Locus 947

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,126,392 – 3,126,509
Length 117
Max. P 0.962185
window1513

overview

Window 3

Location 3,126,392 – 3,126,509
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.37
Mean single sequence MFE -53.20
Consensus MFE -47.50
Energy contribution -47.53
Covariance contribution 0.03
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.54
SVM RNA-class probability 0.962185
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3126392 117 - 27905053
CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGUCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGUGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC---GCCGU
......(((....)))((((.((((((((..............(((((.((((...)))).)).)))(((.((((((..(....)..))))))..))).....)))))))))---))).. ( -55.80)
>DroPse_CAF1 35 120 - 1
CAAUAUGCCGAUCGGCGGUGUUCAGGGUCAGAACCCCACCCAGGGACUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACGGGCCAGACGCAUCACGAUCCCACCGCAGCCGU
.....(((.(((((..((((((((((((....))))...(((((((....))).)))).))))))))(((.(((((...(....)...)))))..)))....))))).....)))..... ( -46.30)
>DroSec_CAF1 2068 117 - 1
CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGUCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC---GCCGU
......(((((((((((.((((((((((((((..(((.....)))))))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))---..... ( -58.40)
>DroPer_CAF1 35 120 - 1
CAAUAUGCCGAUCGGCGGUGUUCAGGGUCAGAACCCCACCCAGGGACUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACGGGCCAGACGCAUCACGAUCCCACCGCAGCCGU
.....(((.(((((..((((((((((((....))))...(((((((....))).)))).))))))))(((.(((((...(....)...)))))..)))....))))).....)))..... ( -46.30)
>DroEre_CAF1 2115 117 - 1
CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC---GCUGU
..(((((((((((((((.(((((((((((((...(((.....))).)))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))---).))) ( -58.00)
>DroYak_CAF1 2182 117 - 1
CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCUCGAUCCUGGU---GCCGU
......(((((((((((.(((((((((((((...(((.....))).)))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))---..... ( -54.40)
>consensus
CAACAUGCCGAUCGGCGGCGUCCAGGGCCAGAAUCCCACCCAGGGCCUGGUCCACUGGAUGAGCGCCGUGAUGGCCGAGCACAUGACCGGCCAGACGCACCACGAUCCUGGC___GCCGU
......(((((((((((.(((((((((((((...(((.....))).)))).)).)))))))..))))(((.((((((..(....)..))))))..))).....))))..)))........ (-47.50 = -47.53 +   0.03)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:56:17 2006