Locus 8575

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,915,712 – 22,915,808
Length 96
Max. P 0.697099
window13775

overview

Window 5

Location 22,915,712 – 22,915,808
Length 96
Sequences 6
Columns 105
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.00
Mean single sequence MFE -37.97
Consensus MFE -22.33
Energy contribution -22.83
Covariance contribution 0.51
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.88
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.697099
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22915712 96 + 27905053
GCAACCCCCUGUAUGG------CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---GGCCGGAGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUAUU
(((((((((.......------(((((((((((.(((((((...))))))).---((((...)))))))))))))))((((....))))))))).))))...... ( -41.20)
>DroVir_CAF1 11820 105 + 1
GCUGGCCAGAAUAUGGCUGUUGCUGCUGCUGCUGUGGUGCAUAGUAGGGCUGCGGUGCUGGCGGCUGAUAGUAACGCGGCUGUGGUGCAGGAGGGUUAUAGUACU
((.(((((.....)))))...))(((((..(((.(..(((((..((.(((((((.(((((........))))).))))))).)))))))..).)))..))))).. ( -39.10)
>DroGri_CAF1 10841 99 + 1
GCUGUCCAUUAUAU------UGCUGCUGCUGUUGUGGUGCAUAGUAGGGCUGUGGCGCCGGUGGCUGAUAGUAUCGCUGCUGUGGUGCCGGUGGAUUAUAGUACU
((((((((((.(((------(((..(((.(((..((((.(......).))))..))).)))..)).))))(((((((....))))))).)))))))...)))... ( -35.20)
>DroSec_CAF1 8369 96 + 1
GCAACCCUCUGUAUGG------CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---GGCCGGCGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU
(((((((((.......------(((((((((((.(((((((...))))))).---((((...)))))))))))))))((((....))))))))).))))...... ( -38.20)
>DroEre_CAF1 8375 96 + 1
GCAACCCCCUGUAUGG------CUGUUGCUGUUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---GGCCGGGGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU
.....((((...((((------(....))))).))))((((((((..(((((---(.(((.((.((.((....)).)).)).)))..)))))).))))))))... ( -37.40)
>DroYak_CAF1 8678 96 + 1
GCAACCCUCUGUAUGG------CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG---UGCCGGGGGCUGGUAGUAGCGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU
(((((((((.......------(((((((((((.(((((((...))))))).---.(((...))).)))))))))))((((....))))))))).))))...... ( -36.70)
>consensus
GCAACCCACUGUAUGG______CUGUUGCUGCUGGGGAUUAUAGUAGUUCUG___GGCCGGCGGCUGGUAGUAACGGGGCUGCGGAGCCGGGGGAUUGUAGUACU
((((.(((((............(((((((((((..(((.(......).))).....(((...))).)))))))))))(((......)))))))).))))...... (-22.33 = -22.83 +   0.51)

alignment

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secondary structure

Postscript

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