Locus 1194

Sequence ID	X_DroMel_CAF1
Location	3,565,475 – 3,565,671
Length	196
Max. P	0.994765

overview

Window 5

Location	3,565,475 – 3,565,595
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.72
Mean single sequence MFE	-50.80
Consensus MFE	-38.14
Energy contribution	-37.58
Covariance contribution	-0.56
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-3.37
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	2.51
SVM RNA-class probability	0.994765
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3565475 120 + 22224390
AUAUUGAGGUGGGUGUGAUCGCUAAGGCUGGUGGGUGUACUCGCUUUGCUGGUUGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGCGAGUUGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUAUCCGAUAAC
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>DroSec_CAF1 21767 120 + 1
AUAUUGAGGUGGGUGUGAUCGCUAAGGCUGGUGGGUGUACUCGCCAAGCUGGUGGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGAGAGUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAGC
.......(((((.(..(((((((...((..((((((((((.((((.....))))(((...((((.........))))...)))))))))))))..)).)))))))..).)))))...... ( -48.90)
>DroSim_CAF1 18554 120 + 1
AUAUUGAGGUGGGUGUGAUCGCUAAGGCUGGUGGGUGUACUCGCCAAGCUGGUGGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGCGAGUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAGC
.......(((((.(..(((((((...((..((((((((((((((...(((.((..((.......))..)).)))..))))))...))))))))..)).)))))))..).)))))...... ( -49.20)
>DroEre_CAF1 21537 116 + 1
AUAGCGAGGUGGGUGUCGUCGCUAAGGUCGGUAGGUGUACUGGCUAAGCUGGUGCAUGUACUCGGUGGGCGAG----CGAUUCGUGCAUUCGCUGGUACGCGGUGUAUGUCCUCGCUAAA
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>consensus
AUAUUGAGGUGGGUGUGAUCGCUAAGGCUGGUGGGUGUACUCGCCAAGCUGGUGGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGCGAGUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAAC
.((((..(((((....(((((((...(((((((((((((((((((.....))))).....((((.....))))..........)))))))))))))).)))))))....))))))))).. (-38.14 = -37.58 +  -0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	3,565,515 – 3,565,635
Length	120
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.25
Mean single sequence MFE	-44.80
Consensus MFE	-27.81
Energy contribution	-29.12
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	0.15
SVM RNA-class probability	0.609245
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3565515 120 + 22224390
UCGCUUUGCUGGUUGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGCGAGUUGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUAUCCGAUAACUAUGGUUGGUGCACACGCUAAGUAACAAGUGACCGCUAAA
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>DroSec_CAF1 21807 120 + 1
UCGCCAAGCUGGUGGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGAGAGUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAGCUAUGGGUGGUGCACUCGCUAAGUAACAAGUGACCGCCAAA
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>DroSim_CAF1 18594 120 + 1
UCGCCAAGCUGGUGGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGCGAGUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAGCUAUAGGUGGUGCACUCGCUAAGUAACAAGUGACCGCCAAA
((((((.((.((((.(((.(((((...(.....)...)))))))).)))).))))))))((((((...(((((...((((....((((...)))).)))).)))))....)))))).... ( -47.10)
>DroEre_CAF1 21577 116 + 1
UGGCUAAGCUGGUGCAUGUACUCGGUGGGCGAG----CGAUUCGUGCAUUCGCUGGUACGCGGUGUAUGUCCUCGCUAAAUGUGGUUUGUGCGCUCGCUGCAUUGCAUGUGAUUGCCAAA
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>consensus
UCGCCAAGCUGGUGGAUGUACUCGAUAGGCGAGCGAGCGAGUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAACUAUGGGUGGUGCACUCGCUAAGUAACAAGUGACCGCCAAA
((((((.((.((((.(((.(((((...(.....)...)))))))).)))).))))))))((((((...(((((.....((((....))))((....))...)))))....)))))).... (-27.81 = -29.12 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	3,565,555 – 3,565,671
Length	116
Sequences	5
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.43
Mean single sequence MFE	-37.10
Consensus MFE	-16.00
Energy contribution	-19.32
Covariance contribution	3.32
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.79
