| Sequence ID | X_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 601,769 – 601,889 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 601,769 – 601,889 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.22 |
| Mean single sequence MFE | -54.33 |
| Consensus MFE | -30.36 |
| Energy contribution | -31.17 |
| Covariance contribution | 0.81 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -1.55 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>X_DroMel_CAF1 601769 120 + 22224390 GGAAAGUGUGAUCGUGAGAACUUUACCCGCUGCUCCGGCAGUGGGAGUUGGAGGUCUCAAGGUAGUUCCCAUAACCACAACUUCGGUGAGGGUGCAAUGGAGUGCUCUGGAGACUGCAUU ..............(((((.(((((((((((((....))))))))...))))).)))))..(((((..((.........((....)).((((..(......)..))))))..)))))... ( -44.00) >DroVir_CAF1 179941 120 + 1 CGAGAGUAUUGUGGUACGCACCCUGCCUGCCGCCCCAGCCAUUGGGGUGGGUGGACUGAAGGUGGUGCCCAUUACGACGACAUCGGUGCGCGUGCACUGGAACGCACUGGAGACGGGCAU ((...(((.((.(((((.((((..(((..(((((((((...)))))))))..)).)....))))))))))).)))..))...(((((((....)))))))...((.(((....))))).. ( -52.30) >DroWil_CAF1 107915 120 + 1 GGAGAGCAUUGUGGUGCGCACAUUGCCAGCGGCACCGGCUGUUGGAGUCGGUGGUCUAAAGGUUGUGCCCAUUACGAUCACCUCAGUGCGUGUCCACUGGAAUGCCCUGGAGACGGGCAU ..........(((((((((((....((((((((....))))))))....((((((((((.((......)).))).)))))))...))))))).))))....((((((.(....))))))) ( -53.70) >DroYak_CAF1 70184 120 + 1 GGAGAGUGUGAUCGUGAGAACUUUGCCCGCUGCUCCGGCAGUGGGAGUGGGAGGGCUCAAGGUGGUGCCCAUAACCACCACCUCGGUGAGGGUGCAGUGGAGUGCUCUGGAGACGGCCUU ...(((.((.....((((..((((.((((((((....))))))))....))))..)))).((((((.......)))))))))))(((.((((..(......)..))))(....).))).. ( -50.90) >DroMoj_CAF1 184253 120 + 1 CGAAAGUAUUGUGGUGCGCACCCUGCCCGCUGCCCCCGCAGUUGGUGUCGGCGGCUUGAAGGUGGUGCCCAUUACGACGACCUCGGUGCGCGUUCACUGGAGCGCACUGGAGACGGGCAU (((.....((((((((.(((((((....((((((..(((.....)))..)))))).....)).))))).)))))))).....)))((((((((((....)))))).(((....))))))) ( -52.80) >DroAna_CAF1 99850 120 + 1 CGAGAGCGUGGUGGUGCGCACCCUGCCGGCCGCGCCCGCCGUCGGUGUGGGCGGGCUGAAGGUGGUGCCGAUCACCACCACCUCGGUGCGGGUGCAGUGGGGCGCCCUGGAGACGGGCAU ...(((.(((((((((.(((((((..(((((.((((((((....).))))))))))))..)).)))))....)))))))))))).((((((((((......))))))((....)).)))) ( -72.30) >consensus CGAGAGUAUGGUGGUGCGCACCCUGCCCGCUGCCCCGGCAGUUGGAGUGGGAGGGCUGAAGGUGGUGCCCAUUACCACCACCUCGGUGCGGGUGCACUGGAGCGCACUGGAGACGGGCAU .(((...(((((((((.(((((((.((((((((....))))))))....((....))...)).))))).)))))))))...))).....((((((......)))).(((....))))).. (-30.36 = -31.17 + 0.81)
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