Locus 46

Sequence ID	4_DroMel_CAF1
Location	418,136 – 418,325
Length	189
Max. P	0.868804

overview

Window 1

Location	418,136 – 418,249
Length	113
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.01
Mean single sequence MFE	-34.00
Consensus MFE	-20.02
Energy contribution	-20.86
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.16
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.13
SVM RNA-class probability	0.598218
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 418136 113 + 1281640
AGUGUACCAAAUGCACUUUAGCAUAUGUAUGUGU-UGCAUGUUGAGUGUGUGUUUUGUGUGCACAU-GCAUGGUAAAC-UCAUAAUUGGUGCGGGUU----CGGUAUUUGUGGGCGAACG
..((((((((((((......))))...((((.((-(.(((((...(((((..(.....)..)))))-)))))...)))-.)))).)))))))).(((----((.(.......).))))). ( -34.60)
>DroSec_CAF1 35043 118 + 1
UGUGUACCAAAUGCACUUUAGCAUAUGUAUGUGU-UGCAUGUUGAGUGUGU-UUUUGUUUGCACAUUGCAUGGUAAAUAUAAUAAUUGGUGCGGGUAUUUGUGGUAUUUGUGUGCGAACG
........((((((((((....(((((((.....-))))))).))))))))-))..((((((((((.((((.(.............).))))((((((.....)))))))))))))))). ( -31.42)
>DroSim_CAF1 26661 112 + 1
UGUGUACCAAAUGCACUUUAGCAUAUGCAUGUGU-UGCAUGUUGAGUGUGU-UUUUGU-UGCACAU-GCCUGGUAAAUAUAAUAAUUGGUGGGGGUU----CGGUAUUUGUGUGCGAACG
((((((.((((.(((((((((((..((((.....-))))))))))).))))-.)))).-)))))).-.(((.(..(((......)))..).)))(((----((.(((....)))))))). ( -32.80)
>DroEre_CAF1 44046 113 + 1
AGUGUACCAAAUGCACUUGUGCAUAUGCAUGUGUGUGCAUGCUGAGUUUGU-GUUAGAAUGCACAU-GUAUGGUAAAC-UCAUAAUUGGUGCGGGUU----CGGUAUUUGUGUACGAACG
..(((((((((((((....)))))...((((..(((((((.((((......-.)))).))))))).-.))))......-......)))))))).(((----((.(((....)))))))). ( -39.30)
>DroYak_CAF1 46418 113 + 1
AGUGUACCAAAAGCACUUAUGCAUAUGGAUGUGUGUGUAGUUUGAGUGUGU-GUUUGAUUGCACAU-GUAUGGUAAAC-UCAGAAUUGGUGCGGGUU----CGGUAUUUGUGUGCUAACG
..((((((((......((((((((((....))))))))))(((((((((((-((......))))))-.........))-))))).)))))))).(((----.(((((....)))))))). ( -31.90)
>consensus
AGUGUACCAAAUGCACUUUAGCAUAUGCAUGUGU_UGCAUGUUGAGUGUGU_UUUUGUUUGCACAU_GCAUGGUAAAC_UCAUAAUUGGUGCGGGUU____CGGUAUUUGUGUGCGAACG
...(((((((((((......((((((((((((....))))))...))))))........(((((.....((((......)))).....)))))..........))))))).))))..... (-20.02 = -20.86 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	418,213 – 418,325
Length	112
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.64
Mean single sequence MFE	-33.64
Consensus MFE	-21.39
Energy contribution	-21.67
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.56
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.86
SVM RNA-class probability	0.868804
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 418213 112 + 1281640
CAUAAUUGGUGCGGGUU----CGGUAUUUGUGGGCGAACGGUCAUAA---GGCAGCACUUCCACUCCAUGACUGUGGCGAGCCUGCACGAA-UAAUACUUAUAAAUUAAUAAGCAUAUUC
........(((((((((----((......(((((.(....(((....---)))....).))))).((((....)))))))))))))))(((-((...(((((......)))))..))))) ( -34.80)
>DroSec_CAF1 35121 114 + 1
AAUAAUUGGUGCGGGUAUUUGUGGUAUUUGUGUGCGAACGGUCAUGAGGAGGCAGC------ACUCCAUGAGUAUGGCGAGCCUGCACGAAUUAAUACUUAUAAAUUAAUAAGCAUAUUC
..(((((.((((((((..((((.(((((..(((....))........((((.....------.)))))..))))).)))))))))))).)))))...(((((......)))))....... ( -35.50)
>DroSim_CAF1 26737 107 + 1
AAUAAUUGGUGGGGGUU----CGGUAUUUGUGUGCGAACGGUCAUAA---GGCAGC------ACUCCAUGAGUAUGGCGAGCCUGCACGAAUUAAUACUUAUAAAUUAAUAAGCAUAUUC
..(((((.(((.(((((----(((((((..(((((.....(((....---))).))------))...)..)))))..))))))).))).)))))...(((((......)))))....... ( -31.80)
>DroEre_CAF1 44123 113 + 1
CAUAAUUGGUGCGGGUU----CGGUAUUUGUGUACGAACGGUCAUAA---UGCUGCACUUCCACUCCGUGUAUGUGGCGAGCUUGCACGAAUUAAUACUUAUAAAUUAAUAAGCAUAUUC
..(((((.(((((((((----(.((((....)))).....((((((.---...(((((.........))))))))))))))))))))).)))))...(((((......)))))....... ( -32.00)
>DroYak_CAF1 46495 107 + 1
CAGAAUUGGUGCGGGUU----CGGUAUUUGUGUGCUAACGGUCAUAA---UGUUGCAGUUCAAC------UAUGUGGCGAGCCUGCACGAAUUAAUACUUAUAAAUUAAUAAGCAUAUUC
...((((.(((((((((----((((((....)))))....((((((.---.((((.....))))------..)))))))))))))))).))))....(((((......)))))....... ( -34.10)
>consensus
CAUAAUUGGUGCGGGUU____CGGUAUUUGUGUGCGAACGGUCAUAA___GGCAGCA_UUC_ACUCCAUGAAUGUGGCGAGCCUGCACGAAUUAAUACUUAUAAAUUAAUAAGCAUAUUC
..(((((.(((((((((......((((....)))).....((((((..........................)))))).))))))))).)))))...(((((......)))))....... (-21.39 = -21.67 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:32:26 2006