Locus 127

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	518,534 – 518,686
Length	152
Max. P	0.997797

overview

Window 2

Location	518,534 – 518,650
Length	116
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	85.92
Mean single sequence MFE	-29.88
Consensus MFE	-20.72
Energy contribution	-20.96
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-2.36
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.84
SVM RNA-class probability	0.863379
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 518534 116 - 22224390
CAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAU----AUAUCACACCCAAGUAAACAUGCCCAUGGAGAUAGUAUGCAGAUAGAAAUACA
......(((((.((((((...((((((.....)))))).....)))))).....(.(((((((----...((((......))...(((....))))).))))))).).)))))....... ( -27.60)
>DroSec_CAF1 4844 110 - 1
CAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAU----AUAUCACACCCAAGCAAACA------UGGAGACAGUAUGCAGAUAGAAGCACA
......(((((.((((((...((((((.....)))))).....))))))......(((((...----)))))........(((.((.------((....)))).))).)))))....... ( -29.90)
>DroSim_CAF1 4864 114 - 1
CAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAUAUGUAUAUCACACCCAAGCAAACA------UGGAGACAGUAUGCAGAUAGGAGCACA
......(((((.((((((...((((((.....)))))).....))))))......(((((.......)))))........(((.((.------((....)))).))).)))))....... ( -31.20)
>DroEre_CAF1 4723 114 - 1
CAACAGCUGGCAGCUGAACCCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUACGUG----UCACACCCAAGUAGACACACCCAUGGAGA-AGU-UGCAGAUAGAAAUUCA
.......(((((((........))))))).(((((((..(((((((........)))))))..(((----((((......)).)))))...........-.))-)))))........... ( -31.20)
>DroYak_CAF1 4885 118 - 1
CAACAGCUGUCAGCUGAACUCCGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUGCAGUGAAACGGAUAUUAUAUGUACAUCGCACCCAAGUAAACACGCCCAUGGAGC-AGU-UGCAGGCAGAAAUUCG
.....(((..((((((..(((((((((.....)))))......(((.(((..(((.........))).))).)))...................)))))-)))-))..)))......... ( -29.50)
>consensus
CAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAU_UG_AUAUCACACCCAAGUAAACA__CCCAUGGAGA_AGUAUGCAGAUAGAAAUACA
...((((.....))))..(((((((((.....)))))..(((((((........))))))).................................))))...................... (-20.72 = -20.96 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	518,574 – 518,686
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.17
Mean single sequence MFE	-35.42
Consensus MFE	-29.64
Energy contribution	-29.92
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.66
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.93
SVM RNA-class probability	0.997797
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 518574 112 + 22224390
UUGGGUGUGAUAU----AUAAUAUCCGUUUCACUGAAUAUUGUGCUGCAAUUAGCAGCAGAGUUCAGCUGACAGCUGUUGCAACGAAUUCUCAAUCGAGUAAUAGCAGAAUAGCAG----
..((((((.....----...))))))((((((((((((..(.((((((.....)))))).))))))).)))..((((((((..(((........))).)))))))).....)))..---- ( -35.20)
>DroSec_CAF1 4878 112 + 1
UUGGGUGUGAUAU----AUAAUAUCCGUUUCACUGAAUAUUGUGCUGCAAUUAGCAGCAGAGUUCAGCUGACAGCUGUUGCACGGAAUUCUCAAUCGAGUAAUAGCAGAAUAGCAG----
..((((((.....----...))))))((((((((((((..(.((((((.....)))))).))))))).)))..((((((((.(((.........))).)))))))).....)))..---- ( -35.10)
>DroSim_CAF1 4898 116 + 1
