Locus 1220

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,628,390 – 3,628,487
Length	97
Max. P	0.885156

overview

Window 9

Location	3,628,390 – 3,628,487
Length	97
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	68.25
Mean single sequence MFE	-44.08
Consensus MFE	-16.50
Energy contribution	-19.17
Covariance contribution	2.67
Combinations/Pair	1.52
Mean z-score	-2.02
Structure conservation index	0.37
SVM decision value	0.94
SVM RNA-class probability	0.885156
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3628390 97 + 22224390
UCGGUGUGGGUGUUGGCGUGGGCGUUGGAGUAAAUGUGGGUGUGGGACCACCACUGCCACCACCACCGCCGAUGGCCAUGCCAGCGGCCAUUAUCAC
..(((((((.(((((((((((.((((((.......((((..((((.....))))..))))........)))))).))))))))))).))).)))).. ( -50.76)
>DroVir_CAF1 47950 91 + 1
UCGGUGUUGGCGUCAAUGUGGGCGUCGGCGUGGGUGUUGGCGGUUUGCCGCCACCGCCGCCGC------CACUGCCAAUGCCGACGGCAAUCAUGAC
((((((((((((((......)))...((((..((((.((((((....)))))).))))..)))------)...)))))))))))............. ( -48.30)
>DroSec_CAF1 7739 91 + 1
UCGGUGUGGGUGUUGG------CGUUGGAGUAAAUGUGGGUGUGGGACCACCACUGCCACCACCACCGCCGAUGGCCAUGCCGGCGGCCAUUAUCAC
(((((((((.((((((------((.(((.(.....((((..((((.....))))..))))).))).)))))))).)))))))))............. ( -40.80)
>DroEre_CAF1 7861 97 + 1
UCGGUGUGGGCGUUGGCGUGGGCGUUGGAGUAAAUGUCGGUGUGGGACCACCACUGCCACCGCCACCGCAGAUGGCUAUGCCCGCGGCCAUUAUCAC
..((((((((((((((((.(((((((......))))))(((((((.....)))).))).))))))..((.....)).)))))))).)))........ ( -41.30)
>DroMoj_CAF1 69652 82 + 1
U------GGGCGUCAAUGUGGGUGUG---------GUCGGCGGACUACCACCGCCGCCGCCGCCGAUGCCGCUGUCAAUGCCAGCGGCCAUCAUGAC
.------....((((.....((((((---------(.((((((.......))))))))).))))((((((((((.......)))))).)))).)))) ( -40.50)
>DroAna_CAF1 13076 97 + 1
UAGGGGUGGGCGUUGGUGUUGGAGUGGGCGUGAAUGUGGGCGUAGGGCCGCCCCUGCCCCCACCUCCUCCAAUGGGCUUACCUGCGGCAAUCCUCAC
..((((..(.(((.((((((((((.(((.(((.....(((.((((((....))))))))))))))))))))))......))).))).)...)))).. ( -42.80)
>consensus
UCGGUGUGGGCGUUGGUGUGGGCGUUGGAGUAAAUGUGGGCGUGGGACCACCACUGCCACCACCACCGCCGAUGGCCAUGCCAGCGGCCAUCAUCAC
..(((((((.(((.(((((.((((.(((.........(((((......))))).........))).)))).......))))).))).))).)))).. (-16.50 = -19.17 +   2.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	3,628,390 – 3,628,487
Length	97
Sequences	6
Columns	97
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	68.25
Mean single sequence MFE	-37.45
Consensus MFE	-18.82
Energy contribution	-18.93
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.68
Mean z-score	-1.43
Structure conservation index	0.50
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.565504
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3628390 97 - 22224390
GUGAUAAUGGCCGCUGGCAUGGCCAUCGGCGGUGGUGGUGGCAGUGGUGGUCCCACACCCACAUUUACUCCAACGCCCACGCCAACACCCACACCGA
(((...(((((((......))))))).((((..((((.(((.((((((((........))))...))))))).))))..))))......)))..... ( -37.40)
>DroVir_CAF1 47950 91 - 1
GUCAUGAUUGCCGUCGGCAUUGGCAGUG------GCGGCGGCGGUGGCGGCAAACCGCCAACACCCACGCCGACGCCCACAUUGACGCCAACACCGA
(((((((((((((.......)))))))(------(((.(((((.((((((....)))))).......))))).))))..)).))))........... ( -40.00)
>DroSec_CAF1 7739 91 - 1
GUGAUAAUGGCCGCCGGCAUGGCCAUCGGCGGUGGUGGUGGCAGUGGUGGUCCCACACCCACAUUUACUCCAACG------CCAACACCCACACCGA
(((...(((((((......))))))).((((.(((.(((((..((((((......)).))))..)))))))).))------))......)))..... ( -33.70)
>DroEre_CAF1 7861 97 - 1
GUGAUAAUGGCCGCGGGCAUAGCCAUCUGCGGUGGCGGUGGCAGUGGUGGUCCCACACCGACAUUUACUCCAACGCCCACGCCAACGCCCACACCGA
(((....((((.(.((((...((((.((((....)))))))).((((((......)))).))............)))).))))).....)))..... ( -36.60)
>DroMoj_CAF1 69652 82 - 1
GUCAUGAUGGCCGCUGGCAUUGACAGCGGCAUCGGCGGCGGCGGCGGUGGUAGUCCGCCGAC---------CACACCCACAUUGACGCCC------A
((((.((((.((((((.......))))))))))((..(.((((((((.......)))))).)---------).)..))....))))....------. ( -40.40)
>DroAna_CAF1 13076 97 - 1
GUGAGGAUUGCCGCAGGUAAGCCCAUUGGAGGAGGUGGGGGCAGGGGCGGCCCUACGCCCACAUUCACGCCCACUCCAACACCAACGCCCACCCCUA
(((.((.(((((...)))))..)).((((((..(((((((....(((((......)))))...))).))))..)))))))))............... ( -36.60)
>consensus
GUGAUAAUGGCCGCCGGCAUGGCCAUCGGCGGUGGCGGUGGCAGUGGUGGUCCCACACCCACAUUUACUCCAACGCCCACACCAACGCCCACACCGA
(((......(((((((.(...(((......)))).)))))))..(((((......))))).........................)))......... (-18.82 = -18.93 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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