Locus 889

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,005,781 – 3,005,881
Length 100
Max. P 0.861081
window1409

overview

Window 9

Location 3,005,781 – 3,005,881
Length 100
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.29
Mean single sequence MFE -36.83
Consensus MFE -29.53
Energy contribution -29.93
Covariance contribution 0.41
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.83
SVM RNA-class probability 0.861081
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3005781 100 - 27905053
--ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUUGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGGUGGUCUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA--------
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>DroSec_CAF1 52156 100 - 1
--ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGGCACUUGCUGAUGGCCUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGCACUUUGCUA--------
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>DroSim_CAF1 52572 100 - 1
--ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGCUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA--------
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>DroEre_CAF1 51272 100 - 1
--AGCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGCUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA--------
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>DroWil_CAF1 55957 101 - 1
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>DroYak_CAF1 60464 100 - 1
--GCCAAUCGACUUGGGUGGUUUGCCAUCUAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGUUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA--------
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>consensus
__ACCAAUCGACUUGGGUGGCUUGCCAUCCAAGGUGGGAUAGAAGGCGCCACUUGCUGAUGGCUUCUUCUCCUCGUCCUUCUUGAUUUGGGGUACUUUGCUA________
...(((((((((((((((((....)))))))))...((((((((((.((((........)))).))))))....))))...)))).))))(((.....)))......... (-29.53 = -29.93 +   0.41)

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