Locus 8921

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 23,933,862 – 23,933,958
Length 96
Max. P 0.839624
window14307

overview

Window 7

Location 23,933,862 – 23,933,958
Length 96
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.14
Mean single sequence MFE -21.04
Consensus MFE -13.36
Energy contribution -14.95
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -1.73
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.839624
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 23933862 96 + 27905053
CG--CAAUA--AAA---AAUGUA------CCUGGGAUGAGACGGGCGUAGAAA-AAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGUGU
((--((.((--((.---......------((((........))))((((((((-(((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))).)))). ( -18.10)
>DroPse_CAF1 146604 104 + 1
AG--UCGUA--AAAA--AAUGUACGAUUACUCGGGAAAACUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGAGU
((--(((((--....--....)))))))(((((.......((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))))))) ( -24.81)
>DroGri_CAF1 105485 100 + 1
UAUAUAUUAACCGC----AUGCU------CUGGAGGAAACCUGAGCGCAAAAAAAAGUUUACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUUUUUUAUGUUUGGUUUGU
........((((((----(((((------(.((.(....)))))))..(((((((((....))).........(((((((....)))))))))))))))))..))))... ( -18.70)
>DroWil_CAF1 176153 94 + 1
UG--UAUUA--CGC---GA-G-A-------CCUGGAGAACUCAAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUCAUGCAU
..--.....--.((---((-(-.-------.(....)..)))((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))...)).. ( -17.00)
>DroAna_CAF1 143779 100 + 1
CG--CAAUA--AAAACAAGCGUA------CUGGGGAAAAGUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGACGAGU
((--(....--.......)))..------..........(((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))).... ( -22.80)
>DroPer_CAF1 147066 104 + 1
AG--UCGUA--AAAA--AAUGUACGAUUACUCGGGAAAACUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGAGU
((--(((((--....--....)))))))(((((.......((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))))))) ( -24.81)
>consensus
AG__UAAUA__AAA___AAUGUA______CUCGGGAAAACUCGAGCGUAGAAAAAAGUUAACUUAUUAAUUUUCAUAAGAGUAAUUUUGUGUAUUUUAUGUUUGAUGAGU
........................................((((((((((((.((((((((....))))))))(((((((....)))))))..))))))))))))..... (-13.36 = -14.95 +   1.59)

alignment

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secondary structure

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