Locus 888

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 3,004,791 – 3,004,911
Length 120
Max. P 0.700031
window1408

overview

Window 8

Location 3,004,791 – 3,004,911
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.72
Mean single sequence MFE -48.02
Consensus MFE -31.94
Energy contribution -31.58
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.700031
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 3004791 120 + 27905053
AUGUGGGUCAGCAGUUCCGCGAUGGCUGCGACCAGUUGUGCAUUUGCAAUGAGCAGGGCAUUCACUGUGCCAAGCUGGAGUGCCCCUCGAACUUUGGCCUGGAUGUCCAGGAUCCGCACU
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>DroVir_CAF1 46905 120 + 1
AGCUGGGCCAACAGUUCCGCGACGGCUGCGAGCAGCUGUGCAUCUGCAACGAGCAAGGCGUACAUUGCGCCAAGGUGGAGUGUCCCUCCACCUUUGGUCUGGACGUGCUCAAUCCACAUU
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>DroGri_CAF1 56439 120 + 1
AGUUGGGUCAACAGUUCCGCGAUGGCUGCGAACAGUUGUGCAUCUGCAAUGAGCAGGGCGUCCACUGUGCCAAGGUCGAGUGUCCCUCGACCUUUGGCCUGGACGUGCUCAAUCCGCACU
((((((((((((.((((.(((.....))))))).))))(((....))).(((((...(((((((..(.((((((((((((.....))))))).))))))))))))))))))))))).))) ( -50.80)
>DroWil_CAF1 54533 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 49157 120 + 1
AUCUGGGACAGCAGUUCCGCGACGGCUGUGAGCAGCUCUGCAUCUGCAAUGAGCAGGGCGUGCACUGCGCCAAGGUGGAGUGCCCCUCCACCUUCGGCCUGGACGUGCUCAAUCCACUGU
...(((((((((.(((....))).)))))((((((((((((.((......)))))))))((.((..(.((((((((((((.....))))))))).)))))).)).)))))..)))).... ( -54.70)
>DroAna_CAF1 43877 120 + 1
AGGUGGGCCAGCAGUUCCGCGACGGCUGUGAUCAGUUGUGCCUCUGCAACGAGCAGGGCAUCCAUUGUGCCAAACUGGAGUGCCCCUCGAACUUUGGCCUGGAUGUCCAGGAUCCGCACU
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>consensus
AGGUGGGUCAACAGUUCCGCGACGGCUGCGAACAGCUGUGCAUCUGCAAUGAGCAGGGCAUCCACUGUGCCAAGGUGGAGUGCCCCUCGAACUUUGGCCUGGACGUCCUCAAUCCACACU
...((((......((((....(((((((....)))))))((....))...)))).(.(((((((....((((((((((((.....))))).))))))).))))))).)....)))).... (-31.94 = -31.58 +  -0.36)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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