Locus 8116

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 21,810,956 – 21,811,076
Length 120
Max. P 0.762751
window13055

overview

Window 5

Location 21,810,956 – 21,811,076
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.17
Mean single sequence MFE -40.70
Consensus MFE -24.99
Energy contribution -24.55
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.762751
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 21810956 120 - 27905053
UCUGGGUAUCUUUAGAUUUGAGCGUCAGGGAGGUUAUGUAGCGCAGUGGCGUAUGGGCUAUAUAACCCUGGGUGGCCUUGUUGAGCGUAUCCGUAAACAAAGCUCGUAGCUCAGCAGAAC
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>DroVir_CAF1 111455 120 - 1
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>DroGri_CAF1 94763 120 - 1
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>DroWil_CAF1 93671 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 116746 120 - 1
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>DroAna_CAF1 80820 120 - 1
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>consensus
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...(((((((....))).((((.((((..((((((((((((((((........))))))))))))))))...)))))))).....................))))((......))..... (-24.99 = -24.55 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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