Locus 9870

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 26,314,991 – 26,315,111
Length 120
Max. P 0.825785
window15749

overview

Window 9

Location 26,314,991 – 26,315,111
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.28
Mean single sequence MFE -48.63
Consensus MFE -44.66
Energy contribution -45.22
Covariance contribution 0.56
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.825785
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 26314991 120 - 27905053
GACGUGCGGGGUACGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUUCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU
...(((((((((..(((..((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).)))))..(((((((....))))))))))..))))))..... ( -47.80)
>DroSec_CAF1 36847 120 - 1
GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUUCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU
...((((((...(((((..((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).)))))..(((((((....)))))))))...))))))..... ( -49.50)
>DroSim_CAF1 41725 120 - 1
GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUUCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU
...((((((...(((((..((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).)))))..(((((((....)))))))))...))))))..... ( -49.50)
>DroEre_CAF1 44867 120 - 1
GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU
...((((((...((((..(((((((((.(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))).)))))).))).)).(((((((....)))))))))...))))))..... ( -50.80)
>DroYak_CAF1 40581 120 - 1
GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGCCACUGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU
...((((((...((((..(((((.(((((((((..(((..(..((((((...))))))..))))..))))))))).)).))).)).(((((((....)))))))))...))))))..... ( -50.00)
>DroAna_CAF1 46923 120 - 1
GACGUGGGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGGAGGUUGCCGCUGUUAUAGUGGUGGUGCUGGAUGAUGUCGCCACGGCCCACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGGUGCGGAUGCU
.......((.((.((.(((..((.(((((((((.(((..(..(((((((...)))))))..).)))))))))))).)).((((((...(((((....)))))))))))))).)).)).)) ( -44.20)
>consensus
GACGUGCGGGGUGCGGAUCAGGGAGAUGUCGUUGUGCAGGUUGCCGCUGUUGUAGUGGUGGUGCUGGACGAAGUUUCCGCUGCCAACCCAGUGGGUGUACUGGGGCUGGUUGCGCAGACU
.......((..(((((((((((((((..(((((..(((..(..((((((...))))))..))))..)))))..)))))........(((((((....))))))).)))))).))))..)) (-44.66 = -45.22 +   0.56)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 13:43:54 2006