| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,913,996 – 2,914,116 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.762106 |
| Location | 2,913,996 – 2,914,116 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 93.06 |
| Mean single sequence MFE | -50.62 |
| Consensus MFE | -42.40 |
| Energy contribution | -43.35 |
| Covariance contribution | 0.95 |
| Combinations/Pair | 1.10 |
| Mean z-score | -1.98 |
| Structure conservation index | 0.84 |
| SVM decision value | 0.50 |
| SVM RNA-class probability | 0.762106 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 2913996 120 + 27905053 ACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGUGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((((....))))).((((.((((......)))).)))).(((((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..)))))))))))))))).). ( -55.80) >DroVir_CAF1 4835 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUAGGCAUCAACUACCAGCCACCCACUGUUGUGCCCGGUGGCGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUUUGCAUGUUGUCUAACACCACGGCCAUUGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((((.......))))).(((((((((....)))...))))))....(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))).....)))))).). ( -54.30) >DroSec_CAF1 4818 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCUAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((((....))))).((((.((((......)))).)))).((.((..(((((..((((((((((((.....)))))))).....))))..))))))).)))))))).). ( -50.40) >DroEre_CAF1 4891 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUCGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGCGCUGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..((((((.(((..((.((((.((((......)))).))))))..)))))))))..(((((((((.((.....)).))))).....))))..(((....))))))))).). ( -48.20) >DroWil_CAF1 5817 120 + 1 ACUGGAUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCCCCCACUGUGGUGCCUGGUGGCGAUUUGGCCAAGGUUCAACGUGCUGUCUGCAUGUUGUCCAACACCACCGCCAUUGCCGAGGCCUGG ...........(((((....))))).((((.((.(....((((((..(((((((......)))..((..((((((((.....)))))))).))...)))).))))))....).)).)))) ( -41.10) >DroYak_CAF1 4694 120 + 1 ACUGGCUUCAAGGUCGGUAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCUGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCUAUUGCCGAGGCCUGG .(.((((((..((((((.(((..((.((((.((((......)))).))))))..)))))))))..((((((((((((.....)))))))).....))))..(((....))))))))).). ( -53.90) >consensus ACUGGCUUCAAGGUUGGCAUCAACUACCAGCCACCCACCGUGGUGCCUGGAGGAGAUUUGGCCAAGGUGCAGCGUGCCGUGUGCAUGUUGUCCAACACCACGGCCAUCGCCGAGGCCUGG .(.((((((..(((.((((((..((.((((.((((......)))).))))))..)))...)))..((.(((((((((.....)))))))))))...)))..(((....))))))))).). (-42.40 = -43.35 + 0.95)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:54:02 2006