UUGGGUGUGAUAUACAUAUAAUAUCCGUUUCACUGAAUAUUGUGCUGCAAUUAGCAGCAGAGUUCAGCUGACAGCUGUUGCACGGAAUUCCCAAUCGAGUAAUAGCAGAAUAGCAA----
..((((((.(((....))).))))))((((((((((((..(.((((((.....)))))).))))))).)))..((((((((.(((.........))).)))))))).....)))..---- ( -34.70)
>DroEre_CAF1 4761 116 + 1
UUGGGUGUGA----CACGUAAUAUCCGUUUCACUGAAUAUUGUGCUGCAAUUAGCAGCAGGGUUCAGCUGCCAGCUGUUGCACCGAAUUUUCAAUCGAGUAAUAGCACAAUAGCAGAAGG
..((((((..----......))))))......(((..((((((((((......((((((((((......)))..)))))))(((((........))).))..)))))))))).))).... ( -36.10)
>DroYak_CAF1 4923 116 + 1
UUGGGUGCGAUGUACAUAUAAUAUCCGUUUCACUGCAUAUUGUGCUGCAAUUAGCAGCGGAGUUCAGCUGACAGCUGUUGCAUCGAAUUCCCAAUCGAGUAAUAGCAGAAUAGCAC----
....(((((((((.......))))).(((...(((...(((.((((((.....)))))).))).)))..))).((((((((.((((........))))))))))))......))))---- ( -36.00)
>consensus
UUGGGUGUGAUAU_CA_AUAAUAUCCGUUUCACUGAAUAUUGUGCUGCAAUUAGCAGCAGAGUUCAGCUGACAGCUGUUGCACCGAAUUCUCAAUCGAGUAAUAGCAGAAUAGCAG____
..((((((............))))))((((((((((((..(.((((((.....)))))).))))))).)))..((((((((...((........))..)))))))).....)))...... (-29.64 = -29.92 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	518,574 – 518,686
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.17
Mean single sequence MFE	-29.36
Consensus MFE	-21.04
Energy contribution	-21.24
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.07
Structure conservation index	0.72
SVM decision value	0.30
SVM RNA-class probability	0.680459
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 518574 112 - 22224390
----CUGCUAUUCUGCUAUUACUCGAUUGAGAAUUCGUUGCAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAU----AUAUCACACCCAA
----..((......)).....(((....))).(((((((((....))..(((.(((((...((((((.....)))))).....))))))))))))))).....----............. ( -24.80)
>DroSec_CAF1 4878 112 - 1
----CUGCUAUUCUGCUAUUACUCGAUUGAGAAUUCCGUGCAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAU----AUAUCACACCCAA
----..((......))........(((....((((((((((....))..(((.(((((...((((((.....)))))).....)))))))).))))).)))..----..)))........ ( -26.30)
>DroSim_CAF1 4898 116 - 1
----UUGCUAUUCUGCUAUUACUCGAUUGGGAAUUCCGUGCAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAUAUGUAUAUCACACCCAA
----..((......))..........(((((...(((((((....))..(((.(((((...((((((.....)))))).....)))))))).))))).......(((.....)))))))) ( -29.60)
>DroEre_CAF1 4761 116 - 1
CCUUCUGCUAUUGUGCUAUUACUCGAUUGAAAAUUCGGUGCAACAGCUGGCAGCUGAACCCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUACGUG----UCACACCCAA
........(((((((((...((.(((.(....).)))))((((....(((((((........))))))).)))))))))))))....((((.(((.......))).----))))...... ( -36.20)
>DroYak_CAF1 4923 116 - 1
----GUGCUAUUCUGCUAUUACUCGAUUGGGAAUUCGAUGCAACAGCUGUCAGCUGAACUCCGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUGCAGUGAAACGGAUAUUAUAUGUACAUCGCACCCAA
----((((...((((...((((((((........))))((((.((((.....))))......(((((.....)))))......))))))))..))))(((.....)))....)))).... ( -29.90)
>consensus
____CUGCUAUUCUGCUAUUACUCGAUUGAGAAUUCGGUGCAACAGCUGUCAGCUGAACUCUGCUGCUAAUUGCAGCACAAUAUUCAGUGAAACGGAUAUUAU_UG_AUAUCACACCCAA
...........((((...(((((..((((..............((((.....))))......(((((.....))))).))))....)))))..))))....................... (-21.04 = -21.24 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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