Locus 1503

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	4,428,534 – 4,428,773
Length	239
Max. P	0.999837

overview

Window 9

Location	4,428,534 – 4,428,653
Length	119
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.96
Mean single sequence MFE	-25.46
Consensus MFE	-20.00
Energy contribution	-20.20
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.61
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	0.14
SVM RNA-class probability	0.601203
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428534 119 + 22224390
UACUCGUAAGAUACAAACAUAUAUUUGUCUCUUGAUU-UGCGUAUAGAGUAUGAGAGAAUAAAAGAAAUUUAUGGACAAACUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUG
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>DroSec_CAF1 30911 118 + 1
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>DroSim_CAF1 32213 119 + 1
UACUCGUAAGAUACAAACAAAUUGUUGUCUCUCGAUU-UGCGUAUAGAGUAUGAGAGAAUAAAAGAAAUUUAUGGACAAACUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUG
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>DroEre_CAF1 31887 119 + 1
UACUCGUCAGAUAUAAACAAAUU-UUGUCUGUUGAUAGAGAGUAUAGAGUACGAGAGAAUAAAAGAAAUUUAUGGACAAACUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUG
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>DroYak_CAF1 31249 118 + 1
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>consensus
UACUCGUAAGAUACAAACAAAUU_UUGUCUCUCGAUU_UGCGUAUAGAGUAUGAGAGAAUAAAAGAAAUUUAUGGACAAACUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUG
...(((..(((((............)))))..)))....((((((...(((((.....(((((.....)))))........(((((((((((....)))))))))))))))).)))))). (-20.00 = -20.20 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	4,428,613 – 4,428,733
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	99.33
Mean single sequence MFE	-36.44
Consensus MFE	-36.44
Energy contribution	-36.64
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.56
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	4.21
SVM RNA-class probability	0.999837
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428613 120 + 22224390
CUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUGGCUCGUUUGAGAUUUGUUUAAUAAUCAAAAUUCAUUAAGCGAGUGCCGAGUGUAUCGGUGAAAUUAAGCACCCAUAGAUA
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>DroSec_CAF1 30989 120 + 1
CUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUGGCUCGUUUGAGAUUUGUUUAAUAAUCAAAAUUCAUUAAGCGAGUGCCGAGUGUAUCGGUGAAAUUAAGCACCCAUAGAUA
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>DroSim_CAF1 32292 120 + 1
CUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUGGCUCGUUUGAGAUUUGUUUAAUAAUCAAAAUUCAUUAAGCGAGUGCCGAGUGUAUCGGUGAAAUUAAGCACCCAUAGAUA
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>DroEre_CAF1 31966 120 + 1
CUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUGGCUCGUUUGAGAUUUGUUUAAUAAUCAAAAUUCAUUAAGCGAGUGCCGAGUGUAUCGGUGAAAUUAAGCACCCAUAGAUA
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>DroYak_CAF1 31327 120 + 1
CUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUGGCUCGUUUGAGAUUUGUUUAAUAAUCAAAAUUCAUUAAGCGAGUGCCCAGUGAAUCGGUGAAAUUAAGCACCCAUAGAUA
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>consensus
CUAUGCAUUAUUAAAAAAUGAUGUGUACAUGCGGUGCGUGGCUCGUUUGAGAUUUGUUUAAUAAUCAAAAUUCAUUAAGCGAGUGCCGAGUGUAUCGGUGAAAUUAAGCACCCAUAGAUA
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	4,428,613 – 4,428,733
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	99.33
Mean single sequence MFE	-23.42
Consensus MFE	-21.64
Energy contribution	-21.84
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924192
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428613 120 - 22224390
UAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGCCACGCACCGCAUGUACACAUCAUUUUUUAAUAAUGCAUAG
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>DroSec_CAF1 30989 120 - 1
UAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGCCACGCACCGCAUGUACACAUCAUUUUUUAAUAAUGCAUAG
...((((((((((.........((((.....)))).....((((..(((..((((.........))))..)))...))))...)))))(.(((....))))..............))))) ( -22.80)
>DroSim_CAF1 32292 120 - 1
UAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGCCACGCACCGCAUGUACACAUCAUUUUUUAAUAAUGCAUAG
...((((((((((.........((((.....)))).....((((..(((..((((.........))))..)))...))))...)))))(.(((....))))..............))))) ( -22.80)
>DroEre_CAF1 31966 120 - 1
UAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGCCACGCACCGCAUGUACACAUCAUUUUUUAAUAAUGCAUAG
...((((((((((.........((((.....)))).....((((..(((..((((.........))))..)))...))))...)))))(.(((....))))..............))))) ( -22.80)
>DroYak_CAF1 31327 120 - 1
UAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUUCACUGGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGCCACGCACCGCAUGUACACAUCAUUUUUUAAUAAUGCAUAG
...(((((((((((((((.(((..((((((.(((((....))))).)))))).)))..)))))......(((....)))....)))))(.(((....))))..............))))) ( -25.90)
>consensus
UAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGCCACGCACCGCAUGUACACAUCAUUUUUUAAUAAUGCAUAG
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	4,428,653 – 4,428,773
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	99.00
Mean single sequence MFE	-24.43
Consensus MFE	-23.43
Energy contribution	-23.63
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.60
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	1.27
SVM RNA-class probability	0.937911
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4428653 120 - 22224390
AAUUCAGUUCGUUGACCAUCUCUGCGAUAUAUUUAUAUUGUAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGC
......(((((((..........((((((((.......))))))...(((((((...................)))))))))....(((..((((.........))))..)))))))))) ( -23.21)
>DroSec_CAF1 31029 120 - 1
AAUUCAGUUCGUUGACCAUCUCUGCGAUAUAUUUAUAAUGUAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGC
......(((((((..........(((((((((.....)))))))...(((((((...................)))))))))....(((..((((.........))))..)))))))))) ( -23.81)
>DroSim_CAF1 32332 120 - 1
AAUUCAGUUCGUUGACCAUCUCUGCGAUAUAUUUAUAAUGUAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGC
......(((((((..........(((((((((.....)))))))...(((((((...................)))))))))....(((..((((.........))))..)))))))))) ( -23.81)
>DroEre_CAF1 32006 120 - 1
AAUUCAGUUCGUUGACCAUCUCUGCGAUAUAUUUAUAAUGUAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGC
......(((((((..........(((((((((.....)))))))...(((((((...................)))))))))....(((..((((.........))))..)))))))))) ( -23.81)
>DroYak_CAF1 31367 120 - 1
AAUUCAGUUCGUUGACCAUCUCUGCGAUAUAUUUAUAAUGUAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUUCACUGGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGC
......(((((((((.(((((.((.(((((((.....))))))))).))))).(((((.(((..((((((.(((((....))))).)))))).)))..))))).......)).))))))) ( -27.50)
>consensus
AAUUCAGUUCGUUGACCAUCUCUGCGAUAUAUUUAUAAUGUAUCUAUGGGUGCUUAAUUUCACCGAUACACUCGGCACUCGCUUAAUGAAUUUUGAUUAUUAAACAAAUCUCAAACGAGC
......(((((((..........(((((((((.....)))))))...(((((((...................)))))))))....(((..((((.........))))..)))))))))) (-23.43 = -23.63 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:11:30 2006