Locus 9042

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Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 24190486 101 + 27905053
-AC--AACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGUCUUG------CUGCCUCUUGACAGGACAACUACCACCACU--CCC-A-----AACGCCGACGUCAUGGCCUAAUCCUAUUAGGCCCGC--
-..--.(((((((((.((...(....)(((((((------(........).)))))))............--..)-)-----.)))))).)))...((((((((...))))))))...-- ( -29.90)
>DroPse_CAF1 13831 81 + 1
-AC--AACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGCCUUA------GUGCCUCUUGACAG------------------------------CGGCAGCGUCAGUGCCUAAUCCUAUUAGGCCCGCUU
-..--...((((.....(((.(((..(((((...------((........))..------------------------------.))))).))))))(((((((...))))))))))).. ( -23.70)
>DroSim_CAF1 17024 102 + 1
-AC--AACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGUCUUG------CUGCCUCUUGACAGGACAUCUACCACCACU--CCCCA-----ACCGCCGACGUCAUGGCCUAAUCCUAUUAGGCCCGC--
-..--.((((((((..((...((((((((((..(------......)..))))))).)))..........--...))-----..))))).)))...((((((((...))))))))...-- ( -28.59)
>DroEre_CAF1 16365 96 + 1
-ACACAACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGUCCUG------AUGCCUCUUGACAGGACAUCUCCCAC---------------CAGCAGCGACGUCAGGGCCUAAUCCUAUUAGGCCCGC--
-.......(((((((.((((((.....(((((((------...........))))))).....)).---------------.))))...))))).(((((((((...)))))))))))-- ( -35.60)
>DroYak_CAF1 14192 109 + 1
-AC--AACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGUCUUG------CUGCCUCUUGACAGGACAUCUACCAACAGCAACACCAUCAGCAGCAGCGACGUCAUGGCCUAAUCCUAUUAGGCCCGC--
-..--...(((((((.((((.((((((((((..(------......)..))))))).)))........((..........))))))...)))))..((((((((...)))))))).))-- ( -31.90)
>DroAna_CAF1 11797 91 + 1
CAC--AACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGCCUCGAGCUUAGAGCCUCUUGACAACACA-------------------------GCAUCGACGUCAUGGCAUAAUCCUAUUAGGCCCGC--
...--..((.(((.((.((((((........)))))).....(((...((((..(...-------------------------.....)..)))).)))..........)).))))).-- ( -22.60)
>consensus
_AC__AACGCGGCGUAUGCUUGAUUUCUGUCUUG______CUGCCUCUUGACAGGACAUCUACCAC________________AGCAGCGACGUCAUGGCCUAAUCCUAUUAGGCCCGC__
........(((((((((.....))(((((((..................))))))).................................)))))..((((((((...)))))))).)).. (-14.61 = -15.80 +   1.19) 

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Window 2

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>3R_DroMel_CAF1 24190486 101 - 27905053
--GCGGGCCUAAUAGGAUUAGGCCAUGACGUCGGCGUU-----U-GGG--AGUGGUGGUAGUUGUCCUGUCAAGAGGCAG------CAAGACAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUU--GU-
--...((((((((...))))))))(..(((.((((((.-----.-..(--..((((.....((((((((((....)))))------...)))))..))))..)..))))))))).--.)- ( -40.00)
>DroPse_CAF1 13831 81 - 1
AAGCGGGCCUAAUAGGAUUAGGCACUGACGCUGCCG------------------------------CUGUCAAGAGGCAC------UAAGGCAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUU--GU-
..(((((((((((...)))))))..(((..(((((.------------------------------.((((....)))).------...)))))...)))........))))...--..- ( -28.80)
>DroSim_CAF1 17024 102 - 1
--GCGGGCCUAAUAGGAUUAGGCCAUGACGUCGGCGGU-----UGGGG--AGUGGUGGUAGAUGUCCUGUCAAGAGGCAG------CAAGACAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUU--GU-
--...((((((((...))))))))(..(((.(((((..-----....(--..((((......(((((((((....)))))------...))))...))))..)...)))))))).--.)- ( -37.20)
>DroEre_CAF1 16365 96 - 1
--GCGGGCCUAAUAGGAUUAGGCCCUGACGUCGCUGCUG---------------GUGGGAGAUGUCCUGUCAAGAGGCAU------CAGGACAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUUGUGU-
--..(((((((((...))))))))).(((((.((((((.---------------.(((....(((((((...........------)))))))....)))))))...)).)))))....- ( -36.40)
>DroYak_CAF1 14192 109 - 1
--GCGGGCCUAAUAGGAUUAGGCCAUGACGUCGCUGCUGCUGAUGGUGUUGCUGUUGGUAGAUGUCCUGUCAAGAGGCAG------CAAGACAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUU--GU-
--...((((((((...))))))))(..((((.((...(((((((.((.(((((((((..((.....))..))....))))------))).))....))).))))...)).)))).--.)- ( -40.90)
>DroAna_CAF1 11797 91 - 1
--GCGGGCCUAAUAGGAUUAUGCCAUGACGUCGAUGC-------------------------UGUGUUGUCAAGAGGCUCUAAGCUCGAGGCAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUU--GUG
--(((..((.....))....)))((..((((((((((-------------------------(...(((((..(((........)))..)))))......))))).))..)))).--.)) ( -25.50)
>consensus
__GCGGGCCUAAUAGGAUUAGGCCAUGACGUCGCCGCU________________GUGGUAGAUGUCCUGUCAAGAGGCAG______CAAGACAGAAAUCAAGCAUACGCCGCGUU__GU_
..(((((((((((...)))))))...........................................(((((..................)))))..............))))........ (-17.78 = -17.59 +  -0.19) 

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