Locus 2052

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 5,632,939 – 5,633,047
Length 108
Max. P 0.664020
window3339

overview

Window 9

Location 5,632,939 – 5,633,047
Length 108
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.53
Mean single sequence MFE -37.38
Consensus MFE -26.04
Energy contribution -24.85
Covariance contribution -1.19
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.28
SVM RNA-class probability 0.664020
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 5632939 108 - 22224390
AAGAGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGACGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGAUCACUGUG-----GUGAUGGUGAUCAUA
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>DroGri_CAF1 30751 111 - 1
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>DroSec_CAF1 22688 108 - 1
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>DroEre_CAF1 22730 108 - 1
CAGAGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGUAUGUGGUCACUGUG-----GUGGUGGUGCUCGUA
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>DroWil_CAF1 21196 111 - 1
CAACGUUUUGUAAUCGGCCUCUAGCAAGCGAUAUUUAUUCUGUGCCUCUUUAAGAGCUUGAUUCUCUGUCGUAGCUGGUAUAUGGUCAUGAUG--AUAGUAAUGAUGGUCAUA
...............((((.(((((..((((((.....((...((.((.....))))..)).....)))))).))))).....))))(((((.--((.......)).))))). ( -24.00)
>DroYak_CAF1 22557 108 - 1
AAGGGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGGUCACUGUG-----GUGAUGGUGAUCGUA
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>consensus
AAGAGUUUUAUAGUCGGCCUCCAGCAGGCGGUACUUGUUUUGGGCCUCCUUCAGAGCCUGACUUUCGGUGGCCGCCGGAAUGUGGUCACUGUG_____GUGAUGGUGAUCGUA
.((.(((((..((..(((((..((((((.....))))))..)))))..))..))))))).....(((((....)))))..((((((((((((.........)))))))))))) (-26.04 = -24.85 +  -1.19)

alignment

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secondary structure

Postscript

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