Locus 8352

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 22,284,953 – 22,285,053
Length 100
Max. P 0.836113
window13457 window13458

overview

Window 7

Location 22,284,953 – 22,285,053
Length 100
Sequences 6
Columns 103
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.29
Mean single sequence MFE -47.48
Consensus MFE -31.36
Energy contribution -32.75
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.61
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.836113
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22284953 100 + 27905053
ACCAUCUUCAUCACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCACCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACUUGGA
.(((.........((.((.(((.(((.((((((.((((...))))))))))))).)))))..))(((((((((((.....)))---)))))))).....))). ( -48.70)
>DroSec_CAF1 1150 100 + 1
ACCAUCUUCAUCACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACUUGGA
.(((.........((.((.(((.(((.((((((.((((...))))))))))))).)))))..))(((((((((((.....)))---)))))))).....))). ( -48.70)
>DroSim_CAF1 851 100 + 1
ACCAUCUUCAUAACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACUUGGA
.(((.........((.((.(((.(((.((((((.((((...))))))))))))).)))))..))(((((((((((.....)))---)))))))).....))). ( -48.70)
>DroEre_CAF1 880 100 + 1
ACCAUCUACAUCAGCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACGCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACGUGGA
....(((((.((((((((..(....)..(((((.((((...)))))))))))))))))....(.(((((((((((.....)))---)))))))).)..))))) ( -51.80)
>DroYak_CAF1 873 100 + 1
ACCAUCUUCAUCAGCACCACCAACAGCAGUGGCGUGCCGCCGGUGGCCACACUGCUGGGCCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU---GACCCCGGACACCUGGA
.......................((((((((..(.((((....))))).))))))))..((((((((((((((((.....)))---))))))))...))))). ( -52.80)
>DroAna_CAF1 742 97 + 1
G----GUUCAUUGG--AUAGCAAUGACAGUAGCAUCACGGCAGUGGCCACUCUGCUGGAUCGCACCGGAAUCACUAUUCCGGUGAUGACCACGGACACCUGGA
.----..((((((.--....))))))(((.........(((....)))..((((.(((.((((((((((((....))))))))).))))))))))...))).. ( -34.20)
>consensus
ACCAUCUUCAUCACCAGCACCAACAGCAGUGGCGUGCCUCCGGUGGCCACUCUGCUGGGUCAGGCCGGGGUCACCCUCUCGGU___GACCCCGGACACUUGGA
...................(((.(((.((((((.(((.....)))))))))))).))).((((((((((((((((.....)))...))))))))...))))). (-31.36 = -32.75 +   1.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 22,284,953 – 22,285,053
Length 100
Sequences 6
Columns 103
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.29
Mean single sequence MFE -49.08
Consensus MFE -33.12
Energy contribution -34.43
Covariance contribution 1.31
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -2.73
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.24
SVM RNA-class probability 0.647902
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 22284953 100 - 27905053
UCCAAGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGUGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGGUGAUGAAGAUGGU
.(((..(((((((((((---(((.....))))))))))(((.(..(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))..).)))))))....))). ( -50.40)
>DroSec_CAF1 1150 100 - 1
UCCAAGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGGUGAUGAAGAUGGU
.(((..(((((((((((---(((.....))))))))))(((.(..(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))..).)))))))....))). ( -50.40)
>DroSim_CAF1 851 100 - 1
UCCAAGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGGUUAUGAAGAUGGU
.(((.....((((((((---(((.....)))))))))))((.(..(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))..).)).........))). ( -49.90)
>DroEre_CAF1 880 100 - 1
UCCACGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGCGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGCUGAUGUAGAUGGU
.(((((.(.((((((((---(((.....)))))))))))).))..(((((((((((((..((...))...))))).))))))))..((((....)))).))). ( -51.90)
>DroYak_CAF1 873 100 - 1
UCCAGGUGUCCGGGGUC---ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGGCCCAGCAGUGUGGCCACCGGCGGCACGCCACUGCUGUUGGUGGUGCUGAUGAAGAUGGU
.(((((...((((((((---(((.....)))))))))))))))).(((.((((...(((((((((((((......))))))))))))))))).......))). ( -58.50)
>DroAna_CAF1 742 97 - 1
UCCAGGUGUCCGUGGUCAUCACCGGAAUAGUGAUUCCGGUGCGAUCCAGCAGAGUGGCCACUGCCGUGAUGCUACUGUCAUUGCUAU--CCAAUGAAC----C
..(((......(.((((..(((((((((....))))))))).)))))((((..(((((....)))))..)))).)))((((((....--.))))))..----. ( -33.40)
>consensus
UCCAAGUGUCCGGGGUC___ACCGAGAGGGUGACCCCGGCCUGACCCAGCAGAGUGGCCACCGGAGGCACGCCACUGCUGUUGGUGCUGCUGAUGAAGAUGGU
.(((.....((((((((....((....))..))))))))......(((((((((((((..((...))...)))))).)))))))...............))). (-33.12 = -34.43 +   1.31)

alignment

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secondary structure

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