Structure conservation index	0.43
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.564379
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3565555 116 + 22224390
GUUGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUAUCCGAUAACUAUGGUUGGUGCACACGCUAAGUAACAAGUGACCGCUAAACUGCUACUUUAACAGACACAACUGUGCAUGUUAAGC
.....((....((.(...((((((....(((.(((((.......))))))))...((((........))))))))))...).))....((((((..(((....)))..)))))))) ( -29.70)
>DroSec_CAF1 21847 116 + 1
GUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAGCUAUGGGUGGUGCACUCGCUAAGUAACAAGUGACCGCCAAACCGCCACUUUAACAGACACAACUGUGCAUGUUAAGC
((((.((....))))))(.(((((((.(((((....)))))...((((((.((((.(........).))))))))))))))))))..(((((((..(((....)))..))))))). ( -39.90)
>DroSim_CAF1 18634 116 + 1
GUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUUACCGGUAGCUAUAGGUGGUGCACUCGCUAAGUAACAAGUGACCGCCAAACCGCUACUUUAACAGGCACAACUGUGCAUGUUAAGC
((((.((....)))))).((((((((.(((((....)))))...((((((.((((.(........).))))))))))))))))))..(((((((.((((....)))).))))))). ( -44.20)
>DroEre_CAF1 21613 114 + 1
UUCGUGCAUUCGCUGGUACGCGGUGUAUGUCCUCGCUAAAUGUGGUUUGUGCGCUCGCUGCAUUGCAUGUGAUUGCCAAACCGCGCC--AAACAGUCACAAUUGUGCAUGUUAAGC
..(((((((.(((......)))))))))).....(((....((((((((.(((.(((((((...))).)))).)))))))))))...--.((((..(((....)))..)))).))) ( -38.20)
>DroYak_CAF1 23252 95 + 1
---------------------GGGGCAAGUCCCUAGUAGCUAUGGUUUGUGUACUCGCUGAGUAACAGGUGACUGCCAAACCGCUACUUUAACAGUCACAAUGGUGCAUGUUAAGC
---------------------((((....)))).((((((...((((((.(((.(((((........))))).)))))))))))))))((((((..(((....)))..)))))).. ( -33.50)
>consensus
GUCGUGCACUCGCUGGCGAGCGGUUUAAGUCACCGGUAGCUAUGGUUGGUGCACUCGCUAAGUAACAAGUGACCGCCAAACCGCUACUUUAACAGACACAACUGUGCAUGUUAAGC
...(((((((...((((...(((((.....)))))...)))).....)))))))(((((........)))))..((......))....((((((..(((....)))..)))))).. (-16.00 = -19.32 +   3.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	3,565,555 – 3,565,671
Length	116
Sequences	5
Columns	116
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.43
Mean single sequence MFE	-35.44
Consensus MFE	-16.38
Energy contribution	-19.96
Covariance contribution	3.58
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.78
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	0.08
SVM RNA-class probability	0.574538
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 3565555 116 - 22224390
GCUUAACAUGCACAGUUGUGUCUGUUAAAGUAGCAGUUUAGCGGUCACUUGUUACUUAGCGUGUGCACCAACCAUAGUUAUCGGAUACUUAAACCGCUCGCCAGCGAGUGCACAAC
((((((((.((((....)))).)))))(((((((((............)))))))))))).(((((((...((.........))..........((((....)))).))))))).. ( -31.90)
>DroSec_CAF1 21847 116 - 1
GCUUAACAUGCACAGUUGUGUCUGUUAAAGUGGCGGUUUGGCGGUCACUUGUUACUUAGCGAGUGCACCACCCAUAGCUACCGGUAACUUAAACCGCUCGCCAGCGAGUGCACGAC
((((((((.((((....)))).)))))).(((((.....((.(((((((((((....)))))))).))).))....))))).(((.......)))(((((....)))))))..... ( -41.60)
>DroSim_CAF1 18634 116 - 1
GCUUAACAUGCACAGUUGUGCCUGUUAAAGUAGCGGUUUGGCGGUCACUUGUUACUUAGCGAGUGCACCACCUAUAGCUACCGGUAACUUAAACCGCUCGCCAGCGAGUGCACGAC
((((((((.((((....)))).)))))).(((((.....((.(((((((((((....)))))))).))).))....))))).(((.......)))(((((....)))))))..... ( -44.10)
>DroEre_CAF1 21613 114 - 1
GCUUAACAUGCACAAUUGUGACUGUUU--GGCGCGGUUUGGCAAUCACAUGCAAUGCAGCGAGCGCACAAACCACAUUUAGCGAGGACAUACACCGCGUACCAGCGAAUGCACGAA
(((.((((..(((....)))..)))).--)))((((((((((..((.(.(((...)))).))..)).)))))).......(((..(.....)..)))......))........... ( -30.80)
>DroYak_CAF1 23252 95 - 1
GCUUAACAUGCACCAUUGUGACUGUUAAAGUAGCGGUUUGGCAGUCACCUGUUACUCAGCGAGUACACAAACCAUAGCUACUAGGGACUUGCCCC---------------------
..((((((..(((....)))..))))))((((((((((((((((....))))(((((...)))))..))))))...)))))).(((.....))).--------------------- ( -28.80)
>consensus
GCUUAACAUGCACAGUUGUGACUGUUAAAGUAGCGGUUUGGCGGUCACUUGUUACUUAGCGAGUGCACCAACCAUAGCUACCGGGAACUUAAACCGCUCGCCAGCGAGUGCACGAC
((((((((.((((....)))).)))))(((((((((............))))))))))))..((((((..............((((.....))))((......))..))))))... (-16.38 = -19.96 +   3.58)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:03:35 2006