Locus 154

Sequence ID 4_DroMel_CAF1
Location 1,003,272 – 1,003,386
Length 114
Max. P 0.855335
window247

overview

Window 7

Location 1,003,272 – 1,003,386
Length 114
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.95
Mean single sequence MFE -49.38
Consensus MFE -39.94
Energy contribution -40.75
Covariance contribution 0.81
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -2.09
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.855335
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>4_DroMel_CAF1 1003272 114 - 1281640
GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCACAACGCUGUUUCGGGCGGCCUUUCGAGUUUGCUGGCAACAGCA----GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGAUUUAG--ACACUC
(((((((((((((.((((((((((.((..(((......)))..))))).((((.(((.((((((((....)))))----)))..))).)))).))))).)).)))).)))))--)))).. ( -53.10)
>DroSec_CAF1 42652 116 - 1
GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCACAACGCUGUUUCGGGCGGCCUUUCGAGUUUGCUGGCAACAGCA----GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGAUUUAGAGACACUC
((.((((((((((.((((((((((.((..(((......)))..))))).((((.(((.((((((((....)))))----)))..))).)))).))))).)).)))).)))))).)).... ( -49.70)
>DroEre_CAF1 44008 120 - 1
GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCGGAAGGCUGUUUCGGUCGGGCUUUCUAGUUUGCUGGCAACAGCAGGCAGGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGGUUUAGGGACACUC
((((((((.(((((..(((.((((.......(((((.(((.......))).)))))..((((((((....)))))))).)))).)))..)((((....)))))))).))...)))))).. ( -48.90)
>DroYak_CAF1 42508 116 - 1
GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCGGAAGGCUGUUUCAGGCGGGCUUUCUAGUUUGCUGGCAGCAGCA----GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGGUUUAGCGACACUU
.......(((..((..(((.((((......(....)((((((.(.((((((((....)))))))).).)))))).----)))).)))..))..))).(((((.........))))).... ( -45.80)
>consensus
GUGUUUAAGCAGUUUGUCAGCGCCACGUGGCACAACGCUGUUUCGGGCGGCCUUUCGAGUUUGCUGGCAACAGCA____GGCGGUGGUGGGUGGCUGGUCGCACUGAUUUAG_GACACUC
(((((((((((((.((((((((((((.((.(.....((((((.(.((((((((....)))))))).).)))))).....).))))))).....))))).)).)))).))))..))))).. (-39.94 = -40.75 +   0.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:37:24 2006