Locus 882

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 2,985,422 – 2,985,518
Length 96
Max. P 0.994559
window1401

overview

Window 1

Location 2,985,422 – 2,985,518
Length 96
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.91
Mean single sequence MFE -24.00
Consensus MFE -9.07
Energy contribution -7.77
Covariance contribution -1.30
Combinations/Pair 1.75
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.38
SVM decision value 2.49
SVM RNA-class probability 0.994559
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 2985422 96 + 27905053
GCAUAUGUAUCUCUCCAGCGGUCUCUCAGCCCGUCUGCAAUGCAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAUAUAUAUUUAUUAUACGCUGCAUGUGCA--------------UGCUU
(((((((((......((((((.(.....).))).)))...(((((....)))))....(((((((.........)))))))))))))))).--------------..... ( -27.10)
>DroSec_CAF1 31871 76 + 1
------------CUCCAGCGGCC--UCAGUCAGUCUGCAAUGCAUUUAAAUGCAGUUUGUAUAUAU------AUUAUAUGCUGCAUGUGCA--------------UGCUU
------------.....((((.(--(.....)).)))).((((((....(((((((.((((.....------..)))).))))))))))))--------------).... ( -21.50)
>DroSim_CAF1 29884 82 + 1
------------CUCCAGCGGCC--UCAGCCAGUCUGCAAUGCAUUUAAAUGCAGUUUGUAUAUAUAUAUUUAUUAUACGCUGCAUGUGCA--------------CGCUU
------------....((((((.--...))).........(((((....(((((((..(((((.(((....))))))))))))))))))))--------------.))). ( -22.50)
>DroEre_CAF1 31465 91 + 1
CCAUAUGUAUCUCUCCUGUGGCC--UCAACGAGUCUG-----CAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAU----A--UAUUAUACGCUGCAUGUG------CCUGUGGAUUUGCUU
(((((.(.......).)))))..--....((((((..-----((.....(((((((..(((((.----.--...))))))))))))...------..))..))))))... ( -25.80)
>DroYak_CAF1 39607 101 + 1
CCAUAUGUAUCUCUUCUGUGGCC--UCAGCGAGUCUG-----CAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAUAUAUA--UAUUAUACGCCGCAUGUGCAUGAGCCUGUGGAUUUGCUU
(((((.((.((....(((((((.--...(((((.(((-----(((....)))))))))))(((((....--...))))))))))).).....)))).)))))........ ( -28.80)
>DroAna_CAF1 24496 88 + 1
-------UAUCCCUCGUUCAGUC--UCGACAUGUCUG-----CAUUUAAAUGCAUUUUGUGUAUAUAUA--UAACACACAAUAUAUGUGCA------UAUGGAUUUGCUU
-------.((((.(((.......--.)))......((-----(((....)))))...((((((((((((--(........)))))))))))------)).))))...... ( -18.30)
>consensus
_______UAUCUCUCCAGCGGCC__UCAGCCAGUCUG_____CAUUUAAAUGCAGUUUGUGUAUAUAUA__UAUUAUACGCUGCAUGUGCA______________UGCUU
.................(((((......))...................(((((((.((((.............)))).)))))))...................))).. ( -9.07 =  -7.77 +  -1.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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