Locus 2114

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	5,731,481 – 5,731,584
Length	103
Max. P	0.939692

overview

Window 5

Location	5,731,481 – 5,731,584
Length	103
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.77
Mean single sequence MFE	-30.66
Consensus MFE	-25.48
Energy contribution	-25.72
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.83
SVM decision value	1.30
SVM RNA-class probability	0.939692
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5731481 103 + 22224390
UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAAGAUGGGGGCAC----ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA
...((.(((..((((((.((.(((.(((.((((.....)))).(((((........)))))----........))).))).))..))))))..)))))......... ( -30.60)
>DroSec_CAF1 4712 103 + 1
UACGCUGCAUCAACUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGCGCCAACUUGGGGACAC----ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA
..((((((((....(((((((........)))))))..))))))))..((((..(((.(..----.....((....))..........((....))))))..)))). ( -32.10)
>DroSim_CAF1 5528 103 + 1
UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGCGCCAACUUGGGGACAC----ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA
..(((((((.((..(((((((........))))))).)))))))))..((((..(((.(..----.....((....))..........((....))))))..)))). ( -33.50)
>DroEre_CAF1 4887 107 + 1
UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAACAUGGACACACACACACACACCGUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA
...((.(((..((((((.((.(((.((((((((.....)))).(((((.....)).))).............)))).))).))..))))))..)))))......... ( -31.40)
>DroYak_CAF1 5752 93 + 1
UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAACAUGGACAUAU--------------UGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUC
..(((((((.((..(((((((........))))))).)))))))))((.....))......--------------.((((.((((...((....))..)))).)))) ( -25.70)
>consensus
UACGCUGCAUCAGCUGUGUACAUCGAUGCGUACAUAAUGUGCAGUGCCAACAUGGGGACAC____ACACACCAUAUGGAUAUAGAACAGCUUCUGCGCUCUGAGUUA
..(((((((.((..(((((((........))))))).)))))))))(((...(((...............)))..)))...((((...((....))..))))..... (-25.48 = -25.72 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	5,731,481 – 5,731,584
Length	103
Sequences	5
Columns	107
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.77
Mean single sequence MFE	-34.06
Consensus MFE	-25.44
Energy contribution	-27.88
Covariance contribution	2.44
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-2.46
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	1.21
SVM RNA-class probability	0.930721
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5731481 103 - 22224390
UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU----GUGCCCCCAUCUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA
.........(((((..((((((..((((((.(((((((((((----(((((........))))).))))))))))).......)))))).))))))..))).))... ( -37.70)
>DroSec_CAF1 4712 103 - 1
UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU----GUGUCCCCAAGUUGGCGCUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGUUGAUGCAGCGUA
.........((((((((....))))......(((((((((((----(((((........))))).)))))))))))..((((((((.......)))))))).)))). ( -32.70)
>DroSim_CAF1 5528 103 - 1
UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU----GUGUCCCCAAGUUGGCGCUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA
.........(((((..((((((..((((((.(((((((((((----(((((........))))).))))))))))).......)))))).))))))..))).))... ( -34.60)
>DroEre_CAF1 4887 107 - 1
UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUACGGUGUGUGUGUGUGUGUCCAUGUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA
.........(((((..((((((..((((((.....((((((((((((((((((......))))).)))))).....))))))))))))).))))))..))).))... ( -38.30)
>DroYak_CAF1 5752 93 - 1
GAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCA--------------AUAUGUCCAUGUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA
.........(((((..((((((..((((((((--------------((((....))))))((..((((.....)))).))...)))))).))))))..))).))... ( -27.00)
>consensus
UAACUCAGAGCGCAGAAGCUGUUCUAUAUCCAUAUGGUGUGU____GUGUCCCCAUGUUGGCACUGCACAUUAUGUACGCAUCGAUGUACACAGCUGAUGCAGCGUA
.........(((((..((((((..((((((.(((((((((((....(((((........))))).))))))))))).......)))))).))))))..))).))... (-25.44 = -27.88 +   2.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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