Locus 1440

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 4,340,331 – 4,340,444
Length 113
Max. P 0.928945
window2299

overview

Window 9

Location 4,340,331 – 4,340,444
Length 113
Sequences 5
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.11
Mean single sequence MFE -35.66
Consensus MFE -25.08
Energy contribution -24.76
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 1.19
SVM RNA-class probability 0.928945
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 4340331 113 - 22224390
CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCAACUCAGAACACAUAUGGUUGGGAUCGCCAAGUGGAGCUGAAGAUCUAGCUAAAAAUUCAUUUAGCUG
.........(((((((((.((...(((((((.((...))))..(((((.((.........))))))))))))...))))))))))).....((((((((......)))))))) ( -36.10)
>DroSec_CAF1 126195 105 - 1
CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCAGCUAAGUACACAUAUGGUUGCGAUCGCCUGGUGGAGCUGAGGAUCUAGCUAGCAAUUCA--------
.(((..(..(((((((((.(((..(((((...((...))(((((((..............))))))))))))..))))))))))))..)..)))...........-------- ( -31.14)
>DroSim_CAF1 119580 105 - 1
CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCACACGUAACGGCAACCACCUAAGUACACAUAUGGUUGCGAUCGCCUGGUGGAGCUGAGGAUCUAGCUAGCAAUUCA--------
.(((..(..(((((((((.(((..(((((...((...))(((((((..............))))))))))))..))))))))))))..)..)))...........-------- ( -30.14)
>DroEre_CAF1 134252 111 - 1
CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCACCUAUGUA--CAUAUGCUUGGGAUCGCUUAGUGGGGCCGACGAUCUAGCUAAAAAUGGCUAUAAGGG
(((.((((.(((((((((.((((.(((((.((.(((...(((........))).--....))).)).))))).))))))))))))))))).((((((....))))))..))). ( -39.40)
>DroYak_CAF1 128192 111 - 1
CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCACCUAUGUG--CAUAUGGUUGGGAUCGCUUAGUGGAGCUGAAGAUCUGGCUAAAAAUGGCUAGAAAUU
.........(((((((((.((((.(((((((.((...))))..(((.(((((..--..))))).)))))))).)))))))))))))...((((((((....)))))))).... ( -41.50)
>consensus
CCUAAUUGAUCGGUUCCAACUGACCGAUCGCACGUAACGGCAACCACCUAAGUACACAUAUGGUUGGGAUCGCCUAGUGGAGCUGAAGAUCUAGCUAAAAAUUCAU__A____
.(((..(..(((((((((.(((..(((((...((...)).((((((..............)))))).)))))..))))))))))))..)..)))................... (-25.08 = -24.76 +  -0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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