Locus 115

Sequence ID X_DroMel_CAF1
Location 468,741 – 468,847
Length 106
Max. P 0.541067
window152

overview

Window 2

Location 468,741 – 468,847
Length 106
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.33
Mean single sequence MFE -38.07
Consensus MFE -23.99
Energy contribution -25.87
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.80
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.541067
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>X_DroMel_CAF1 468741 106 - 22224390
UGCCUGUGCUGCAGAGCACCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAACGAAGUUGGUGCCGGACAGGGAACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUUAGCUAGCAC
..(((.((((((.(.((((((((((..(((....)))((....)))))))))))))...(((((((.......))).)))))))))).)))............... ( -40.30)
>DroSec_CAF1 670 106 - 1
UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAAUCAAGCUGGUGCCGGACAGGGCACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUUAGCUAGCAC
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>DroSim_CAF1 670 106 - 1
UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAAUCAAGCUGGUGCCGGACAGGGCACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUUAGCUAGCAC
((((..((((((...))))))....(.(((....))))))))....((((((((((......))))))....((((.((((....))))))))....))))..... ( -37.70)
>DroEre_CAF1 758 106 - 1
UGCCUGUGCUGCAGAGCAGUAACUUGCACGUAAACGUUGGCAAUCCAGCCGGUGCCGGACAGGGAAGCAAUAUUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUCAGCUAGCAC
(((..(((((((...))))).))..))).......(((((((((((..(((.(((((((...((((......)))).))))))).)))..).))))..)))))).. ( -40.20)
>DroYak_CAF1 682 106 - 1
UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUGGGCAAUCAAGCCGGUGCCGGACAGGGAAGCAAUCUUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUCAGCUAGCAC
((((..((((((...)))))).....((((....)))))))).((...(((.(((((((...(((((....))))).))))))).)))..)).............. ( -40.80)
>DroAna_CAF1 705 82 - 1
UGCCAGUGCUGCAGAGCAGCAAUCUGCACGUGAACGUGGGCAGUCCGGC------------------------GUUAGCCAGCAGCUCGGGAGGAUCAGCUAGCAC
((((..((((((...)))))).....((((....))))))))....(((------------------------....))).((((((.((.....)))))).)).. ( -31.70)
>consensus
UGCCUGUGCUGCAGAGCAGCAACUUGCACGUAAACGUCGGCAAUCAAGCUGGUGCCGGACAGGGAACCAAUACUUCAUCUGGCAGCGGAGGAGAUUCAGCUAGCAC
(((..(((((((...))))).))..))).......((.(((((((...(((.(((((((..(((........)))..))))))).)))....))))..))).)).. (-23.99 = -25.87 +   1.88)

alignment

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secondary structure

Postscript

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