAUGACGGCGGUGAUUUUGGAUCAACUCGAUUGGG-CUA--AAUUCGAUUCA-- --...((((((((((((((((((.((((.((((..(-----((((.(((.........))).))))..)..))))..)))).)))))-.))--)))))))))))-- ( -31.80) >DroEre_CAF1 56521 97 - 1 --GAAUGGAUCGAAUUUAUUCAGGUGGGCGAUUUGGCC--AUUAUGGCCAUUUAUGACGGCGGUGAUUUUGGAUCAACUCGAUUGGG-CUA--AAUUCGAUUCA-- --...((((((((((((((((((.((((.((((..(..--(((((.(((.........))).))))).)..))))..)))).)))))-.))--)))))))))))-- ( -33.00) >DroYak_CAF1 60131 96 - 1 UUGAAUGGAUAGAAUUUAUUCAGGUGGGCAAUUCGG-----UUAUGGCCAUUUAUGACGGCGUCGAUUUUGGUUCAACUCGAUUGGG-CCA--AAUUCGAAUGA-- ..((((((((...))))))))((((((.((......-----...)).))))))....((...((((.((((((((((.....)))))-)))--)).)))).)).-- ( -26.60) >consensus __GAAUGGAUCGAAUUUAUUCAGGUGGGCGAUUUGG_____UUAUGGCCAUUUAUGACGGCGGUGAUUUUGGAUCAACUCGAUUGGG_CUA__AAUUCGAUUCA__ .....(((((((((((............(((.((((.....((((.(((.........))).)))).......)))).)))............))))))))))).. ( -9.09 = -12.53 + 3.45)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:27:30 2006