Locus 8

Sequence ID 4_DroMel_CAF1
Location 142,681 – 142,834
Length 153
Max. P 0.866595
window13 window14

overview

Window 3

Location 142,681 – 142,794
Length 113
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.11
Mean single sequence MFE -36.01
Consensus MFE -21.39
Energy contribution -20.53
Covariance contribution -0.86
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.791683
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 142681 113 - 1281640
GGAUUACUUAACAGCUCUUCACGUUGCUGCUCACUGUGGUCAUGUUAAAGUAGCUAAGCUUUUACUUGAUUACAAGGCAAAUCCAAAUGCCCGCGCGCUCAACGGUUUCACUC
.....................(((((..((.(..((((((((.((.(((((......))))).)).)))))))).((((........))))...).)).)))))......... ( -26.10)
>DroVir_CAF1 3528 113 - 1
UGACUAUUUGACGGCCCUGCAUGUGGCCGCCCACUGUGGCCAUGUGCGUGUGGCCAAGCUGUUGCUUGACUACGGCGCCAAUCCGAACUCGCGUGCCCUCAACGGAUUUACGC
............(((((.((((((((((((.....))))))))))))..((((.(((((....))))).)))))).)))...........(((((.((.....))...))))) ( -45.80)
>DroPse_CAF1 3542 113 - 1
UGAUUAUUUGACAGCGCUCCAUGUGGCCGCACACUGUGGCCAUGUGAGGGUGGCCAAACUUCUGCUUGACUACGGUGCAAAUCCAAACUCACGUGCCCUCAACGGUUUCACUC
(((....((((..((((.....((((((((.....))))))))(((((..(((.(((.(....).)))((....))......)))..)))))))))..)))).....)))... ( -37.00)
>DroWil_CAF1 38760 113 - 1
AGACUAUUUAACAGCACUGCAUGUGGCUGCACACUGCGGACACGUUCGUGUGGCUAAAUUGCUUCUCGACUACGGAGCAAAUCCAAACUCGCGUGCCUUAAAUGGAUUUACCC
...((((((((..((((.((...((((..(((...(((....)))..)))..))))..(((((((........)))))))..........)))))).))))))))........ ( -36.70)
>DroAna_CAF1 47772 113 - 1
UGAUUAUUUAACAGCUCUUCAUGUGGCCGCCCAUUGCGGUCACGUCAAAGUAUCCAAGCUUUUGCUUGAUUAUGGGGCGAAUUCAAACUCCAGGGCUCUCAAUGGAUUCACUC
.............(((((..((((((((((.....))))))))))....(((..(((((....)))))..))))))))(((((((.................))))))).... ( -33.43)
>DroPer_CAF1 3705 113 - 1
UGAUUAUUUGACAGCGCUCCAUGUGGCCGCACACUGUGGCCAUGUGAGGGUGGCCAAACUUCUGCUUGACUACGGUGCAAAUCCAAACUCACGUGCCCUCAACGGUUUCACUC
(((....((((..((((.....((((((((.....))))))))(((((..(((.(((.(....).)))((....))......)))..)))))))))..)))).....)))... ( -37.00)
>consensus
UGAUUAUUUAACAGCGCUCCAUGUGGCCGCACACUGUGGCCAUGUGAGAGUGGCCAAACUUCUGCUUGACUACGGGGCAAAUCCAAACUCACGUGCCCUCAACGGAUUCACUC
.............(((((..((((((((((.....))))))))))....((((.(((........))).)))))))))................................... (-21.39 = -20.53 +  -0.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 142,714 – 142,834
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.67
Mean single sequence MFE -40.60
Consensus MFE -19.58
Energy contribution -19.08
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.46
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.48
SVM decision value 0.85
SVM RNA-class probability 0.866595
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 142714 120 - 1281640
UAUUGUUGGACAACAAGGCUCCAGUAGAUGAAGUUACUGUGGAUUACUUAACAGCUCUUCACGUUGCUGCUCACUGUGGUCAUGUUAAAGUAGCUAAGCUUUUACUUGAUUACAAGGCAA
..(((((....))))).(((.((((((.(((((...((((..........))))..)))))..)))))).....((((((((.((.(((((......))))).)).)))))))).))).. ( -30.80)
>DroVir_CAF1 3561 120 - 1
UGUUGCUUGAUCACAAAGCACCUGUCGAUGAGGUUACCGUUGACUAUUUGACGGCCCUGCAUGUGGCCGCCCACUGUGGCCAUGUGCGUGUGGCCAAGCUGUUGCUUGACUACGGCGCCA
.(((((((.......))))....(((((((.(....)))))))).....)))(((((.((((((((((((.....))))))))))))..((((.(((((....))))).)))))).))). ( -53.00)
>DroGri_CAF1 4051 120 - 1
UGCUACUCGAUCAUAAAGCUCCUGUGGAUGAGGUCACUGUCGAUUAUUUAACUGCUCUGCAUGUGGCUGCCCAUUGUGGUCAUGUGCGUGUCGCCAAGUUACUUCUCGAUUAUGGCGCCA
.((..((((.(((((.......))))).))))((((..(((((.....(((((((.(((((((((((..(.....)..)))))))))).)..))..)))))....)))))..)))))).. ( -36.40)
>DroWil_CAF1 38793 120 - 1
UGCUACUCGACCAUAAGGCUCCUGUCGAUGAGGUGACAGUAGACUAUUUAACAGCACUGCAUGUGGCUGCACACUGCGGACACGUUCGUGUGGCUAAAUUGCUUCUCGACUACGGAGCAA
.................(((((.(((((.((((..(..((((.((.......))..))))...((((..(((...(((....)))..)))..))))..)..)))))))))...))))).. ( -40.30)
>DroAna_CAF1 47805 120 - 1
UACUAUUGGACAAAGAGGCUCCAGUAGAUGAGGUGACCAUUGAUUAUUUAACAGCUCUUCAUGUGGCCGCCCAUUGCGGUCACGUCAAAGUAUCCAAGCUUUUGCUUGAUUAUGGGGCGA
..(((((((((......).))))))))((((((.(.(..((((....))))..)).))))))((((((((.....))))))))(((...(((..(((((....)))))..)))..))).. ( -41.40)
>DroPer_CAF1 3738 120 - 1
UACUUUUAGAACAUAAGGCUCCAGUAGACGAGGUAACCGUUGAUUAUUUGACAGCGCUCCAUGUGGCCGCACACUGUGGCCAUGUGAGGGUGGCCAAACUUCUGCUUGACUACGGUGCAA
.................((.((.((((.((((......((..(....)..))..((((((((((((((((.....))))))))))).)))))............)))).)))))).)).. ( -41.70)
>consensus
UACUACUCGACCAUAAGGCUCCAGUAGAUGAGGUGACCGUUGAUUAUUUAACAGCUCUGCAUGUGGCCGCCCACUGUGGUCAUGUGAGUGUGGCCAAGCUUCUGCUUGACUACGGCGCAA
.................((.((...................................((.((((((((((.....)))))))))).)).((((.((((......)))).)))))).)).. (-19.58 = -19.08 +  -0.50)

alignment

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secondary structure

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