Locus 9469

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	25,059,227 – 25,059,341
Length	114
Max. P	0.879084

overview

Window 6

Location	25,059,227 – 25,059,341
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.97
Mean single sequence MFE	-46.60
Consensus MFE	-24.30
Energy contribution	-23.50
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.41
Mean z-score	-2.61
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.91
SVM RNA-class probability	0.879084
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25059227 114 + 27905053
AAGGAGUCAACUGCUGUGCCAUGAGGCUGUGUUGCACCCAGCAGACGAGCA------GCAGCAACUCGACCAGUUGCAGUGAUUUCAGCGAGGAGUCCCUGCAAAACGGAAGCAACAGCA
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>DroVir_CAF1 3011 120 + 1
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..........((((((((((.((((...((((((..(((....)))))))))))))))).((....))((((...((((.((((((.....)))))).))))....)))).))))))).. ( -53.20)
>DroGri_CAF1 3498 120 + 1
AUGGCGUCAAUUGUUGUGCGAUGCGUCUGUGUUGCAGCCAACAGGCAAGUGCCGCGGGCAGCAACAGUGCCAGCAGCAGUGAUUUCAGUGAGGAAUCCCUGCAAAAUGGGAGCAACAGUA
...((.((.(((((((((((((((....))))))).(((....(((....)))...))).)))))))).(((...((((.((((((.....)))))).))))....)))))))....... ( -43.80)
>DroEre_CAF1 5788 114 + 1
AGGGAGUCAACUGCUGUGCCAUGAGGCUCUGCUGCAGCCAGCAGACGAGCG------GCAGCAACUCAGCCAGUUGCAGCGAUUUUAGCGAGGAAACGCUGCAAAACGGAAGCAACAGCA
...((((...((((((((((....)))(((((((....)))))))...)))------))))..))))..((..((((((((.((((......))))))))))))...))..((....)). ( -45.10)
>DroAna_CAF1 3075 114 + 1
ACGGAGUCAACUGCUGUGCCAUGCGGCUCUGCUGCAACCAGCAGACGAGCA------ACAGCAACUCGGCCAGCUGCAGCGACUUCAGCGAGGAGUCCCUGCAGAACGGCAGCAACAGCA
...((((....(((((((((....)))(((((((....)))))))......------)))))))))).(((..((((((.((((((.....)))))).))))))...))).((....)). ( -49.90)
>DroMoj_CAF1 3176 120 + 1
AAGGCAUCAACUGUUGCGCGAUGCGCCUGUGCUGCAGCCAACAGGCGAGCAUGGCGGGCAGCACUACCGCCAGCAACAGCGACUUCAGCGAGGAAUCCCUGCAGAAUGGCAGCAACAGCA
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>consensus
AAGGAGUCAACUGCUGUGCCAUGCGGCUGUGCUGCAGCCAACAGACGAGCA______GCAGCAACACCGCCAGCAGCAGCGAUUUCAGCGAGGAAUCCCUGCAAAACGGCAGCAACAGCA
..((.......((((((....(((...(.(((((....))))).)...)))......))))))......))....((((.((((((.....)))))).)))).........((....)). (-24.30 = -23.50 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	25,059,227 – 25,059,341
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.97
Mean single sequence MFE	-46.07
Consensus MFE	-23.94
Energy contribution	-24.50
Covariance contribution	0.56
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.09
SVM RNA-class probability	0.576490
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 25059227 114 - 27905053
UGCUGUUGCUUCCGUUUUGCAGGGACUCCUCGCUGAAAUCACUGCAACUGGUCGAGUUGCUGC------UGCUCGUCUGCUGGGUGCAACACAGCCUCAUGGCACAGCAGUUGACUCCUU
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>DroVir_CAF1 3011 120 - 1
UGCUGUUGCUGCCAUUCUGCAGGGAUUCCUCGCUGAAAUCGCUGCUGCUGGCGCUAUUGCUGCCCGCGGUGCUGGCCUGUUGGCUACAGCACAGACGCAUGGCGCAACAGUUGACGCCAU
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>DroGri_CAF1 3498 120 - 1
UACUGUUGCUCCCAUUUUGCAGGGAUUCCUCACUGAAAUCACUGCUGCUGGCACUGUUGCUGCCCGCGGCACUUGCCUGUUGGCUGCAACACAGACGCAUCGCACAACAAUUGACGCCAU
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>DroEre_CAF1 5788 114 - 1
UGCUGUUGCUUCCGUUUUGCAGCGUUUCCUCGCUAAAAUCGCUGCAACUGGCUGAGUUGCUGC------CGCUCGUCUGCUGGCUGCAGCAGAGCCUCAUGGCACAGCAGUUGACUCCCU
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>DroAna_CAF1 3075 114 - 1
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.(((((((.((((((..(((((.((((.(.....).)))).)))))((.((((((((......------.)))))(((((((....)))))))))))))))))))))))))......... ( -53.50)
>DroMoj_CAF1 3176 120 - 1
UGCUGUUGCUGCCAUUCUGCAGGGAUUCCUCGCUGAAGUCGCUGUUGCUGGCGGUAGUGCUGCCCGCCAUGCUCGCCUGUUGGCUGCAGCACAGGCGCAUCGCGCAACAGUUGAUGCCUU
.(((..((((((((....((((.((((.(.....).)))).))))...))))))))(((((((..((((.((......)))))).))))))).)))(((((((......).))))))... ( -50.80)
>consensus
UGCUGUUGCUGCCAUUCUGCAGGGAUUCCUCGCUGAAAUCGCUGCAGCUGGCCGAGUUGCUGC______UGCUCGCCUGCUGGCUGCAGCACAGCCGCAUGGCACAACAGUUGACGCCAU
.(((((((...((((((.(((((....))).)).)))...(((((.((..((......((..........))......))..)).))))).........)))..)))))))......... (-23.94 = -24.50 +   0.56)

alignment

secondary structure

dotplot

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